Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | USA300TCH1516_ALE | 2,744,213 | 0 | T | A | 14.9% | 632.0 / 90.0 | 223 | intergenic (+150/+43) | fda/mqo2 | Fructose‑bisphosphate aldolase class 1/putative malate:quinone oxidoreductase 2 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (102/87); new base A (16/17); total (118/105) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.76e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.24e-01 |
Only 100 of 245 total aligned reads displayed.
AAAGGCATTGTGTATGAGTCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGAAAAATCTTTAAGATTTCTCAGTTGTCCGATTTTAAATATAGCTATTAGAATTTAGTTTTCGTAGTAACCTAATTCTAAGTCTTTTGAAGTTTGTTTACG > USA300TCH1516_ALE/2744123‑2744303 | aaaGGCATTGTGTATGAGTCTTTTTTGTTTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGAAAAATCttt > 2:1496536/1‑91 (MQ=255) aaaGGCATTGTGTATGAGTCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGAAAAATCttt < 2:3603803/91‑1 (MQ=255) aGGCATTGTGTATGAGTCTTTTTTTATTAGTGTTGATTTTGCAGTATGTATTAGAGTTCGTAGAAAGATCGGTCATCTGAAATATCTTTaa > 2:92614/1‑91 (MQ=255) aGGCATTGTGTATGAGTCTTTTTTGATTAAAGTTTATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGAAAAATCTTTaa < 1:773688/91‑1 (MQ=255) aGGCATTGTGTATGAGTCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGAAAAATCTTTaa < 2:3489130/91‑1 (MQ=255) aGGCATTGTGTATGAGTCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGAAAAATCTTTaa > 2:2405658/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |