Predicted mutation | |||||||
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RA | CP000731 | 12,012 | A→G | 12.0% | intergenic (+175/+48) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0014 → / ← USA300HOU_pUSA300HOUMR0015 | recombinase/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP000731 | 12,012 | 0 | A | G | 12.0% | 3319.5 / inf | 1230 | intergenic (+175/+48) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0014/USA300HOU_pUSA300HOUMR0015 | recombinase/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (594/483); new base G (29/120); total (624/606) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.64e-17 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.30e-01 |
Only 100 of 1267 total aligned reads displayed.
CGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTGAAACTACAGTAATAATACTC > CP000731/11922‑12102 | cGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACa > 1:1798566/1‑91 (MQ=255) tGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAAt < 1:2919113/91‑1 (MQ=255) tGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAAt > 1:438751/1‑91 (MQ=255) gTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACGAAtt < 2:183944/91‑1 (MQ=255) gTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACGAAtt < 2:2430825/91‑1 (MQ=255) tAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACGAAttt < 1:1758130/91‑2 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |