| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 462,826 | 0 | T | A | 7.4% | 731.7 / 34.4 | 216 | intergenic (+85/+18) | USA300HOU_RS02185/USA300HOU_RS02190 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (95/105); new base A (10/6); total (105/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.64e-01 | |||||||||||
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
AATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGCATTATTGAATTTATTTTACGTGTTCATATTTTGAAACATCAAAGCCGTCTTGTTTAGCTTTGTTGATAATGTCTTTGATTGAA > USA300TCH1516_ALE/462737‑462916 | aataatTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTa < 1:446449/91‑1 (MQ=255) taatTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTAACa < 2:1598072/91‑1 (MQ=255) taatTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTAACa < 1:2254046/91‑1 (MQ=255) atTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACaaa > 1:1223367/1‑91 (MQ=255) atTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACaaa > 1:3358787/1‑91 (MQ=255) atTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACaaa > 1:3358627/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |