Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 2,608,816 | A→G | 8.6% | intergenic (+97/+163) | USA300TCH1516_02485 → / ← USA300HOU_RS13450 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,608,816 | 0 | A | G | 8.6% | 706.7 / 39.3 | 251 | intergenic (+97/+163) | USA300TCH1516_02485/USA300HOU_RS13450 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (88/138); new base G (3/20); total (92/159) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.28e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 266 total aligned reads displayed.
TTCGTTTATATATAGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAGGGGTCTGCCCTCAATTGCTCAC > USA300TCH1516_ALE/2608726‑2608906 | ttCGTTTATATATAGCAGACATGCTAGAATTTCATATGTACTTCTTCTCGCTCATCGTGCTAAAAATAACATAAGTATCACTAAAGCcaca > 2:220470/1‑91 (MQ=255) ttCGTTTATATATAGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCcaca > 1:1169519/1‑91 (MQ=255) tCGTTTATATATAGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACAt < 2:2782718/91‑1 (MQ=255) tCGTTTATATATAGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACAt < 2:2469108/91‑1 (MQ=255) tCGTTTATATATAGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACAt < 2:1184466/91‑1 (MQ=255) cGTTTATATATAGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATc < 2:3719210/91‑1 (MQ=255) gTTTATATATAGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATcc < 2:1394947/91‑1 (MQ=255) gTTTATATATAGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATcc < 2:1394636/91‑1 (MQ=255) tttATATATAGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCa < 2:136180/91‑1 (MQ=255) tatatataGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAat < 1:1630179/91‑1 (MQ=255) atatataGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAata > 2:3197151/1‑91 (MQ=255) tatataGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAatat > 2:1357136/1‑91 (MQ=255) tatataGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAatat < 1:525301/91‑1 (MQ=255) tatataGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAatat < 1:3304496/91‑1 (MQ=255) tatataGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAatat < 1:2715640/91‑1 (MQ=255) tatataGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAACCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAACGCCACATCCAatat > 2:3322364/1‑91 (MQ=255) atataGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAAtata < 2:724994/91‑1 (MQ=255) tataGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATACTATAAGTATGACTAAAGCGACATCCAATATAg > 2:1328339/1‑91 (MQ=255) ataGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACGTCCTatattgg < 1:1294530/91‑4 (MQ=255) aGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACGTCCTATATTGGat < 1:2309442/91‑2 (MQ=255) aGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGAc > 1:3055309/1‑91 (MQ=255) aGCAGACATGATAGAATTCTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATTACTAAAGTCACATCCAATATTGGAc < 2:1038713/91‑1 (MQ=255) gCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATCTAGGACg > 2:3515376/1‑91 (MQ=255) gCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACg < 2:1866451/91‑1 (MQ=255) gCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACg < 2:1778793/91‑1 (MQ=255) gCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCGTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACGTCCTATATTGGatg < 2:3490086/91‑3 (MQ=255) gCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAAGCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACg < 2:2630435/91‑1 (MQ=255) cAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGt < 2:101544/91‑1 (MQ=255) cATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACGTCCTATATTGGATGTGGCt < 1:2781669/91‑1 (MQ=38) cATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCt < 2:3042872/91‑1 (MQ=255) cATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCt < 1:2048757/91‑1 (MQ=255) cATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGGAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCt > 2:3885081/1‑91 (MQ=255) tGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACGTCCTATATTGGATGTGGCttt < 1:2224579/91‑1 (MQ=37) aGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGt > 2:770689/1‑91 (MQ=255) aaTTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTAt < 1:490373/91‑1 (MQ=255) ttttATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCg > 1:883735/1‑91 (MQ=255) tttATATGTACATCTTGGAGGTAATCGTTTTAAAAATTATATAAGTATGACTAAAGCCACGTCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGt < 2:1522038/91‑1 (MQ=255) ttATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGtt < 2:444188/91‑1 (MQ=255) ttATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGtt > 1:2859473/1‑91 (MQ=255) ttATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGtt > 1:2860024/1‑91 (MQ=255) tataTGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTc < 1:2481751/91‑1 (MQ=255) tataTGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTc > 1:1827807/1‑91 (MQ=255) atatGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTcc < 1:3115160/91‑1 (MQ=255) tatGTACATCTTGTAGGTAGTCGTTTTAAAAATAATAGAAGTATGACTAAGGCCACGTCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCa < 2:2572226/91‑1 (MQ=255) tatGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCa > 2:2541935/1‑91 (MQ=255) tAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGAtt > 1:773776/1‑91 (MQ=255) tAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGAtt > 1:3698553/1‑91 (MQ=255) tAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGAtt < 2:837123/91‑1 (MQ=255) aTCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTtgt > 1:2097946/1‑91 (MQ=255) aTCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTtgt > 2:2845311/1‑91 (MQ=255) aTCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTtgt < 1:3894824/91‑1 (MQ=255) tCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTtgtg < 1:3539164/91‑1 (MQ=255) cTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTgg < 2:513948/91‑1 (MQ=255) ttGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTggg < 1:2585945/91‑1 (MQ=255) tGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTgggg > 2:2000307/1‑91 (MQ=255) gTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGa > 1:2517812/1‑91 (MQ=255) gTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGa < 2:2947317/91‑1 (MQ=255) tAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAg > 2:3724414/1‑91 (MQ=255) aGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGt < 2:1884318/91‑1 (MQ=255) ggTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGtt > 1:1374858/1‑91 (MQ=255) gTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTa < 1:3840883/91‑1 (MQ=255) tAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAg < 1:1486737/91‑1 (MQ=255) cGTTTTAAAAATAGTATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGtt < 2:165970/91‑1 (MQ=255) cGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGtt < 2:616292/91‑1 (MQ=255) cGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGtt > 2:1158845/1‑91 (MQ=255) cGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGtt < 2:1744687/91‑1 (MQ=255) gTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGttt > 2:2943250/1‑91 (MQ=255) gTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGttt < 1:1775344/91‑1 (MQ=255) tttAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTAc < 2:1540396/91‑1 (MQ=255) tttAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTAc < 2:434089/91‑1 (MQ=255) tttAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTAc < 2:30781/91‑1 (MQ=255) ttAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACt < 1:913985/91‑1 (MQ=255) ttAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTGAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACt < 1:3334337/91‑1 (MQ=255) tAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACtt < 2:548734/91‑1 (MQ=255) aaaaaTAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACtta < 2:32589/91‑1 (MQ=255) aaaTAATATAAGTATGGCTAAAGCCACATCGAATATAGGACGTGGATTTTAGTATCGTTCCAGATTTTTGGGGAGTTAGGGGTTACttaat < 2:279213/91‑1 (MQ=255) aataatATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACttaatt > 1:122343/1‑91 (MQ=255) ataataTAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACttaatta > 1:1759275/1‑91 (MQ=255) taataTAAGTATGACCAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCCGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACttaattaa > 1:3370414/1‑91 (MQ=255) aataTGGGTATGCCTAAAGCCACATGAAATGTAGGGCGTGGTTTTTAGTATCGTTCCAGGTTTGTGGGGGGTTAGGGTTTACTTACTTaaa < 2:360442/91‑1 (MQ=255) aataTAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTaaa < 1:2055679/91‑1 (MQ=255) ataAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAggg < 2:911804/91‑1 (MQ=255) ataAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAggg < 1:622815/91‑1 (MQ=255) ataAGTATGACTAAAGCCACATCCAAGATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAggg < 2:643741/91‑1 (MQ=255) aaGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAGGGGt < 2:3442293/91‑1 (MQ=255) gTATGACTAAAGCCACAGCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAGGGGTCt < 2:3348854/91‑1 (MQ=255) aTGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAGGGGTCTGc < 1:3472584/91‑1 (MQ=255) aCTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAGGGGTCTGCCCt < 2:143180/91‑1 (MQ=255) cTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAGGGGTCTGCCCTc < 1:262761/91‑1 (MQ=255) aaGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAGGGGTCTGCCCTCAAt > 1:3930021/1‑91 (MQ=255) aGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAGGGGTCTGCCCTCAAtt > 2:1257092/1‑91 (MQ=255) aGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAGGGGTCTGCCCTCAAtc > 2:3923159/1‑90 (MQ=255) gCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAGGGGTCTGCCCTCAATTg > 1:3038043/1‑91 (MQ=255) ccACGTCCTATATTGGATGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAGGGGTCTGCCCTCAATTGc > 2:3828404/1‑91 (MQ=38) ccACGTCCTATATTGGATGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAGGGGTCTGCCCTCAATTGc > 1:1322603/1‑91 (MQ=38) ccACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAGGGGTCTGCCCTCAATTGc > 1:2369720/1‑91 (MQ=255) cacaTCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAGGGGTCTGCCCTCAATTGCt < 1:2985605/91‑1 (MQ=255) caTCCAGTATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAGGGGTCTGCCCTCAATTGCTCa < 1:1059275/91‑1 (MQ=255) caTCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAGGGGTCTGCCCTCAATTGCTCa > 2:228863/1‑91 (MQ=255) caTCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTCGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATCAAAGGGGTCTGCCCTCCCTTCCTCa > 2:1638662/1‑91 (MQ=255) | TTCGTTTATATATAGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAGGGGTCTGCCCTCAATTGCTCAC > USA300TCH1516_ALE/2608726‑2608906 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |