| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,608,829 | C→T | 11.1% | intergenic (+110/+150) | USA300TCH1516_02485 → / ← USA300HOU_RS13450 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,608,829 | 0 | C | T | 11.1% | 726.5 / 57.7 | 251 | intergenic (+110/+150) | USA300TCH1516_02485/USA300HOU_RS13450 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (94/128); new base T (22/6); total (117/134) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.37e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.49e-01 | |||||||||||
Only 100 of 260 total aligned reads displayed.
AGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAGGGGTCTGCCCTCAATTGCTCACCAACGAGGGCAAG > USA300TCH1516_ALE/2608739‑2608919 | aGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTACAGCCACATCCAATATAGGAc > 1:91723/1‑91 (MQ=255)aGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGAc > 1:3055309/1‑91 (MQ=255)aGCAGACATGATAGAATTCTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATTACTAAAGTCACATCCAATATTGGAc < 2:1038713/91‑1 (MQ=255) aGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTg > 2:1792465/1‑91 (MQ=255) aGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTg > 2:1418714/1‑91 (MQ=255) gACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTgg < 1:1765639/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |