| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,636,965 | A→T | 5.1% | I270I (ATT→ATA) | gntT ← | High‑affinity gluconate transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,636,965 | 0 | A | T | 5.1% | 584.0 / 18.0 | 176 | I270I (ATT→ATA) | gntT | High‑affinity gluconate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (86/81); new base T (7/2); total (93/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.52e-01 | |||||||||||
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
ATTCATCTTACGCTTTCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTGCGTTATCGTAGACACTAACATTAATATGACTGGTAATGTT > USA300TCH1516_ALE/2636875‑2637055 | tCATCTTACGCTTTCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAAt < 1:429936/91‑1 (MQ=255) cATCTTACGCTTTCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATg > 2:352758/1‑91 (MQ=255) aTCTTACGCTTTCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATTTATATGa < 1:3784505/91‑1 (MQ=255) aTCTTACGCTTTCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGa < 2:1707069/91‑1 (MQ=255) tCTTACGCTTTCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGAt < 2:1724494/91‑1 (MQ=255) ttACGCTTTCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAg > 1:1162013/1‑91 (MQ=255) 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ctcATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATa < 2:242226/91‑1 (MQ=255) tcATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAg > 2:1572424/1‑91 (MQ=255) tcATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAg > 1:2936241/1‑91 (MQ=255) cATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGa < 2:3276814/91‑1 (MQ=255) cATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGa > 1:1693353/1‑91 (MQ=255) aTTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGTCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGAt > 1:1884119/1‑91 (MQ=255) aTTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGAt > 1:1179080/1‑91 (MQ=255) ttAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGAtt < 1:3873008/91‑1 (MQ=255) 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aaaTAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGtt < 1:70878/91‑1 (MQ=255) aataatACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATCAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTa < 2:3391284/91‑1 (MQ=255) aataatACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTa > 2:2869609/1‑91 (MQ=255) ataataCTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTAc < 1:1935138/91‑1 (MQ=255) ataataCTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTAc < 2:821569/91‑1 (MQ=255) ataataCTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGATTGTCATGCCCAGTTAc > 1:3387062/1‑91 (MQ=255) taCTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGt < 1:2490150/91‑1 (MQ=255) taCTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGt < 1:2688370/91‑1 (MQ=255) taCTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGt < 2:2311558/91‑1 (MQ=255) cTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTg > 2:1435739/1‑91 (MQ=255) cTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTg > 2:2569470/1‑91 (MQ=255) cTGCTAGTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGGTACAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTg < 2:290465/91‑1 (MQ=255) tGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTGc > 2:2379940/1‑91 (MQ=255) tGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTGc < 1:3816578/91‑1 (MQ=255) cTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTGCGt < 1:2443796/91‑1 (MQ=255) cTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTGCGt < 1:497090/91‑1 (MQ=255) 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ataAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTGCGTTATCGTAGACACTAACATTAATATGACTGGTAAt < 1:952825/91‑1 (MQ=255) ataAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTGCGTTATCGTAGACACTAACATTAATATGACTGGTAAt < 1:2180685/91‑1 (MQ=255) aaaTGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTGCGTTATCGTAGACACTAACATTAATATGACTGGTAATGt > 1:675118/1‑91 (MQ=255) aaaTGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTGCGTTATCGTAGACACTAACATTAATATGACTGGTAATGt > 1:1429815/1‑91 (MQ=255) aaTGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTGCGTTATCGTAGACACTAACATTAATATGACTGGTAGTGtt > 1:3214346/1‑91 (MQ=255) aaTGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTGCGTTATCGTAGACACTAACATTAATATGACTGGTAATGtt > 2:2989813/1‑91 (MQ=255) | ATTCATCTTACGCTTTCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTGCGTTATCGTAGACACTAACATTAATATGACTGGTAATGTT > USA300TCH1516_ALE/2636875‑2637055 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |