| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,744,200 | G→A | 9.6% | intergenic (+137/+56) | fda → / ← mqo2 | Fructose‑bisphosphate aldolase class 1/putative malate:quinone oxidoreductase 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,744,200 | 0 | G | A | 9.6% | 694.4 / 42.1 | 234 | intergenic (+137/+56) | fda/mqo2 | Fructose‑bisphosphate aldolase class 1/putative malate:quinone oxidoreductase 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (111/97); new base A (2/20); total (117/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.10e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.42e-01 | |||||||||||
Only 100 of 245 total aligned reads displayed.
ATACATGTGCTTTAAAGGCATTGTGTATGAGTCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGAAAAATCTTTAAGATTTCTCAGTTGTCCGATTTTAAATATAGCTATTAGAATTTAGTTTTCGTAGTAACCTAATTCTAAGTCTTTTG > USA300TCH1516_ALE/2744110‑2744290 | ATACATGTGCTTTAAAGGCATTGTGTATGAGTCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAg > 2:3460903‑M1/1‑91 (MQ=255)ATACATGTGCTTTAAAGGCATTGTGTATGAGTCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAg > 1:183594‑M1/1‑91 (MQ=255)ATACATGTGCTTTAAAGGCATTGTGTATGAGTCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAg < 1:1804620‑M1/91‑1 (MQ=255) TACATGTGCTTTAAAGGCATTGTGTATGAGTCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGc < 1:3941607‑M1/91‑1 (MQ=255) ACATGTGCTTTAAAGGCATTGTGTATGAGTCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCt > 2:579389‑M1/1‑91 (MQ=255) CATGTGCTTTAAAGGCATTGTGTATGAGTCTTTTTTTTTTTATGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAGATCGGACAGCTg < 2:3664932‑M1/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |