| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,725,352 | A→T | 12.1% | intergenic (‑58/+276) | USA300HOU_RS14015 ← / ← USA300HOU_RS14020 | Baeyer‑Villiger flavin‑containing monooxygenase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,725,352 | 0 | A | T | 12.1% | 730.2 / 69.5 | 240 | intergenic (‑58/+276) | USA300HOU_RS14015/USA300HOU_RS14020 | Baeyer‑Villiger flavin‑containing monooxygenase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (104/106); new base T (11/18); total (115/125) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 263 total aligned reads displayed.
GGCACCGATAATAGCCACTTTATGATGTTGCATATTAACACTCCCTCAATGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTAATAATTACGATTTATAAAGTATAGACCTATCCTTGAGAAATTTCAATATTAAAAGAAAAACTTCCGTTATTGTAGAGAATTCATCTACATTT > USA300TCH1516_ALE/2725262‑2725441 | gcaccgATAATAGCCACTTTATGATGTTGCATATTAACACTCCCTCAATGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGtaataa > 1:442268/1‑91 (MQ=255) caccgATAATAGCCACTTTATGATGTTGCATATTAACGCTCCCTCAATGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTaattat < 2:2247635/91‑1 (MQ=255) caccgATAATAGCCACTTTATGATGTTGCATATTAACACTCCCTCAATGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTaataat < 2:1859118/91‑1 (MQ=255) caccgATAATAGCCACTTTATGATGTTGCATATTAACACTCCCTCAATGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTaataat > 1:2088414/1‑91 (MQ=255) accgATAGTAGCCACTTTATGATGTTGCATATTAACACTCCCTCAATGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTAATAAtt < 2:382208/91‑1 (MQ=255) accgATAATAGCCACTTTATGATGTTGCATATTAACACTCCCTCAATGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTAattatt < 2:3495138/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |