| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,608,825 | A→T | 15.0% | intergenic (+106/+154) | USA300TCH1516_02485 → / ← USA300HOU_RS13450 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,608,825 | 0 | A | T | 15.0% | 654.1 / 100.8 | 253 | intergenic (+106/+154) | USA300TCH1516_02485/USA300HOU_RS13450 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (91/123); new base T (23/15); total (114/139) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.13e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.19e-01 | |||||||||||
Only 100 of 265 total aligned reads displayed.
ATATAGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAGGGGTCTGCCCTCAATTGCTCACCAACGAGGG > USA300TCH1516_ALE/2608735‑2608915 | atataGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAAtata < 2:326317/91‑1 (MQ=255) tataGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATACTATAAGTATGACTAAAGCGACATCCAATATAg > 2:1328339/1‑91 (MQ=255) taGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGa < 1:2726622/91‑1 (MQ=255) taGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGa < 1:1391492/91‑1 (MQ=255) taGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTGTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGa < 2:3055195/91‑1 (MQ=255) aGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACGTCCTATATTGGat < 1:2309442/91‑2 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |