Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | USA300TCH1516_ALE | 2,744,205 | 0 | A | G | 14.4% | 566.3 / 70.1 | 221 | intergenic (+142/+51) | fda/mqo2 | Fructose‑bisphosphate aldolase class 1/putative malate:quinone oxidoreductase 2 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (99/90); new base G (11/21); total (110/111) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.43e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 239 total aligned reads displayed.
TGTGCTTTAAAGGCATTGTGTATGAGTCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGAAAAATCTTTAAGATTTCTCAGTTGTCCGATTTTAAATATAGCTATTAGAATTTAGTTTTCGTAGTAACCTAATTCTAAGTCTTTTGAAGTT > USA300TCH1516_ALE/2744115‑2744295 | tgtgCTTTAAAGGCATTGTGTATGAGTCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGaa < 2:2946868/91‑1 (MQ=255) tgtgCTTTAAAGGCATTGTGTATGAGTCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGaa < 1:1343641/91‑1 (MQ=255) tgCTTTAAAGGCATTGTGTATGAGTCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGaaaa > 1:1204796/1‑91 (MQ=255) tgCTTTAAAGGCATTGTGTATGAGTCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGaaaa < 1:2749815/91‑1 (MQ=255) tgCTTTAAAGGCATTGTGCATGAGTCTTTTTTGATTAAAGCTGATTTTGCCGTCTGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGcaaa > 2:3164262/1‑91 (MQ=255) cTTTAAAGGCATTGTGTATGAGTCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGAAAAAt > 2:905161/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |