| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 228,316 | G→A | 11.3% | intergenic (+162/+32) | ybbH_1 → / ← USA300TCH1516_00200 | putative HTH‑type transcriptional regulator YbbH/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 228,316 | 0 | G | A | 11.3% | 602.7 / 44.8 | 208 | intergenic (+162/+32) | ybbH_1/USA300TCH1516_00200 | putative HTH‑type transcriptional regulator YbbH/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (95/89); new base A (15/9); total (110/98) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 214 total aligned reads displayed.
TTGATGAAAAATTGTTGCTACAAGTTTGTAAAACTGGCATAGAGGCTATTTTGAAAATGATAAAGGCGTGACAAATTAAAGCAAAGTTCAGATTTGAGCTTTGCTTTTTTCATAGATGGAAATTAAATGCTGAAGAATAATTTTAATGCTAAATGAACTAATACGAAGGTGCTAAAAGCAA > USA300TCH1516_ALE/228226‑228406 | ttGATGAAAAATTGTTGCTACAAGTTTGTAAAACTGGCATAGAGGCTATTTTGAAAATGATAAAGGCGTGACAAATTAAAGCAAAGTTCAg < 2:3163818/91‑1 (MQ=255) gaAAAATTGTTGCTACAAGTTTGTAAAACTGGCATAGAGGCTATTTTGAAAATGATAAAGGCGTGACAAATTAAAGCAAAGTTCAGCTTTg < 1:3128326/91‑1 (MQ=255) aaaaTTGTTGCTACAAGTTTGTAAAACTGGCATAGAGGCTATTTTGAAAATGATAAAGGCGTGACAAATTAAAGCAAAGTTCAGATTTGAg > 1:3213845/1‑91 (MQ=255) aaaaGTGTTGCTACAAGTTTGTAAAACTGGCATAGAGGCTAGTTTGAAAATGATAAAGGCGTGACAAATGAAAGCAAAGCTCAAATCTGaa < 2:426571/91‑2 (MQ=255) aaaaGTGGTGCGACAGGTTTGTAAAGCTGGCATAGAGGCTAGTTTGAAAATGGTAACGGCGTGACAAGGTAGAGCAAAGCTCAAATCTGaa < 2:3466128/91‑2 (MQ=255) aaTTGTTGCTACAAGTTTGTAAAACTGGCATAGAGGCTATTTTGAAAATGATAAAGGCGTGACAAATTAAAGCAAAGTTCAGATTTGAgct > 1:871221/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |