| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 299,457 | G→T | 6.6% | *390L (TGA→TTA) | tarF_1 → | Teichoic acid glycerol‑phosphate transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 299,457 | 0 | G | T | 6.6% | 951.1 / 36.9 | 280 | *390L (TGA→TTA) | tarF_1 | Teichoic acid glycerol‑phosphate transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (156/105); new base T (5/14); total (161/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.83e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 | |||||||||||
Only 100 of 283 total aligned reads displayed.
ATATTGAAGCACGAACGGTATTTTATCAAAAATTCTGTTCATTAGAAGATGGACAAGCGTCACAACGAATTTGCCAAACGATTTTTAAGTGATAACTTAAAAACAATAAAAAATTATAAATTAATTAGTTAAGTGATATAAATAATAAACGAAATGTTTGCTTGTATGTTATTATTTGTG > USA300TCH1516_ALE/299367‑299546 | atatTGAAGCACGAACGGTATTTTATCAAAAATTCTGTTCATTAGAAGATGGACAAGCGTCACAACGAATTTGCCAAACGATTTTTAAGTg > 1:2280925/1‑91 (MQ=255)atatTGAAGCACGAACGGTATTTTATCAAAAATTCTGTTCAGTAGAAGATGGACAAGCGTCACAACGAATTTGCCAAACGATTTTTAAGTg > 2:2998338/1‑91 (MQ=255) tatTGAAGCACGAACGGTATTTTATCAAAAATTCTGTTCATTAGAAGATGGACAAGCGTCACAACGAATTTGCCAAACGATTTTTAAGTGa > 1:2898664/1‑91 (MQ=255) atTGAAGCACGAACGGTATTTTATCAAAAATTCTGTTCATTAGAAGATGGACAAGCGTCACAACGAATTTGCCAAACGATTTTTAAGTGAt > 2:2461492/1‑91 (MQ=255) atTGAAGCACGAACGGTATTTTATCAAAAATTCTGTTCATTAGAAGATGGACAAGCGTCACAACGAATTTGCCAAACGATTTTTAAGTGAt < 1:3650461/91‑1 (MQ=255) ttGAAGCACGAACGGTATTTTATCAAAGATTCTGTTCATTAGAAGATGGACAAGCGTCACAACGAATTTGCCAAACGATTTTTAAGTTAtc < 2:2378226/91‑2 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |