Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,825,599 | 0 | A | G | 8.4% | 769.6 / 49.8 | 263 | intergenic (‑414/+434) | cap8A_2/icaR | Capsular polysaccharide type 8 biosynthesis protein cap8A/Biofilm operon icaADBC HTH‑type negative transcriptional regulator IcaR |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (134/105); new base G (20/2); total (156/107) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.13e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.43e-01 |
Only 100 of 269 total aligned reads displayed.
GAGCGTGCCCGTACTCGGTAATTCAATACCTTGCGTAACCCGTCACTGTGAGTTGGGTTAATGATAATAAAGCCCACACCTTTTAAAAAGATGTGGGTAATTTATATAATTTTTATTTACATTTTTAACTTATAAAAAAAGCGCCTATGTCATGATTTACCATCACATAGGCGCTTATCA > USA300TCH1516_ALE/2825509‑2825688 | gAGCGTGCCCGTACTCGGTAATTCAATACCTTGCGTAACCCGTCACTGTGAGTTGGGTTAATGATAATAAAGCCCACACCTTTTAAAAAGa > 2:3254929/1‑91 (MQ=255) gAGCGTGCCCGTACTCGGTAATTCAATACCTTGCGTAACCCGTCACTGTGAGTTGGGTTAATGATAATAAAGCCCACACCTTTTAAAAAGa < 1:725336/91‑1 (MQ=255) aGCGTGCCCGTACTCGGTAATTCAATACCTTGCGTAACCCGTCACTGTGAGTTGGGTTAATGATAATAAAGCCCACACCTTTTAAAAAGAt < 2:245570/91‑1 (MQ=255) cGTGCCCGTACTCGGTAATTCAATACCTTGCGTAACCCGTCACTGTGAGTTGGGTTAATGATAATAAAGCCCACACCTTTTAAAAAGAtgt < 1:2613687/91‑1 (MQ=255) cGTGCCCGTACTCGGTAATTCAATACCTTGCGTAACCCGTCACTGTGAGTTGGGTTAATGATAATAAAGCCCACACCTTTTAAAAAGAtgt > 1:1490422/1‑91 (MQ=255) tGCCCGTACTCGGTAATTCAATACCTTGCGTAACCCGTCACTGTGAGTTGGGTTAATGATAATAAAGCCCACACCTTTTAAAAAGATGTgg > 2:2893892/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |