| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 372,106 | T→A | 7.2% | intergenic (‑166/‑204) | ylbJ ← / → lip2 | Sporulation integral membrane protein YlbJ/Lipase 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 372,106 | 0 | T | A | 7.2% | 720.9 / 33.4 | 217 | intergenic (‑166/‑204) | ylbJ/lip2 | Sporulation integral membrane protein YlbJ/Lipase 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (106/95); new base A (7/9); total (113/104) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.49e-01 | |||||||||||
Only 100 of 227 total aligned reads displayed.
TATTTTCATACCAATACAAATTAACTAATTATATATAGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGAAATACACATATTTGTAAATGATTAGTATCGATTTAATATCGTATTATTAAAT > USA300TCH1516_ALE/372016‑372196 | tattTTCATACCAATACAAATTAACTAATTATATATAGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGAt < 2:1639377/91‑1 (MQ=255)tattTTCATACCAATACAAATTAACTAATTATATATAGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGAt < 1:2442266/91‑1 (MQ=255)tattTTCATACCAATACAAATTAACTAATTATATATAGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGAt > 2:2363123/1‑91 (MQ=255) attTTCATACCAATACAAATTAACTAATTATATATAGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGAtt > 1:2312545/1‑91 (MQ=255) ttttCATACCAATACAAATTAACTAATTATATATAGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTc > 2:3706595/1‑91 (MQ=255) ttttCATACCAATACAAATTAACTAATTATATATAGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTc > 2:834858/1‑91 (MQ=255) tttCATACCAATACAAATTAACTAATTATATATAGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTGGTGTTGAATCa < 2:1425688/91‑1 (MQ=255) atCATACCAATACAAATTAACTAATTATATATAGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCaa > 2:1570221/2‑91 (MQ=255) tCATACCAATACAAATTAACTAATTATATATAGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTGGTGTTGAATCAac < 1:3138405/91‑1 (MQ=255) cATACCAATACAAATTAACTAATTATATATAGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAaca > 1:275128/1‑91 (MQ=255) aTACCAATACAAATTAACTAATTATATATAGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAacac < 1:2509393/91‑1 (MQ=255) aTACCAATACAAATTAACTAATTATATATAGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAacac > 2:968910/1‑91 (MQ=255) tACCAATACAAATTAACTAATTATATATAGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAAcacc > 2:2420417/1‑91 (MQ=255) tACCAATACAAATTAACTAATTATATATAGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAAcacc > 1:770552/1‑91 (MQ=255) tACCAATACAAATTAACTAATTATATATAGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAAcacc < 1:3003018/91‑1 (MQ=255) aCCAATACAAATTAACTAATTATATATAGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAAcacca > 2:25530/1‑91 (MQ=255) aCCAATACAAATTAAATAATTATCTATAGATTGAAACTATATTACTTAATAAACTATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAacatcc > 2:549450/1‑88 (MQ=255) ccAATACAAATTAACTAATTATATATAGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTGGTGTTGAATCAacacaac < 2:2813875/91‑4 (MQ=39) ccAATACAAATTAACTAATTATATATAGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTGGTGTTGAATCAacacaac < 2:3454653/91‑4 (MQ=39) cAATACAAATTAACTAATTATATATAGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTGGTGTTGAATcaacacaaca < 1:1026275/91‑1 (MQ=39) aTACAAATTAACTAATTATATATAGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAAc < 1:2319492/91‑1 (MQ=255) aTACAAATTAACTAATTATATATAGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAAc < 1:2683915/91‑1 (MQ=255) aTACAAATTAACTAATTATATATAGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAAc < 2:1894536/91‑1 (MQ=255) aTACAAATTAACTAATTATATATAGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTGGTGTTGAATCAACACaacaac < 1:3746217/91‑1 (MQ=38) tACAAATTAACTAATTATATATAGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACt < 2:2046032/91‑1 (MQ=255) tACAAATTAACTAATTATATATAGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACt < 2:777420/91‑1 (MQ=255) aCAAATTAACTAATTATATATAGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTa < 2:2067323/91‑1 (MQ=255) aCAAATTAACTAATTATATATAGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTa < 1:3183104/91‑1 (MQ=255) aCAAATTAACTAATTATATATAGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTGGTGTTGAATCAACACaacaacat < 2:2689483/91‑3 (MQ=38) cAAATTAACTAATTATATATAGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTaa < 2:634516/91‑1 (MQ=255) aaaTTAACTAATTATATATAGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTaaa < 1:2024056/91‑1 (MQ=255) aaTTAACTAATTATATATAGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTaaaa > 2:209192/1‑91 (MQ=255) aTTAACTAATTATATATAGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTAAAAg > 1:1006703/1‑91 (MQ=255) ttAACTAATTATATATAGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTAAAAgt > 1:2080728/1‑91 (MQ=255) ttAACTAATTATATATAGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACAACAACTAAAAga > 2:1211857/1‑90 (MQ=255) aaCTAATTATATATAGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTAAAAgtgt > 1:1315577/1‑91 (MQ=255) aaTTATATATAGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTtat > 1:1114334/1‑91 (MQ=255) aTTATATATAGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTtata < 2:162560/91‑1 (MQ=255) aTTATATATAGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTtata < 1:1663410/91‑1 (MQ=255) aTTATATATAGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTtata < 2:1362450/91‑1 (MQ=255) ttATATATAGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATTTTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATaa < 2:3908211/91‑1 (MQ=255) ttATATATAGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATaa < 2:3816176/91‑1 (MQ=255) atatataGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAat < 1:1892603/91‑1 (MQ=255) tatataGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAatt < 2:3107962/91‑1 (MQ=255) atataGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAatta < 2:1178533/91‑1 (MQ=255) ataGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAattatt > 2:2302491/1‑91 (MQ=255) ataGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAattatt < 1:1153142/91‑1 (MQ=255) gATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTgg < 1:715855/91‑1 (MQ=255) aaaCTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGAAATa > 1:1396375/1‑91 (MQ=255) aaaCTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGAAATa < 1:507/91‑1 (MQ=255) aaCTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGAAATac > 1:1602732/1‑91 (MQ=255) aaCTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGAAATac > 1:3478784/1‑91 (MQ=255) aaCTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGAAATac > 2:1810162/1‑91 (MQ=255) cTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGAAATacac > 2:323080/1‑91 (MQ=255) cTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGAAATacac < 1:1433310/91‑1 (MQ=255) tataTTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGAAATAcaca > 2:969955/1‑91 (MQ=255) atatTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGAAATACACat > 2:3617843/1‑91 (MQ=255) atatTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGAAATACACat > 2:2249857/1‑91 (MQ=255) tatTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGAAATACACata < 2:3538268/91‑1 (MQ=255) tatTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGAAATACACata < 1:2833433/91‑1 (MQ=255) aCTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGAAATACACATATTTg > 2:2492599/1‑91 (MQ=255) aCTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGAAATACACATATTTg > 1:2160514/1‑91 (MQ=255) taataaAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGAAATACACATATTTGTaa > 2:2350623/1‑91 (MQ=255) taataaAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGAAATACACATATTTGTaa < 2:3726677/91‑1 (MQ=255) ataaAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGAAATACACATATTTGTAAAt > 1:469952/1‑91 (MQ=255) atatTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGAAATACACATATTTGTAAATGATTa > 2:1755411/1‑91 (MQ=255) tatGTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAATGATTTGGAAATACACATATTTGTAAATGATTAg < 2:1587592/91‑1 (MQ=255) ttATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGAAATACACATATTTGTAAATGATTAGTAt > 1:1232451/1‑91 (MQ=255) tATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGAAATACACATATTTGTAAATGATTAGTATc > 1:680595/1‑91 (MQ=255) aTCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGAAATACACATATTTGTAAATGATTAGTATCg < 1:2377758/91‑1 (MQ=255) tCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGAAATACACATATTTGTAAATGATTAGTATCGa < 2:759995/91‑1 (MQ=255) tCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGAAATACACATATTTGTAAATGATTAGTATCGa < 1:3382194/91‑1 (MQ=255) tCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGAAATACACATATTTGTAAATGATTAGTATCGa > 2:3350022/1‑91 (MQ=255) tCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGAAATACACATATTTGTAAATGATTAGTATCGa > 1:1771973/1‑91 (MQ=255) tCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGAAATACACATATTTGTAAATGATTAGTATCGa < 2:2513932/91‑1 (MQ=255) cTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGAAATACACATATTTGTAAATGATTAGTATCGAt < 1:2879639/91‑1 (MQ=255) ttAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGAAATACACATATTTGTAAATGATTAGTATCGAtt < 2:456453/91‑1 (MQ=255) ttAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGAAATACACATATTTGTAAATGATTAGTATCGAtt < 2:3866836/91‑1 (MQ=255) ttAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGAAATACACATATTTGTAAATGATTAGTATCGAtt < 2:1062464/91‑1 (MQ=255) aaaTGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTAAAGGTGTTTATAAATTATTTGGAAATACACATATTTGTAAATGATTAGTATCGATTTa < 2:2938190/91‑1 (MQ=255) aaTGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGAAATACACATATTTGTAAATGATTAGTATCGATTTaa < 2:277772/91‑1 (MQ=255) gttgttgtGTTGATTCAACACCACAACTAAAAGCGTTTATAAATTATTTGGAAATACACATATTTGTAAATGATTAGTATCGATTTAatat > 2:3302318/1‑91 (MQ=255) gttgtggtGTTGAATCAA‑‑‑CACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGAAATACACATATTTGTAAATGATTAGTATCGATTTAATATCGt > 2:465623/1‑91 (MQ=38) ttgttgtGTTGATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGAAATACACATATTTGTAAATGATTAGTATCGATTTAATATc > 2:2589680/1‑91 (MQ=255) ttgttgtGTTGATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGAAATACACATATTTGTAAATGATTAGTATCGATTTAATATc < 2:306670/91‑1 (MQ=255) tgttgtgttgATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGAAATACACATATTTGTAAATGATTAGTATCGATTTAATATCg < 2:2043814/91‑1 (MQ=255) gttgtgttgATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGAAATACACATATTTGTAGATGATTAGTATCGATTTAATATCGt > 1:3688958/1‑91 (MQ=255) gttgtgttgATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGAAATACACATATTTGTAAATGATTAGTATCGATTTAATATCGt > 1:928529/1‑91 (MQ=255) gttgtgttgATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGAAATACACATATTTGTAAATGATTAGTATCGATTTAATATCGt > 2:912453/1‑91 (MQ=255) gtggtgttgAATCAACACAACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGAAATACACATATTTGTAAATGATTAGTATCGATTTAATATCGt > 1:2456940/4‑91 (MQ=39) ttgtgttgATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGAAATACACATATTTGTAAATGATTAGTATCGATTTAATATCGta > 1:3534528/1‑91 (MQ=255) tggtgttgAATCCACACAACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGAAATACACATATTTGTAAATGATTAGTATCGATTTAATATCGta > 1:3035141/3‑91 (MQ=255) tggtgttgAATCAACACAACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGAAATACACATATTTGTAAATGATTAGTATCGATTTAATGTCGta > 2:3639184/3‑91 (MQ=255) tggtgttgAATCAACACAACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGAAATACACAGATTTGTAAATGATTAGTATCGATTTAATATCGta > 1:179356/3‑91 (MQ=255) gttgATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGAAATACACATATTTGTAAATGATTAGTATCGATTTAATATCGtattat < 2:826144/91‑1 (MQ=255) tgATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGACCTCCACATCTTTGTAACTGCCTAGTATCGATTTCATATCCTAttatta > 2:3427301/1‑91 (MQ=255) gATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGAAATACACATATTTGTAAATGATTAGTATCGATTTAATATCGTATTATTaa < 1:2240725/91‑1 (MQ=255) gATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGAAATACACATATTTGTAAATGATTAGTATCGATTTAATATCGTATTATTaa > 2:2074247/1‑91 (MQ=255) aTTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGAAATACACATATTTGTAAATGATTAGTATGGATTTAAGATCGTATTATTaaa < 2:238095/91‑1 (MQ=255) ttCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGAAATACACATATTTGTAAATGATTAGTATCGATTTAATATCGTATTATTAAAt > 2:3300674/1‑91 (MQ=255) | TATTTTCATACCAATACAAATTAACTAATTATATATAGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGAAATACACATATTTGTAAATGATTAGTATCGATTTAATATCGTATTATTAAAT > USA300TCH1516_ALE/372016‑372196 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |