| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,636,962 | A→T | 5.4% | Y271* (TAT→TAA) | gntT ← | High‑affinity gluconate transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,636,962 | 0 | A | T | 5.4% | 560.4 / 18.2 | 167 | Y271* (TAT→TAA) | gntT | High‑affinity gluconate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (82/76); new base T (7/2); total (89/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.02e-01 | |||||||||||
Only 100 of 177 total aligned reads displayed.
ATGATTCATCTTACGCTTTCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTGCGTTATCGTAGACACTAACATTAATATGACTGGTAAT > USA300TCH1516_ALE/2636872‑2637052 | atGATTCATCTTACGCTTTCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCata > 1:911476/1‑91 (MQ=255) aTTCATCTTACGCTTTCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCAtttat < 2:1472665/91‑2 (MQ=255) tCATCTTACGCTTTCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAAt < 1:2186946/91‑1 (MQ=255) cATCTTACGCTTTCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATg > 2:352758/1‑91 (MQ=255) aTCTTACGCTTTCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATTTATATGa < 1:3784505/91‑1 (MQ=255) tCTTACGCTTTCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGAt < 2:1724494/91‑1 (MQ=255) 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cGCTTTCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGAtt > 2:3326877/1‑91 (MQ=255) cGCTTTCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGAtt > 2:256547/1‑91 (MQ=255) gCTTTCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTc > 2:653512/1‑91 (MQ=255) gCTTTCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTc < 2:2850060/91‑1 (MQ=255) ttCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCaaa > 1:2157071/1‑91 (MQ=255) ttCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCaaa > 1:2897253/1‑91 (MQ=255) ttCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCaaa > 1:2157108/1‑91 (MQ=255) ttCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCaaa < 1:3216402/91‑1 (MQ=255) ttCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCaaa < 1:3215888/91‑1 (MQ=255) ctcATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATa > 2:3835357/1‑91 (MQ=255) ctcATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATa < 2:1100292/91‑1 (MQ=255) ctcATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATa < 2:1494143/91‑1 (MQ=255) ctcATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATa > 2:2731795/1‑91 (MQ=255) tcATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAg > 2:1572424/1‑91 (MQ=255) cATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGa < 2:3276814/91‑1 (MQ=255) ttAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGAtt > 2:618760/1‑91 (MQ=255) tAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGAttt > 1:796362/1‑91 (MQ=255) tAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGAttt < 2:3072653/91‑1 (MQ=255) aTCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTACTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGt < 1:2580841/91‑1 (MQ=255) tCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTa > 1:2266820/1‑91 (MQ=255) ccATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAgg > 2:3717991/1‑91 (MQ=255) gTAACTATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGt < 2:3205613/91‑1 (MQ=255) gTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGt < 2:3266131/91‑1 (MQ=255) gTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGt < 1:1099530/91‑1 (MQ=255) tAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTc > 2:1230627/1‑91 (MQ=255) cGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATg > 2:2665680/1‑91 (MQ=255) tGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCa < 1:3357671/91‑1 (MQ=255) tGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCa < 1:44978/91‑1 (MQ=255) gCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAg < 1:246569/91‑1 (MQ=255) gCAAATAACAATGCAATCAGCGTGGCTCTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAGTGATAGATTCAAATAGCTTTGTAGGATTGGCATGCCTAg > 2:2763917/1‑91 (MQ=255) aaaTAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGtt < 1:70878/91‑1 (MQ=255) aaaTAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGtt > 2:3153159/1‑91 (MQ=255) aataatACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATCAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTa < 2:3391284/91‑1 (MQ=255) aataatACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGttc > 2:681599/1‑90 (MQ=255) aataatACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTa > 2:2869609/1‑91 (MQ=255) ataataCTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTAc < 2:821569/91‑1 (MQ=255) ataataCTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTAc < 1:1935138/91‑1 (MQ=255) ataataCTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGATTGTCATGCCCAGTTAc > 1:3387362/1‑91 (MQ=255) taataCTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACa > 2:1634463/1‑91 (MQ=255) ataCTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAg > 1:2734879/1‑91 (MQ=255) taCTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGt < 2:2311558/91‑1 (MQ=255) taCTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGt < 1:2688370/91‑1 (MQ=255) cTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTg > 1:662954/1‑91 (MQ=255) cTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTg > 2:1435739/1‑91 (MQ=255) cTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTg > 1:1605759/1‑91 (MQ=255) cTGCTAGTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGGTACAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTg < 2:290465/91‑1 (MQ=255) tGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTGc < 1:3816578/91‑1 (MQ=255) tGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTGc > 1:2787187/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |