| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 536,920 | T→A | 5.2% | intergenic (+113/‑198) | rplY → / → pth | 50S ribosomal protein L25/Peptidyl‑tRNA hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 536,920 | 0 | T | A | 5.2% | 710.7 / 22.8 | 215 | intergenic (+113/‑198) | rplY/pth | 50S ribosomal protein L25/Peptidyl‑tRNA hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (112/90); new base A (8/3); total (121/94) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.79e-01 | |||||||||||
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
TTTTATACTTTGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTACTCGATTTTAA > USA300TCH1516_ALE/536830‑537009 | tttATACTTTGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACtt > 1:2865093/1‑91 (MQ=255) tttATACTTTGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACtt < 1:3936096/91‑1 (MQ=255) tttATACTTTGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACtt > 2:1074852/1‑91 (MQ=255) ttATACTTTGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACttt > 2:140348/1‑91 (MQ=255) tataCTTTGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTg < 2:3265986/91‑1 (MQ=255) tataCTTTGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTg > 2:1864271/1‑91 (MQ=255) ataCTTTGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGt > 1:2496317/1‑91 (MQ=255) taCTTTGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTCATATAAGCACGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCACAATTAAACTTCATTACTTTGTa > 2:3013548/1‑91 (MQ=255) taCTTTGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTa > 2:1625266/1‑91 (MQ=255) taCTTTGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTa > 2:621950/1‑91 (MQ=255) taCTTTGTTTAACAAGCACTGTGCCTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTa < 2:3226447/91‑1 (MQ=255) cTTTGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACt > 1:515305/1‑91 (MQ=255) tttGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTa < 1:3661559/91‑1 (MQ=255) ttGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTaa > 2:2169474/1‑91 (MQ=255) ttGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTaa < 2:3108477/91‑1 (MQ=255) gTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAg < 1:150636/91‑1 (MQ=255) aaCAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTtta > 1:2371183/1‑91 (MQ=255) aaCAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTAGTACAAAGTAATAAAGTtta < 2:3428436/91‑1 (MQ=25) aCAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTttaa < 2:3350847/91‑1 (MQ=255) cAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTttaat < 2:2525636/91‑1 (MQ=255) cAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTttaat < 2:1043095/91‑1 (MQ=255) cAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTttaat > 1:3502074/1‑91 (MQ=255) aaGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTttaatt < 1:3304242/91‑1 (MQ=255) gCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTttaattaa < 2:89843/91‑1 (MQ=255) gCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTttaattaa < 1:1627624/91‑1 (MQ=255) cACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTtaattaat > 2:3698717/1‑91 (MQ=255) accatgCTTATATTAAAATAAGCACAGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTaattaatt > 2:1970350/5‑91 (MQ=25) tgtgCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAAtttt < 1:3699479/91‑1 (MQ=255) gtgCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTa > 1:2410377/1‑91 (MQ=255) gCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGt > 2:823211/1‑91 (MQ=255) gCTTATATTAAAATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGt > 1:3204641/1‑91 (MQ=255) ttATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGa > 1:594068/1‑91 (MQ=255) ttATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGa > 2:2824231/1‑91 (MQ=255) ttttAATGTAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTa < 2:3519704/91‑1 (MQ=255) ttttAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTa > 2:2006109/1‑91 (MQ=255) tattAAAATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTa > 1:669728/3‑91 (MQ=255) tattAAAATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGATTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTa > 2:358969/3‑91 (MQ=255) tAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTaaaa < 1:1352019/91‑1 (MQ=255) tAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTaaaa < 1:1725481/91‑1 (MQ=255) tAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTaaaa < 1:3654024/91‑1 (MQ=255) tAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTaaaa < 2:1148789/91‑1 (MQ=255) aaTATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAg < 1:1010114/91‑1 (MQ=255) aaTATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAg < 2:2803226/91‑1 (MQ=255) atatAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTAAGTAAAAGa > 2:2719229/1‑91 (MQ=255) tgtaAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTTAAGTTTAATTCATTTTAGTGTGTAAAAGAc > 2:2218788/3‑91 (MQ=255) tataAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGAc < 1:2182647/91‑1 (MQ=255) ataAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACa > 2:3296255/1‑91 (MQ=255) ataAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACa < 2:873582/91‑1 (MQ=255) taAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACAt < 1:2031982/91‑1 (MQ=255) aGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTa > 2:372312/1‑91 (MQ=255) gCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTaa > 1:2805568/1‑91 (MQ=255) cATGGTGCTTTTTTTTTTTTTTTAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTATAAGACATTaaa > 2:1646876/1‑91 (MQ=255) cATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTaaa > 1:1947441/1‑91 (MQ=255) cATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTaaa > 2:1784473/1‑91 (MQ=255) cATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTaaa > 1:1811234/1‑91 (MQ=255) aTGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTCCTAAAGTTTAATTAATTATAGTGAGTTGAAGACATTaatc > 2:3184299/1‑89 (MQ=255) tGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACt < 1:341560/91‑1 (MQ=255) ggTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTc > 2:2100319/1‑91 (MQ=255) ggTGCTTTTTGTGTTATTAAAAAGATTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGGTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTc < 2:485286/91‑1 (MQ=255) gTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTca > 1:2893780/1‑91 (MQ=255) tGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTTTTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTcaa < 2:3917096/91‑1 (MQ=255) tGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTcaa > 1:2827836/1‑91 (MQ=255) tGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTcaa > 1:1251093/1‑91 (MQ=255) ttttGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAAt > 1:2303947/1‑91 (MQ=255) tgtTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATAc < 1:1191343/91‑1 (MQ=255) ttattaTAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATAcat > 1:1686580/1‑91 (MQ=255) tattatAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATAcatc > 2:1275181/1‑91 (MQ=255) tattatAAAGCTTAATTAAACTTTATGACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATAcatc < 2:2900216/91‑1 (MQ=255) ataAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATaa < 1:2130290/91‑1 (MQ=255) taAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATaaa < 2:71982/91‑1 (MQ=255) aaaGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATaaaa < 1:3263437/91‑1 (MQ=255) gCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAAGTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAAtt < 2:3139730/91‑1 (MQ=255) cTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAAttt < 2:421547/91‑1 (MQ=255) ttaattaaACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAAtttt < 2:1713828/91‑1 (MQ=255) taattaaACTTTAGTACAAAGTAATAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTa > 1:3073496/1‑91 (MQ=21) aattaaACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTaa > 2:2394572/1‑91 (MQ=255) aattaaACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTaa > 2:2354083/1‑91 (MQ=255) attaaACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAAt < 2:1705964/91‑1 (MQ=255) ttaaACTTTAGTACACAGTAATAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGCCATTAAACTCAACAATGCTACATCATAAAAATTTTAATg > 2:3387348/1‑91 (MQ=25) ttaaACTTTAGTACAAAGTAATAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATg > 1:1584704/1‑91 (MQ=25) ttaaACTTTAGTACAAAGTAATAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATg > 1:841840/1‑91 (MQ=25) taaACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGt < 1:754634/91‑1 (MQ=255) aaCTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTAc < 2:2269701/91‑1 (MQ=255) aaCTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTAc > 1:2950318/1‑91 (MQ=255) aaCTTTATTACTTTGCACTAAAGTATAACTAATTTTAGAGAGTAAAAGACATTAAACACAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTAc < 2:2269658/91‑1 (MQ=255) aCTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTACt > 2:1538899/1‑91 (MQ=255) aCTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTACt > 1:157906/1‑91 (MQ=255) aCTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTACt < 1:3785110/91‑1 (MQ=255) ttattaCTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTACTCGa < 1:26045/91‑1 (MQ=255) ttattaCTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTACTCGa < 1:2572862/91‑1 (MQ=255) tattaCTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTACTCGAt > 2:570895/1‑91 (MQ=255) tattaCTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTACTCGAt > 2:2299222/1‑91 (MQ=255) tattaCTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTACTCGAt > 2:2036479/1‑91 (MQ=255) attaCTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTACTCGAtt > 1:3632705/1‑91 (MQ=255) ttaCTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTACTCGAttt < 1:1855648/91‑1 (MQ=255) ttaCTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTACTCGAttt < 2:2944680/91‑1 (MQ=255) aCTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTACTCGATTTTa > 2:3691147/1‑91 (MQ=255) aCTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTACTCGATTTTa < 1:2935634/91‑1 (MQ=255) aCTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTACTCGATTTTa > 2:1696531/1‑91 (MQ=255) cTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTACTCGATTTTaa > 1:223614/1‑91 (MQ=255) | TTTTATACTTTGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTACTCGATTTTAA > USA300TCH1516_ALE/536830‑537009 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |