| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 290,156 | A→T | 7.1% | intergenic (+47/‑180) | gatB_1 → / → gatC_1 | PTS system galactitol‑specific EIIB component/PTS system galactitol‑specific EIIC component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 290,156 | 0 | A | T | 7.1% | 788.0 / 35.4 | 240 | intergenic (+47/‑180) | gatB_1/gatC_1 | PTS system galactitol‑specific EIIB component/PTS system galactitol‑specific EIIC component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (109/113); new base T (10/7); total (120/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.13e-01 | |||||||||||
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
TGAAGAAACAAAACAACAAATCTTAACAGAGTTACAAAAATAACGGAATTGATATGTAACGTGGGTCGATAACATATTAATATATGCAAATTGCATATAAATGACTATCACGACAAATGATTGTTGATGACATAGAAACGCAGTGACTGTAATTCAAAAGGACTGCAGTCGAATTTAGCA > USA300TCH1516_ALE/290067‑290246 | gaagaaACAAAACAACAAATCTTAACAGAGTTACAAAAATAACGGAATTGATATGTAACGTGGGTCGATAACATATTAATATATGCAAAtt < 1:1374187/91‑1 (MQ=255) aagaaACAAAACAACAAATCTTAACAGAGTTACAAAAATAACGGAATTGATATGTAACGTGGGTCGATAACATATTAATATATGCATATTg > 1:3298071/1‑91 (MQ=255) agaaACAAAACAACAAATCTTAACAGAGTTACAAAAATAACGGAATTGATATGTAACGTGGGTCGATAACATATTAATATATGCAATTTGc < 2:1625228/91‑1 (MQ=255) agaaACAAAACAACAAATCTTAACAGAGTTACAAAAATAACGGAATTGATATGTAACGTGGGTCGATAACATATTAATATATGCAATTTGc < 1:3425975/91‑1 (MQ=255) acaaaacaaCAAATCTTAACAGAGTTACAAAAATAACGGAATTGATATGTAACGTGGGCCTATAACATATTAATATATACAAATTGCatat > 2:1227480/1‑91 (MQ=255) aaaacaaCAAATCTTAACAGAGTTACAAAAATAACGGAATTGATATGTAACGTGGGTCGATAACATATTAATATATGCAAATTGCATATaa < 1:2911311/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |