| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,825,587 | C→T | 5.2% | intergenic (‑402/+446) | cap8A_2 ← / ← icaR | Capsular polysaccharide type 8 biosynthesis protein cap8A/Biofilm operon icaADBC HTH‑type negative transcriptional regulator IcaR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,825,587 | 0 | C | T | 5.2% | 838.2 / 21.6 | 251 | intergenic (‑402/+446) | cap8A_2/icaR | Capsular polysaccharide type 8 biosynthesis protein cap8A/Biofilm operon icaADBC HTH‑type negative transcriptional regulator IcaR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (121/117); new base T (3/10); total (124/127) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.42e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.28e-01 | |||||||||||
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
CTTTACAACACCGAGCGTGCCCGTACTCGGTAATTCAATACCTTGCGTAACCCGTCACTGTGAGTTGGGTTAATGATAATAAAGCCCACACCTTTTAAAAAGATGTGGGTAATTTATATAATTTTTATTTACATTTTTAACTTATAAAAAAAGCGCCTATGTCATGATTTACCATCACATA > USA300TCH1516_ALE/2825497‑2825677 | ctTTACAACACCGAGCGTGCCCGTACTCGGTAATTCAATACCTTGCGTAACCCGTCACTGTGAGTTGGGTTAATGATAATAAAGCCCacac > 2:3625656/1‑91 (MQ=255)ctTTACAACACCGAGCGTGCCCGTACTCGGTAATTCAATACCTTGCGTAACCCGTCACTGTGAGTTGGGTTAATGATAATAAAGCCCacac < 1:737568/91‑1 (MQ=255) ttACAACACCGAGCGTGCCCGTACTCGGTAATTCAATACCTTGCGTAACCCGTCACTGTGAGTTGGGTTAATGATAATAAAGCCCACACCt < 1:1104049/91‑1 (MQ=255) ttACAACACCGAGCGTGCCCGTACTCGGTAATTCAATACCTTGCGTAACCCGTCACTGTGAGTTGGGTTAATGATAATAAAGCCCACACCt < 1:629876/91‑1 (MQ=255) tACAACACCGAGCGTGCCCGTACTCGGTAATTCAATACCTTGCGTAACCCGTCACTGTGAGTTGGGTTAATGATAATAAAGCCCACACCtt < 1:2234169/91‑1 (MQ=255) acaacaCCGAGCGTGCCCGTACTCGGTAATTCAATACCTTGCGTAACCCGTCACTGTGAGTTGGGTTAATGATAATAAAGCCCACACCttt < 1:397806/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |