| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 217,046 | C→T | 7.9% | intergenic (‑240/+13) | rocD2_1 ← / ← brnQ_1 | Ornithine aminotransferase 2/Branched‑chain amino acid transport system 2 carrier protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 217,046 | 0 | C | T | 7.9% | 719.9 / 35.2 | 237 | intergenic (‑240/+13) | rocD2_1/brnQ_1 | Ornithine aminotransferase 2/Branched‑chain amino acid transport system 2 carrier protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (136/82); new base T (16/3); total (152/85) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.92e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.11e-01 | |||||||||||
Only 100 of 237 total aligned reads displayed.
TTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAACTGAGAACAA > USA300TCH1516_ALE/216958‑217135 | ttGTGGATAATCATTGATATGTCTGTATACGATTGTAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAAAATATGACtg > 2:1341200/1‑91 (MQ=255) tgtgGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACtgt > 2:193709/1‑91 (MQ=255) tgtgGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACtgt < 1:2570251/91‑1 (MQ=255) gttgATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACtgtg > 2:1032272/4‑91 (MQ=255) tgGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTgg < 2:3220591/91‑1 (MQ=255) ggAGAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGc < 2:3943470/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |