| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 228,319 | T→C | 11.7% | intergenic (+165/+29) | ybbH_1 → / ← USA300TCH1516_00200 | putative HTH‑type transcriptional regulator YbbH/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 228,319 | 0 | T | C | 11.7% | 555.4 / 52.2 | 207 | intergenic (+165/+29) | ybbH_1/USA300TCH1516_00200 | putative HTH‑type transcriptional regulator YbbH/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (97/84); new base C (15/9); total (113/94) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.22e-01 | |||||||||||
Only 100 of 212 total aligned reads displayed.
ATGAAAAATTGTTGCTACAAGTTTGTAAAACTGGCATAGAGGCTATTTTGAAAATGATAAAGGCGTGACAAATTAAAGCAAAGTTCAGATTTGAGCTTTGCTTTTTTCATAGATGGAAATTAAATGCTGAAGAATAATTTTAATGCTAAATGAACTAATACGAAGGTGCTAAAAGCAA > USA300TCH1516_ALE/228229‑228406 | aaaaaTTGTTGCTACAAGTTTGTAAAACTGGCATAGAGGCTATTTTGAAAATGATAAAGGCGTGACAAATTAAAGCAAAGTTCAGATTTGa < 2:2623760/91‑1 (MQ=255) aaTTGTTGCTACAAGTTTGTAAAACTGGCATAGAGGCTATTTTGAAAATGATAAAGGCGTGACAAATTAAAGCAAAGTTCAGATTTGAgct > 1:871221/1‑91 (MQ=255) aaTTGTTGCTACAAGCTTGTAAAACTTGCATAGAGGCTATTTTGAAAATTATAAAGGCGTGACAAATTAAAGCAACGTTCAGATTTGAgct > 2:3469563/1‑91 (MQ=255) aTTGTTGGTACAAGTTTGGAGAACTGGCATAGAGGCTATTTTGAAAATGATAAAGGCGTGACAAATTAAAGCAAAGTTCAGATTTGAgctt < 2:1299429/91‑1 (MQ=255) aTTGTTGCTACAAGTTTGTAAAACTGGCATAGAGGCTATTTTGAAAATGATAAAGGCGTGACAAATTAAAGCAAAGTTCAGATTTGAgctt < 2:2091657/91‑1 (MQ=255) aTTGTTGCTACAAGTTTGTAAAACTGGCATAGAGGCTATTTTGAAAATGATAAAGGCGTGACAAATTAAAGCAAAGCTCAAATCTGAactt < 1:468104/91‑1 (MQ=38) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |