| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 536,868 | T→A | 9.9% | intergenic (+61/‑250) | rplY → / → pth | 50S ribosomal protein L25/Peptidyl‑tRNA hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 536,868 | 0 | T | A | 9.9% | 708.7 / 54.2 | 223 | intergenic (+61/‑250) | rplY/pth | 50S ribosomal protein L25/Peptidyl‑tRNA hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (99/101); new base A (11/11); total (111/112) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.48e-01 | |||||||||||
Only 100 of 244 total aligned reads displayed.
AAAGAAGACGAAGAAAAAACTGAAGAGTAATTTTAATCTGTTACATTAAAGTTTTTATACTTTGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGAC > USA300TCH1516_ALE/536778‑536958 | aaaGAAGACGAAGAAAAAACTGAAGAGTAATTTTAATCTGTTATATTAAAGTTTTTATACTTTGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTAat > 2:3058304/1‑91 (MQ=255)aaaGAAGACGAAGAAAAAACTGAAGAGTAATTTTAATCTGTTACATTAAAGTTTTTATACTTTGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTAat < 1:526621/91‑1 (MQ=255) agaagaCGAAGAAAAAACTGAAGAGTAATTTTAATCTGTTACATTAAAGTTTTTATACTTTGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTAatat > 1:3321874/1‑91 (MQ=255) agaagaCGAAGAAAAAACTGAAGAGTAATTTTAATCTGTTACATTAAAGTTTTTATACTTTGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTAatat < 1:3460875/91‑1 (MQ=255) agaagaCGAAGAAAAAACTGAAGAGTAATTTTAATCTGTTACATTAAAGTTTTTATACTTTGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTAatat > 1:2991971/1‑91 (MQ=255) gaagaCGAAGAAAAAACTGAAGAGTAATTTTAATCTGTTACATTAATGTTTTTATACTTTGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTAAtata > 2:3542715/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |