| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 410,464 | A→T | 5.2% | I522I (ATT→ATA) | yitJ ← | Bifunctional homocysteine S‑methyltransferase/5,10‑methylenetetrahydrofolate reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 410,464 | 0 | A | T | 5.2% | 632.6 / 14.4 | 186 | I522I (ATT→ATA) | yitJ | Bifunctional homocysteine S‑methyltransferase/5,10‑methylenetetrahydrofolate reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (88/87); new base T (4/6); total (93/93) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 190 total aligned reads displayed.
TTCAAATTGTTGTAAAATTTCATCTGACATCTTGATTCCTGGCACTTCATTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTGGCATGGTAAATTTCAATGATTTTCTCTTTGCTGTACACGGGTTGTGTTATAAAA > USA300TCH1516_ALE/410374‑410554 | ttCAAATTGTTGTAAAATTTCATCTGACATCTTGATTCCTGGCACTTCATTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATa > 2:2495693/1‑91 (MQ=255) aaaTTGTTGTAAAATTTCATCTGACATCTTGATTCCTGGCACTTCATTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATTATg < 1:3494544/91‑1 (MQ=255) aaTTGTTGTAAAATTTCATCTGACATCTTGATTCCTGGCACTTCATTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATTATGc < 1:1209544/91‑1 (MQ=255) aaTTGTTGTAAAATTTCATCTGACATCTTGATTCCTGGCACTTCATTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGc > 1:1546876/1‑91 (MQ=255) aTTGTTGTAAAATTTCATCTGACATCTTGATTCCTGGCACTTCATTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGcc < 1:1081177/91‑1 (MQ=255) aTTGTTGTAAAATTTCATCTGACATCTTGATTCCTGGCACTTCATTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGcc > 2:433364/1‑91 (MQ=255) aTTGTTGTAAAATTTCATCTGACATCTTGATTCCTGGCACTTCATTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGcc < 1:1744562/91‑1 (MQ=255) ttgttgTAAAATTTCATCTGACATCTTGATTCCTGGCACTTCATTATGCAAAAAGGGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATTATGCCt < 2:1584356/91‑1 (MQ=255) tgttgtAAAATTTCATCTGACATCTTGATTCCTGGCACTTCATTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTa < 1:840319/91‑1 (MQ=255) tgttgtAAAATTTCATCTGACATCTTGATTCCTGGCACTTCATTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTa < 1:2283178/91‑1 (MQ=255) tgttgtAAAATTTCATCTGACATCTTGATTCCTGGCACTTCATGATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTa < 2:3688211/91‑1 (MQ=255) gttgtAAAATTTCATCTGACATCTTGATTCCTGGCACTTCATTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTAt > 1:2438364/1‑91 (MQ=255) gttgtAAAATTTCATCTGACATCTTAATTCCTGGCACTTCATTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTAt < 2:3586973/91‑1 (MQ=255) ttgtAAAATTTCATCTGACATCTTGATTCCTGGCACTTCATTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATg > 1:2799774/1‑91 (MQ=255) ttgtAAAATTTCATCTGACATCTTGATTCCTGGCACTTCATTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATg < 2:1005133/91‑1 (MQ=255) ttgtAAAATTTCATCTGACATCTTGATTCCTGGCACTTCATTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATg > 1:441874/1‑91 (MQ=255) gtAAAATTTTATCTGACATCTTGATTCCTGGCACTTCATTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGaa > 1:1980271/1‑91 (MQ=255) tAAAATTTCATCTGACATCTTGATTCCTGGCACTTCATTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGTTAGGCATAATGCCTCTGaaa > 2:3637122/1‑91 (MQ=255) tAAAATTTCATCTGACATCTTGATTCCTGGCACTTCATTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGaaa < 1:933452/91‑1 (MQ=255) aaaTTTCATCTGACATCTTGATTCCTGGCACTTCATTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGaaaaa > 2:378941/1‑91 (MQ=255) aaTTTCATCTGACATCTTGATTCCTGGCACTTCATTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAAt > 1:3243538/1‑91 (MQ=255) tttCATCTGACATCTTGATTCCTGGCACTTCATTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATgg > 2:1492779/1‑91 (MQ=255) tttCATCTGACATCTTGATTCCTGGCACTTCATTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATgg < 2:714132/91‑1 (MQ=255) ttCATCTGACATCTTGATTCCTGGCACTTCATTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGt < 1:216455/91‑1 (MQ=255) ttCATCTGACATCTTGATTCCTGGCACTTCATTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGt < 1:1437199/91‑1 (MQ=255) tCATCTGACATCTTGATTCCTGGCACTTCATTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGtt < 1:409168/91‑1 (MQ=255) tCATCTGACATCTTGATTCCTGGCACTTCATTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGtt < 1:1641370/91‑1 (MQ=255) tCTGACATCTTGATTCCTGGCACTTCATTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGt > 1:2566548/1‑91 (MQ=255) tCTGACATCTTGATTCCTGGCACTTCATTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAAGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGt > 1:2513709/1‑91 (MQ=255) cTGACATCTTGATTCCTGGCACTTCATTATGCAAAAAGAGAGCGTTTCTGTAACTTGCGATAGGCAATATGCCTATGAAAAATGGTTTGtt > 2:3676216/1‑91 (MQ=255) tGACATCTTGATTCCTGGCACTTCATTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTc < 1:3639937/91‑1 (MQ=255) aCATCTTGATTCCTGGCACTTCATTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCaa < 2:1642181/91‑1 (MQ=255) cATCTTGATTCCTGGCACTTCATTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAg < 1:2910303/91‑1 (MQ=255) cATCTTGATTCCTGGCACTTCATTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAg > 2:352540/1‑91 (MQ=255) tCTTGATTCCTGGCACTTCATTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTg < 2:2304280/91‑1 (MQ=255) tCTTGATTCCTGGCACTTCATTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTg > 1:601648/1‑91 (MQ=255) tCTTGATTCCTGGCACTTCATTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTg > 1:461333/1‑91 (MQ=255) ttGATTCCTGGCACTTCATTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCt > 1:518652/1‑91 (MQ=255) ttGATTCCTGGCACTTCATTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGCTCAAGTGCt > 1:3787006/1‑91 (MQ=255) tGATTCCTGGCACTTCATTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCtt < 2:2122377/91‑1 (MQ=255) tGATTCCTGGCACTTCATTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAACGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCtt > 1:821188/1‑91 (MQ=255) gATTCCTGGCACTTCATTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCTATAGGCATAATGCCTTTGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTa > 2:581313/1‑91 (MQ=255) gATTCCTGGCACTTCATTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTa > 1:2446601/1‑91 (MQ=255) aTTCCTGGCACTTCATTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAg > 2:3754772/1‑91 (MQ=255) aTTCCTGGCACTTCATTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAg > 2:2479753/1‑91 (MQ=255) ttCCTGGCACTTCATTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGAGCTTAGt > 2:2434484/1‑91 (MQ=255) ttCCTGGCACTTCATTATGC‑AAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTg > 2:3492606/1‑91 (MQ=255) ccTGGCACTTCATTATGCAAAACGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATACTGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTgg > 2:3118688/1‑91 (MQ=255) ccTGGCACTTCATTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTgg > 1:3661349/1‑91 (MQ=255) cTGGCACTTCATTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTGGc < 1:2578362/91‑1 (MQ=255) tGGCACTTCATTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTGGCa > 2:356970/1‑91 (MQ=255) gCACTTCATTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTGGCATg > 2:2561560/1‑91 (MQ=255) cTTCATTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTGGCATGGTa > 1:2673121/1‑91 (MQ=255) aTTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTGGCATGGTAAAtt > 1:2111236/1‑91 (MQ=255) aTTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTGGCATGGTAAAtt > 1:795395/1‑91 (MQ=255) aTTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTGGCATGGTAAAtt < 2:2103859/91‑1 (MQ=255) tATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTTTTTTTTTCTTTAGTCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTGGCATGGTAAATTTc > 2:926406/1‑91 (MQ=255) aaaaGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTGGCATGGTAAATTTCAATGAt > 1:3938646/1‑91 (MQ=255) aaaaGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATACCTATGAACAATGGTTTGTTCCAGTGCTTAGTGGCATGGTAAATTTCAATGAt > 1:3153877/1‑91 (MQ=255) aaaGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTGGCATGGTAAATTTCAATGAtt > 1:3438862/1‑91 (MQ=255) aaaGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTGGCATGGTAAATTTCAATGAtt < 2:2323965/91‑1 (MQ=255) aaGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTGGCATGGTAAATTTCAATGAttt < 1:3222353/91‑1 (MQ=255) aaGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTGGCATGGTAAATTTCAATGAttt < 2:3301038/91‑1 (MQ=255) gagTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTGGCATGGTAAATTTCAATGATTTtc < 1:785225/91‑1 (MQ=255) gagTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTGGCATGGTAAATTTCAATGATTTtc < 2:2908556/91‑1 (MQ=255) agTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTGGCATGGTAAATTTCAATGATTTtct < 2:3885651/91‑1 (MQ=255) agTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTGGCATGGTAAATTTCAATGATTTtct > 2:3949877/1‑91 (MQ=255) agTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTGGCATGGTAAATTTCAATGATTTtct > 1:1317727/1‑91 (MQ=255) gTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTGGCATGGTAAATTTCAATGATTTtctc > 1:2644747/1‑91 (MQ=255) gCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTGGCATGGTAAATTTCAATGATTTTCTCtt > 2:907820/1‑91 (MQ=255) gCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTGGCATGGTAAATTTCAATGATTTTCTCtt > 1:901354/1‑91 (MQ=255) cGTTTTTGTAGCTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTGGCATGGTAAATTTCAATGATTTTCTCttt < 2:2663293/91‑1 (MQ=255) cGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTGGCATGGTAAATTTCAATGATTTTCTCttt < 1:2754864/91‑1 (MQ=255) gTTTCTGTAACTTGCGATAGGCATAATGACTATGAAAAATGGAATGTTCAAGTGCTTAGTGACACGGTAAATTTCAATGATATTCTGTTTg > 2:1129239/1‑91 (MQ=255) tttttGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTGGCATGGTAAATTTCAATGATTTTCTCTTTGc < 2:3354718/91‑1 (MQ=255) tttttGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTGGCATGGTAAATTTCAATGATTTTCTCTTTGc > 2:1178559/1‑91 (MQ=255) gTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTGGCATGGTAAATTTCAATGATTTTCTCTTTGCTGTac < 1:3864632/91‑1 (MQ=255) gTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTGGCATGGTAAATTTCAATGATTTTCTCTTTGCTGTac > 1:397254/1‑91 (MQ=255) aaCTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTGGCATGGTAAATTTCAATGATTTTCTCTTTGCTGTacac < 1:3408575/91‑1 (MQ=255) aCTTTCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTGGCATGGTACATTTCAATGATTTTCTCTTTGCTGTACACg > 2:3840061/1‑91 (MQ=255) aCTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTGGCATGGTAAATTTCAATGATTTTCTCTTTGCTGTACACg > 1:1883425/1‑91 (MQ=255) aCTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTGGCATGGTAAATTTCAATGATTTTCTCTTTGCTGTACACg > 2:1542485/1‑91 (MQ=255) aCTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTGGCATGGTAAATTTCAATGATTTTCTCTTTGCTGTACACg < 2:3021670/91‑1 (MQ=255) aCTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTGGCATGGTAAATTTCAATGATTTTCTCTTTGCTGTACACg > 2:1767112/1‑91 (MQ=255) aCTCGCGATCGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTGGCATGGTAAATTTCAATGATTTTCTCTTTGCTGTACACg < 1:3554113/91‑1 (MQ=255) ttGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTGGCATGGTAAATTTCAATGATTTTCTCTTTGCTGTACACggg < 1:679022/91‑1 (MQ=255) gATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTGGCATGGTAAATTTCAATGATTTTCTCTTTGCTGTACACGGGTtgt < 1:1080983/91‑1 (MQ=255) aTAGGCATTATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTGGCATGGTCATTTTCAATGATTTTCTCTTTGCTGTACACGGGTtgtg > 1:1836594/1‑91 (MQ=255) aTAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTGGCATGGTAAATTTCAATGATTTTCTCTTTGCTGTACACGGGTtgtg > 1:2599010/1‑91 (MQ=255) tAGGCATTATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCCAGTGCTTTGTGGCATGGTACATTTCCATGATTTTCTCTTTGCTGTACACGGGTTgtgt > 2:2008001/1‑91 (MQ=255) tAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTGGCATGGTAAATTTCAATGATTTTCTCTTTGCTGTACACGGGTTgtgt < 2:531020/91‑1 (MQ=255) tAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTGGCATGGTAAATTTCAATGATTTTCTCTTTGCTGTACACGGGTTgtgt < 2:2391522/91‑1 (MQ=255) aGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTGGCATGGTAAATTTCAATGATTTTCTCTTTGCTGTACACGGGTTGTGtt < 2:2726535/91‑1 (MQ=255) aGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTGGCATGGTAAATTTCAAAGATTTTCTCTTTGCTGTACACGGGTTGTGtt < 2:3154878/91‑1 (MQ=255) ggCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTGGCATGGTAAATTTCAATGATTTTCTCTTTGCTGTACACGGGTTGTGTta < 2:3229603/91‑1 (MQ=255) gCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTGGCATGGTAAATTTCAATGATTTTCTCTTTGCTGTACACGGGTTGTGTtat > 1:3915747/1‑91 (MQ=255) gCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTGGCATGGTAAATTTCAATGATTTTCTCTTTGCTGTACACGGGTTGTGTtat > 2:2147976/1‑91 (MQ=255) cATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTGGCATGGTAAATTTCAATGATTTTCTCTTTGCTGTACACGGGTTGTGTtata < 1:219246/91‑1 (MQ=255) cATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTGGCATGGTAAATTTCAATGATTTTCTCTTTGCTGTACACGGGTTGTGTtata > 1:1590664/1‑91 (MQ=255) aaTGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTGGCATGGTAAATTTCAATGATTTTCTCTTTGCTGTACACGGGTTGTGTTATaaaa > 1:3622089/1‑91 (MQ=255) | TTCAAATTGTTGTAAAATTTCATCTGACATCTTGATTCCTGGCACTTCATTATGCAAAAAGAGTGCGTTTTTGTAACTTGCGATAGGCATAATGCCTATGAAAAATGGTTTGTTCAAGTGCTTAGTGGCATGGTAAATTTCAATGATTTTCTCTTTGCTGTACACGGGTTGTGTTATAAAA > USA300TCH1516_ALE/410374‑410554 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |