| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 536,863 | T→A | 8.5% | intergenic (+56/‑255) | rplY → / → pth | 50S ribosomal protein L25/Peptidyl‑tRNA hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 536,863 | 0 | T | A | 8.5% | 754.2 / 44.8 | 228 | intergenic (+56/‑255) | rplY/pth | 50S ribosomal protein L25/Peptidyl‑tRNA hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (111/97); new base A (4/15); total (116/112) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.99e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.34e-01 | |||||||||||
Only 100 of 235 total aligned reads displayed.
AAAGCAAAGAAGACGAAGAAAAAACTGAAGAGTAATTTTAATCTGTTACATTAAAGTTTTTATACTTTGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAA > USA300TCH1516_ALE/536773‑536953 | aaGCAAAGAAGACGAAGAAAAAACTGAAGAGTAATTTTAATCTGTTACATTAAAGTTTTTATACTTTGTTTAACAAGCACTGTGCTTAttt > 2:3473567/1‑91 (MQ=255) gCAAAGAAGACGAAGAAAAAACTGAAGAGTAATTTTAATCTGTTACATTAAAGTTTTTATACTTTGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTa > 1:1231799/1‑91 (MQ=255) cAAAGAAGACGAAGAAAAAACTGAAGAGTAATTTTAATCTGTTACATTAAAGTTTTTATACTTTGTTTAACAAGCACTGTGCTTATATTaa < 1:2368314/91‑1 (MQ=255) aaaGAAGACGAAGAAAAAACTGAAGAGTAATTTTAATCTGTTACATTAAAGTTTTTATACTTTGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTAat > 1:1789297/1‑91 (MQ=255) aaaGAAGACGAAGAAAAAACTGAAGAGTAATTTTAATCTGTTACATTAAAGTTTTTATACTTTGTTTAACAAGCACTGTGCTTATATTaaa < 2:3113625/91‑2 (MQ=255) aaaGAAGACGAAGAAAAAACTGAAGAGTAATTTTAATCTGTTACATTAAAGTTTTTATACTTTGGTTAACAAGCACTGTGCTTATATTaaa < 2:2248790/91‑2 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |