| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 333,049 | G→C | 28.1% | A753P (GCA→CCA) | esaA → | ESAT‑6 secretion accessory factor EsaA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 333,049 | 0 | G | C | 28.1% | 385.9 / 185.6 | 210 | A753P (GCA→CCA) | esaA | ESAT‑6 secretion accessory factor EsaA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (84/67); new base C (32/27); total (116/94) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.29e-01 | |||||||||||
Only 100 of 212 total aligned reads displayed.
ACACAAGAATCAAAATCAATTGCAGATTCTGTTAGTGGCCAATTAAATCAAGTCGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGAGCATTAGGCGTAAGAGCTAACGATTTGAATCGTCAAATGGCTAAAAACGATAAAGATAATGAGTTGTTCGCTAAAGAATTTAAAAAAGTAT > USA300TCH1516_ALE/332959‑333139 | cacaAGAATCAAAATCAATTGCAGATTCTGTTAGTGGCCAATTAAATCAAGTCGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGAGc > 1:2947244/1‑91 (MQ=255) aaGAATCAAAATCAATTGCAGATTCTGTTAGTGGCCAATTAAATCAAGTCGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGAGCAtt < 1:3654259/91‑1 (MQ=255) aGAATCAAAATCAATTGCAGATTCTGTTAGTGGCCAATTAAATCAAGTCGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGAGCATTa > 1:193768/1‑91 (MQ=255) gAATCAAAATCAATTGCAGATTCTGTTAGTGGCCAATTAAATCAAGTCGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGACCATTAg > 1:2628536/1‑91 (MQ=255) caaaatcaaTTGCAGATTCTGTTAGTGGCCAATTAAATCAAGTCGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGACCATTAGGCGt < 1:963653/91‑1 (MQ=255) caaaatcaaTTGCAGATTCTGTTAGTGGCCAATTAAATCAAGTCGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGACCATTAGGCGt < 1:586365/91‑1 (MQ=255) aaatcaaTTGCAGATTCTGTTAGTGGCCAATTAAATCAAGTCGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGAGCATTAGGCGTaa > 2:2487375/1‑91 (MQ=255) aatcaaTTGCAGATTCTGTTAGTGGCCAATTAAATCAAGTCGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGAGCATTAGGCGTAag > 2:2905124/1‑91 (MQ=255) aatcaaTTGCAGATTCTGTTAGTGGCCAATTAAATCAAGTCGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGACCATTAGGCGTAag > 1:605077/1‑91 (MQ=255) tcaaTTGCAGATTCTGTTAGTGGCCAATTAAATCAAGTCGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGAGCATTAGGCGTAagag < 1:1039807/91‑1 (MQ=255) caaTTGCAGATTCTGTTAGTGGCCAATTAAATCAAGTCGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGACCATTAGGCGTAAGAGc < 2:1456721/91‑1 (MQ=255) aTTGCAGATTCTGTTAGTGGCCAATTAAATCAAGTCGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGAGCATTAGGCGTAAGAGCTa < 1:517262/91‑1 (MQ=255) ttGCAGATTCTGTTAGTGGCCAATTAAATCAAGTCGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGAGCATTAGGCGTAAGAGCTaa < 1:1273952/91‑1 (MQ=255) ttGCAGATTCTGTTAGTGGCCAATTAAATCAAGTCGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGACCATTAGGCGTAAGAGCTaa > 1:3506648/1‑91 (MQ=255) tGCAGATTCTGTTAGTGGCCAATTAAATCAAGTCGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGACCATTAGGCGTAAGAGCTAAc > 2:1948331/1‑91 (MQ=255) gCAGATTCTGTTAGTGGCCAATTAAATCAAGTCGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGAGCATTAGGCGTAAGAGCTAACg > 1:627320/1‑91 (MQ=255) gCAGATTCTGTTAGTGGCCAATTAAATCAAGTCGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGACCATTAGGCGTAAGAGCTAACg > 2:3757012/1‑91 (MQ=255) gCAGATTCTGTTAGTGGCCAATTAAATCAAGTAGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGAGCATTAGGCGTAAGAGCTAACg > 2:3881516/1‑91 (MQ=255) aGATTCTGTTAGTGGCCAATTAAATCAAGTCGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGAGCATTAGGCGTAAGAGCTAACGAt < 1:2352502/91‑1 (MQ=255) aGATTCTGTTAGTGGCCAATTAAATCAAGTCGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGAGCATTAGGCGTAAGAGCTAACGAt < 2:26689/91‑1 (MQ=255) ttCTGTTAGTGGCCAATTAAATCAAGTCGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGAGCATTAGGCGTAAGAGCTAACGATTTg < 1:2262448/91‑1 (MQ=255) tCTGTTAGTGGCCAATTAAATCAAGTCGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGAGCATTAGGCGTAAGAGCTAACGATTTGa > 2:2863535/1‑91 (MQ=255) tCTGTTAGTGGCCAATTAAAGCAAGTCGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGACCATTAGGCGTAAGAGCTAACGATTTGa < 2:1103504/91‑1 (MQ=255) cTGTTAGTGGCCAATTAAATCAAGTCGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGAGCATTAGGCGTAAGAGCTAACGATTTGaa < 1:1704286/91‑1 (MQ=255) cTGTTAGTGGCCAATTAAATCAAGTCGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGAGCATTAGGCGTAAGAGCTAACGATTTGaa < 2:3312372/91‑1 (MQ=255) cTGTTAGTGGCCAATTAAATCAAGTCGACAATAATGTGAATAAGCAACATGCAACAGGTCGAGCAGTAGGCGTAAGAGCTAACGATTTGaa < 2:65150/91‑1 (MQ=255) tGTTAGTGGCCAATTAAATCAAGTCGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGAGCATTAGGCGTAAGAGCTAACGATTTGAAt < 1:1349224/91‑1 (MQ=255) gTTAGTGGCCAATTAAATCAAGTCGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGAGCATTAGGCGTAAGAGCTAACGATTTGAATc < 2:2574753/91‑1 (MQ=255) gTTAGTGGCCAATTAAATCAAGTCGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGAGCATTAGGCGTAAGAGCTAACGATTTGAATc < 1:1573566/91‑1 (MQ=255) ttAGTGGCCAATTAAATCAAGTCGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGAGCATTAGGCGTAAGAGCTAACGATTTGAATCg > 2:3750455/1‑91 (MQ=255) tAGTGGCCAATTAAATCAAGTCGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGAGCATTAGGCGTAAGAGCTAACGATTTGAATCGt > 2:617171/1‑91 (MQ=255) tAGTGGCCAATTAAATCAAGTCGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGAGCATTAGGCGTAAGAGCTAACGATTTGAATCGt < 1:2298068/91‑1 (MQ=255) cAATTAAATCAAGTCGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGAGCATTAGGCGTAAGAGCTAACGATTTGAATCGTCAAATgg < 2:506239/91‑1 (MQ=255) cAATTAAATCAAGTCGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGAGCATTAGGCGTAAGAGCTAACGATTTGAATCGTCAAATgg > 1:1907898/1‑91 (MQ=255) cAATTAAATCAAGTCGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGAGCATTAGGCGTAAGAGCTAACGATTTGAATCGTCAAATgg > 2:1667234/1‑91 (MQ=255) cAATTAAATCAAGTCGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGACCATTAGGCGTAAGAGCTAACGATTTGAATCGTCAAATgg < 1:3714889/91‑1 (MQ=255) cAATTAAATCAAGTCGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGACCATTAGGCGTAAGAGCTAACGATTTGAATCGTCAAATgg > 2:1928886/1‑91 (MQ=255) aaTTAAATCAAGTCGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGAGCATTAGGCGTAAGAGCTAACGATTTGAATCGTCAAATGGc > 2:3591357/1‑91 (MQ=255) aaTTAAATCAAGTCGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGAGCATTAGGCGTAAGAGCTAACGATTTGAATCGTCAAATGGc > 1:711505/1‑91 (MQ=255) aaTTAAATCAAGTCGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGACCATTAGGCGTAAGAGCTAACGATTTGAATCGTCAAATGGc < 1:1465519/91‑1 (MQ=255) aaaTCAAGTCGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGAGCATTAGGCGTAAGAGCTAACGATTTGAATCGTCAAGTGGCTaaa > 2:1592660/1‑91 (MQ=255) aaaTCAAGTCGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGAGCATTAGGCGTAAGAGCTAACGATTTGAATCGTCAAATGGCTaaa < 2:550912/91‑1 (MQ=255) aaTCAAGTCGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGACCATTAGGCGTAAGAGCTAACGATTTGAATCGTCAAATGGCTaaaa < 1:2344407/91‑1 (MQ=255) aaTCAAGGCGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGAGCATTAGGCGTAAGAGCTAACGATTTGAATCGTCAAATGGCTaaaa < 2:2561976/91‑1 (MQ=255) aTCAAGTCGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGAGCATTAGGCGTAAGAGCTAACGATTTGAATCGTCAAATGGCTaaaaa > 1:760025/1‑91 (MQ=255) aTCAAGTCGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGAGCATTAGGCGTAAGAGCTAACGATTTGAATCGTCAAATGGCTaaaaa < 1:1525101/91‑1 (MQ=255) cAAGTCGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGAGCATTAGGCGTAAGAGCTAACGATTTGAATCGTCAAATGGCTAAAAACg > 1:2179915/1‑91 (MQ=255) aaGTCGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGAGCATTAGGCGTAAGAGCTAACGATTTGAATCGTCAAATGGCTAAAAACGa < 2:1507187/91‑1 (MQ=255) aGTCGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGAGCATTAGGCGTAAGAGCTAACGATTTGAATCGTCAAATGGCTAAAAACGAt < 2:3220329/91‑1 (MQ=255) aGTCGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGAGCATTAGGCGTAAGAGCTAACGATTTGAATCGTCAAATGGCTAAAAACGAt < 1:879527/91‑1 (MQ=255) aGTCGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGAGCATTAGGCGTAAGAGCTAACGATTTGAATCGTCAAATGGCTAAAAACGAt < 2:235150/91‑1 (MQ=255) tCGACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGACCATTAGGCGTAAGAGCTAACGATTTGAATCGTCAAATGGCTAAAAACGATaa < 2:3725224/91‑1 (MQ=255) gACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGAGCATTAGGCGTAAGAGCTAACGATTTGAATCGTCAAATGGCTAAAAACGATAAAg > 2:44085/1‑91 (MQ=255) gACAATAATGTGAATAAGCTACATGCGACAGGTCGAGCATTAGGCGTAAGAGCTAACGATTTGAATCGTCAAATGGCTAAAAACGATAAAg < 1:2641829/91‑1 (MQ=255) 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aaTAAGCTACATGCGACAGGTCGAGCATTAGGCGTAAGAGCTAACGATTTGAATCGTCAAATGGCTAAAAACGATAAAGATAATGAgttgt < 1:421457/91‑1 (MQ=255) aaTAAGCTACATGCGACAGGTCGACCATTAGGCGTAAGAGCTAACGATTTGAATCGTCAAATGGCTAAAAACGATAAAGATAATGAgttgt < 1:995980/91‑1 (MQ=255) aaGCTACATGCGACAGGTCGAGCATTAGGCGTAAGAGCTAACGATTTGAATCGTCAAATGGCTAAAAACGATAAAGATAATGAGTTGTTCg > 2:121745/1‑91 (MQ=255) aaGCTACATGCGACAGGTCGAGCATTAGGCGTAAGAGCTAACGATTTGAATCGTCAAATGGCTAAAAACGATAAAGATAATGAGTTGTTCg < 1:1331446/91‑1 (MQ=255) gCTACATGCGACAGGTCGAGCATTAGGCGTAAGAGCTAACGATTTGAATCGTCAAATGGCTAAAAACGATAAAGATAATGAGTTGTTCGCt > 2:33818/1‑91 (MQ=255) gCTACATGCGACAGGTCGACCATTAGGCGTAAGAGCTAACGATTTGAATCGTCAAATGGCTAAAAACGATAAAGATAATGAGTTGTTCGCt > 1:2763713/1‑91 (MQ=255) cTACATGCGACAGGTCGAGCATTAGGCGTAAGAGCTAACGATTTGAATCGTCAAATGGCTAAAAACGATAAAGATAATGAGTTGTTCGCTa > 1:476831/1‑91 (MQ=255) cTACATGCGACAGGTCGACCATTAGGCGTAAGAGCTAACGATTTGAATCGTCAAATGGCTAAAAACGATAAAGATAATGAGTTGTTCGCTa < 1:120372/91‑1 (MQ=255) cTACATGCGACAGGTCGACCATTAGGCGTAAGAGCTAACGATTTGAATCGTCAAATGGCTAAAAACGATAAAGATAATGAGTTGTTCGCTa < 1:120126/91‑1 (MQ=255) aCATGCGACAGGTCGAGCATTAGGCGTAAGAGCTAACGATTTGAATCGTCAAATGGCTAAAAACGATAAAGATAATGAGTTGTTCGCTaaa > 1:911227/1‑91 (MQ=255) aCATGCGACAGGTCGACCATTAGGCGTAAGAGCTAACGATTTGAATCGTCAAATGGCTAAAAACGATAAAGATAATGAGTTGTTCGCTaaa > 1:2100931/1‑91 (MQ=255) aTGCGACAGGTCGAGCATTAGGCGTAAGAGCTAACGATTTGAATCGTCAAATGGCTAAAAACGATAAAGATAATGAGTTGTTCGCTAAAGa > 2:3649457/1‑91 (MQ=255) tGCGACAGGTCGAGCATTAGGCGTAAGAGCTAACGATTTGAATCGTCAAATGGCTAAAAACGATAAAGATAATGAGTTGTTCGCTAAAGaa > 2:2764544/1‑91 (MQ=255) tGCGACAGGTCGAGCATTAGGCGTAAGAGCTAACGATTTGAATCGTCAAATGGCTAAAAACGATAAAGATAATGAGTTGTTCGCTAAAGaa < 1:547422/91‑1 (MQ=255) tGCGACAGGTCGAGCATTAGGCGTAAGAGCTAACGATTTGAATCGTCAAATGGCTAAAAACGATAAAGATAATGAGTTGTTCGCTAAAGaa > 1:44146/1‑91 (MQ=255) tGCGACAGGTCGACCATTAGGCGTAAGAGCTAACGATTTGAATCGTCAAATGGCTAAAAACGATAAAGATAATGAGTTGTTCGCTAAAGaa < 1:2426079/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |