| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 482,712 | C→A | 38.9% | intergenic (+509/‑174) | USA300HOU_RS02285 → / → USA300HOU_RS02295 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 482,712 | 0 | C | A | 38.9% | 256.9 / 306.2 | 252 | intergenic (+509/‑174) | USA300HOU_RS02285/USA300HOU_RS02295 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (83/71); new base A (54/44); total (137/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.71e-01 | |||||||||||
Only 100 of 260 total aligned reads displayed.
AATCTAACTAATGTAATGATTAACGCTATATAGACAAAAATAACTCTATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTTCAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATAT > USA300TCH1516_ALE/482622‑482802 | aaTCTAACTAATGTAATGATTAACGCTATATAGACAAAAATAACTCTATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTAc < 2:3106929/91‑1 (MQ=255)aaTCTAACTAATGTAACGATTAACGCTATATAGACAAAAATAACTCTATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTAc < 2:3036787/91‑1 (MQ=255) ctCTAACTAATGTAATGATTAACGCTATATAGACAAAAATAACTCTATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACt < 2:3926434/90‑1 (MQ=255) ctaactaaTGTAATGATTAACGCTATATAGACAAAAATAACTCTATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGtaataa < 2:1976306/91‑1 (MQ=255) ctaactaaTGTAATGATTAACGCTATATAGACAAAAATAACTCTATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTaa > 2:1004063/1‑91 (MQ=255) ctaactaaTGTAATGATTAACGCTATATAGACAAAAATAACTCTATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTaa > 2:3954150/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |