| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,611,882 | T→G | 5.5% | intergenic (‑205/+7) | USA300HOU_RS13465 ← / ← USA300TCH1516_02490 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,611,882 | 0 | T | G | 5.5% | 772.2 / 27.3 | 231 | intergenic (‑205/+7) | USA300HOU_RS13465/USA300TCH1516_02490 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (113/104); new base G (8/6); total (121/110) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 238 total aligned reads displayed.
TCTTTATCTTATCATCAATTTTTCTTTTGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTATGTGCCATCGCGTGATACATT > USA300TCH1516_ALE/2611793‑2611971 | tCTTTATCTTATCATCAATTTTTCTTTTGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTc < 2:833460/91‑1 (MQ=255)tCTTTATCTTATCATCAATTTTTCTTTTGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTc < 1:3024122/91‑1 (MQ=255) cTTTATCTTATCATCAATTTTTCTTTTGGGATCTGTTTCAAGTTTCCTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCGTCa > 2:221946/1‑91 (MQ=255) ttatcttatcATCAATTTTTCTTTTGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCaga > 2:1017630/1‑91 (MQ=255) atcttatcATCAATTTTTCTTTTGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAgg < 2:2737701/91‑1 (MQ=255) tcttatcATCAATTTTTCTTTTGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGt < 1:1660928/91‑1 (MQ=255) cttatcATCAATTTTTCTTTTGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGtt < 2:246358/91‑1 (MQ=255) ttatcATCAATTTTTCTTTTGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTa < 2:2543244/91‑1 (MQ=255) ttatcATCAATTTTTCTTTTGGGATCTGTGTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTa < 1:3171921/91‑1 (MQ=255) tatcATCAATTTTTCTTTTGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTaa < 2:3132285/91‑1 (MQ=255) atcaATTTTTCTTTTGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAAtttt > 2:2829119/1‑91 (MQ=255) atcaATTTTTCTTTTGAGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAAtttt < 2:2767829/91‑1 (MQ=255) tcaATTTTTCTTTTGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAAttttt < 1:280718/91‑1 (MQ=255) tcaATTTTTCTTTTGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAAttttt < 1:677362/91‑1 (MQ=255) caATTTTTCTTTTGTGCTCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTc < 2:1524971/91‑1 (MQ=255) caATTTTTCTTTTGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTc < 1:3908893/91‑1 (MQ=255) caATTTTTCTTTTGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTc > 1:2688256/1‑91 (MQ=255) caATTTTTCTTTTGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTc < 2:438814/91‑1 (MQ=255) aaTTTTTCTTTTTGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCa > 2:3939848/1‑91 (MQ=255) aaTTTTTCGTTTGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCa < 2:3760265/91‑1 (MQ=255) tttttCTTTTGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCAcc > 1:752907/1‑91 (MQ=255) tttGTTTTGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCGCCaa < 1:3117789/91‑1 (MQ=255) tttCTTTTGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCaa < 1:3654158/91‑1 (MQ=255) tttCTTTTGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCaa > 1:1486763/1‑91 (MQ=255) cTTTTGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCCGAGGTTAATTTTTCACCAattt > 2:3192748/1‑91 (MQ=255) cTTTTGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAattt > 1:1678320/1‑91 (MQ=255) cTTTTGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTATTCAGAGGTTAATTTTTCACCAattt < 2:2238387/91‑1 (MQ=255) ttttGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAatttc > 2:3327868/1‑91 (MQ=255) ttGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAatttcat > 2:542343/1‑91 (MQ=255) tGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAatttcatt > 1:815475/1‑91 (MQ=255) tGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAatttcatt < 2:13217/91‑1 (MQ=255) gATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTcc < 1:363014/91‑1 (MQ=255) aTCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCa > 1:803244/1‑91 (MQ=255) aTCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCa < 2:1420006/91‑1 (MQ=255) tCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCaa < 1:3756968/91‑1 (MQ=255) cTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAAc > 1:2972171/1‑91 (MQ=255) cTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAAc > 1:2585620/1‑91 (MQ=255) cTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCACCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAAc > 1:3633972/1‑91 (MQ=255) tGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAAct > 1:2842567/1‑91 (MQ=255) tGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAAct > 2:3344921/1‑91 (MQ=255) gTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAActt < 1:3550275/91‑1 (MQ=255) gTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAActt < 2:3256365/91‑1 (MQ=255) tttCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAActtc < 2:1161473/91‑1 (MQ=255) ttCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAActtct < 1:2565735/91‑1 (MQ=255) tCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAActtctt > 1:3446172/1‑91 (MQ=255) tCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAActtctt > 1:952161/1‑91 (MQ=255) tCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTATCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCGAActtctt > 2:338895/1‑91 (MQ=255) cAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTg < 2:1059546/91‑1 (MQ=255) cAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCCTAAGTCATCTCTGACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCGAATTCATTTCCAACTCCTTg < 2:1300618/91‑1 (MQ=255) gTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTgcgc < 2:3152170/91‑1 (MQ=255) tttACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCt < 1:2908242/91‑1 (MQ=255) ttACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCTCTATTTTCTTTTCCATCTTCTTGCGCtt > 2:2141870/1‑91 (MQ=255) tACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCttt > 2:3814726/1‑91 (MQ=255) tACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCttt > 1:1794279/1‑91 (MQ=255) ttCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTc > 1:1911380/1‑91 (MQ=255) ttCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTc < 2:2394369/91‑1 (MQ=255) ttCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTc > 1:3074940/1‑91 (MQ=255) tCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCtttttcca < 2:100945/91‑4 (MQ=255) cATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCa > 1:3393377/1‑91 (MQ=255) cgcgCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTg < 2:2615576/91‑1 (MQ=255) cgcgCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTg < 1:2134447/91‑1 (MQ=255) gcgcCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGt > 2:1883709/1‑91 (MQ=255) cgcCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGtc > 2:94460/1‑91 (MQ=255) cgcCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGtc > 1:1384656/1‑91 (MQ=255) cgcCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGtc > 2:1572565/1‑91 (MQ=255) cgcCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGtc > 2:1035920/1‑91 (MQ=255) gcCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGtct > 2:3897292/1‑91 (MQ=255) ccACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGtctc < 1:509917/91‑1 (MQ=255) ccACCGTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTCTCACCAGTTTCATTTCCAACTGCTGGCGCTTTTTTCCAGTTGtctc < 2:3546685/91‑1 (MQ=255) aCCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCa < 2:1790707/91‑1 (MQ=255) ccTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCaa > 1:1109874/1‑91 (MQ=255) cTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCaaa > 1:1480638/1‑91 (MQ=255) cTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCaaa > 2:2230144/1‑91 (MQ=255) ttttCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAAt > 2:739808/1‑91 (MQ=255) tttCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAAtt > 1:2467382/1‑91 (MQ=255) ttCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAAttt > 1:128905/1‑91 (MQ=255) ttCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAAttt > 1:1092332/1‑91 (MQ=255) ttCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCGTTTTTCAAGTTGTCTCCAAAttt > 2:3028642/1‑91 (MQ=255) tCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTa > 1:1755537/1‑91 (MQ=255) ttAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTAtg < 2:2358420/91‑1 (MQ=255) ttAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTAtg > 1:422726/1‑91 (MQ=255) ttAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTAtg < 2:9053/91‑1 (MQ=255) ttAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTAtg < 2:3489210/91‑1 (MQ=255) ttAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTAtg < 2:3364901/91‑1 (MQ=255) aaTTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTAtgtg > 1:330767/1‑91 (MQ=255) aaTTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTAtgtg < 2:216585/91‑1 (MQ=255) cTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTATGTGCCATcgc > 1:553201/1‑91 (MQ=255) cTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTATGTGCCATcgc > 1:2176674/1‑91 (MQ=255) cTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTATGTGCCATcgc > 2:1700566/1‑91 (MQ=255) attaACCTCTGAAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTATGTGCCATcgcg > 2:583421/3‑91 (MQ=255) taACCTCTGAAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTATGTGCCATCGCGTg > 1:3181873/1‑91 (MQ=255) aaCCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTATGTGCCATCGCGTGa < 2:3012228/91‑1 (MQ=255) aaCCTCTGAAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTATGTGCCATCGCGTGa > 1:1336894/1‑91 (MQ=255) aCCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTATGTGCCATCGCGTGAt < 1:705891/91‑1 (MQ=255) aCCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTATGTGCCATCGCGTGAt < 2:1241564/91‑1 (MQ=255) ctctTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTATGTGCCATCGCGTGATAc > 1:2505150/1‑91 (MQ=255) ctctTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTATGTGCCATCGCGTGATAc > 2:1838285/1‑91 (MQ=255) ctTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTATGTGCCATCGCGTGATACAt > 1:2512997/1‑91 (MQ=255) ctTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTATGTGCCATCGCGTGATACAt < 1:105853/91‑1 (MQ=255) ttCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTATGTGCCATCGCGTGATACAtt < 1:2072455/91‑1 (MQ=255) | TCTTTATCTTATCATCAATTTTTCTTTTGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTATGTGCCATCGCGTGATACATT > USA300TCH1516_ALE/2611793‑2611971 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |