| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 536,926 | C→A | 5.1% | intergenic (+119/‑192) | rplY → / → pth | 50S ribosomal protein L25/Peptidyl‑tRNA hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 536,926 | 0 | C | A | 5.1% | 737.2 / 20.9 | 214 | intergenic (+119/‑192) | rplY/pth | 50S ribosomal protein L25/Peptidyl‑tRNA hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (109/94); new base A (8/3); total (117/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.53e-01 | |||||||||||
Only 100 of 216 total aligned reads displayed.
CTTTGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTACTCGATTTTAAAATACAT > USA300TCH1516_ALE/536837‑537016 | ttGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTaa < 2:3108477/91‑1 (MQ=255) ttGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTaa > 1:1479471/1‑91 (MQ=255) tGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTaaa > 1:1763028/1‑91 (MQ=255) gTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAg > 1:2944680/1‑91 (MQ=255) tAACAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGttt > 2:2153917/1‑91 (MQ=255) aaCAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTtta > 1:2371183/1‑91 (MQ=255) aaCAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTAGTACAAAGTAATAAAGTtta < 2:3428436/91‑1 (MQ=25) aCAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTttaa < 2:3350847/91‑1 (MQ=255) cAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTttaat < 2:1045171/91‑1 (MQ=255) cAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTttaat > 1:3502074/1‑91 (MQ=255) cAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTttaat < 2:2525636/91‑1 (MQ=255) aaGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTttaatt > 2:1633572/1‑91 (MQ=255) aaGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTttaatt < 1:3304242/91‑1 (MQ=255) aGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTttaatta > 2:3128514/1‑91 (MQ=255) gCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTttaattaa < 1:1627624/91‑1 (MQ=255) cACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTtaattaat > 2:3698717/1‑91 (MQ=255) accatgCTTATATTAAAATAAGCACAGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTaattaatt > 2:1969655/5‑91 (MQ=25) tgtgCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAAtttt < 1:3699479/91‑1 (MQ=255) gtgCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTa > 1:2410377/1‑91 (MQ=255) tgCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTGTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAg > 2:2765543/1‑91 (MQ=255) tgCTTATTTCAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAg > 1:1971645/1‑91 (MQ=255) gCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGt > 1:323672/1‑91 (MQ=255) gttATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTACTTCAGCGTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAAGTTTAGTg < 2:845402/90‑1 (MQ=255) ttATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGa > 1:594068/1‑91 (MQ=255) tatattAAAATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAg > 1:3053827/5‑91 (MQ=255) tATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAg > 1:533089/1‑91 (MQ=255) ttttAATGTAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTa < 2:3519704/91‑1 (MQ=255) tattAAAATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTa > 2:2211662/3‑91 (MQ=255) tattAAAATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTa > 1:669728/3‑91 (MQ=255) tattAAAATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGATTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTa > 2:358969/3‑91 (MQ=255) tttAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTaa < 2:2026199/91‑1 (MQ=255) attAAAATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTaa > 2:1750534/2‑91 (MQ=255) ttAAAATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTaaa > 1:3936283/1‑91 (MQ=255) tAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTaaaa < 2:1148789/91‑1 (MQ=255) tAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTaaaa < 2:3760160/91‑1 (MQ=255) tAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTaaaa < 1:1352019/91‑1 (MQ=255) tAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTaaaa < 1:3654039/91‑1 (MQ=255) aaTATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAg < 1:1010114/91‑1 (MQ=255) atatAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATACAGCTTAATTCAACTTTATTACTTTTTACTAAAGTTGCATTAATTTTACTTAGTAACAGa > 2:3010783/1‑91 (MQ=255) tataAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGAc > 2:2084593/1‑91 (MQ=255) tataAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGAc < 2:3226435/91‑1 (MQ=255) tataAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGAc < 1:2182647/91‑1 (MQ=255) taAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACAt < 1:2031982/91‑1 (MQ=255) taAGCATGGTGCTGTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACAt < 2:420500/91‑1 (MQ=255) aGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTa > 2:2807923/1‑91 (MQ=255) aGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTa > 2:372312/1‑91 (MQ=255) cATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTaaa > 1:1811234/1‑91 (MQ=255) aTGGTGCTGTTTGTGTTATTATAAAGCTTAAGTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTCTAGTGAGTCAAAGACATTAAAc > 2:3184298/1‑91 (MQ=255) tGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACt < 1:341560/91‑1 (MQ=255) ggTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTc < 2:485151/91‑1 (MQ=255) tGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTcaa > 1:2827836/1‑91 (MQ=255) tGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTcaa > 2:3282784/1‑91 (MQ=255) tGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTcaa > 1:1251093/1‑91 (MQ=255) cTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTcaaca > 1:990244/1‑91 (MQ=255) ttttGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAAt > 2:1798453/1‑91 (MQ=255) tttGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATg > 2:591538/1‑91 (MQ=255) tgtTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATAc < 1:1191343/91‑1 (MQ=255) gtTATTATAAAGCTTAATTAAACTTGATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATAca < 2:873771/91‑1 (MQ=255) gtTATTAGAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTATACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGGAAAAGACATTAAACTCAACAATGATAca < 2:197581/91‑1 (MQ=255) ttattaTAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATAcat > 1:1686580/1‑91 (MQ=255) tattatAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATAcatc > 2:1275181/1‑91 (MQ=255) tattatAAAGCTTAATTAAACTTTATGACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATAcatc < 2:2900216/91‑1 (MQ=255) attatAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATAcatca > 1:2924758/1‑91 (MQ=255) ttatAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATAcatcat > 2:803118/1‑91 (MQ=255) ataAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATaa > 1:3651579/1‑91 (MQ=255) ataAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATaa < 1:2130290/91‑1 (MQ=255) taAAGTTTAATTAAGCTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATaaa > 1:1722398/1‑91 (MQ=255) taAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATaaa < 2:71982/91‑1 (MQ=255) taAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATaaa < 2:1540420/91‑1 (MQ=255) taAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATaaa < 2:2917350/91‑1 (MQ=255) agtttaattaaGCTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAAt > 2:2607720/4‑91 (MQ=255) aattaaACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTaa > 2:2354083/1‑91 (MQ=255) attaaACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAAt < 2:1705964/91‑1 (MQ=255) attaaACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAAt < 1:2293074/91‑1 (MQ=255) attaaACTTTAGTACAAAGTAATAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAAt > 1:2477104/1‑91 (MQ=25) ttaaACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATg > 2:242079/1‑91 (MQ=255) ttaaACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATg < 1:3075876/91‑1 (MQ=255) ttaaACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAAAAATGATACATCATAAAAATTTTAATg < 2:2247941/91‑1 (MQ=255) ttaaACTTTAGTACACAGTAATAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGCCATTAAACTCAACAATGCTACATCATAAAAATTTTAATg > 2:3387348/1‑91 (MQ=25) ttaaACTTTAGTACAAAGTAATAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATg > 1:841840/1‑91 (MQ=25) ttaaACTTTAGTACAAAGTAATAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATg > 1:1583957/1‑91 (MQ=25) taaACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGt < 1:754634/91‑1 (MQ=255) taaACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGt < 2:1701241/91‑1 (MQ=255) aaaCTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTa < 2:560604/91‑1 (MQ=255) aaCTTTATTACGTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTAc < 2:2269688/91‑1 (MQ=255) aCTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTACt < 1:3785110/91‑1 (MQ=255) tttATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTACTCg < 1:1542916/91‑1 (MQ=255) tttATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTACTCg < 1:2786727/91‑1 (MQ=255) tttATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTGTAGTGAGTAAAATACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTACTCg < 1:3143974/91‑1 (MQ=255) ttattaCTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTACTCGa < 1:2572862/91‑1 (MQ=255) ttattaCTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTACTCGa < 1:26045/91‑1 (MQ=255) tattaCTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTACTCGAt > 2:2299222/1‑91 (MQ=255) tattaCTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTACTCGAt < 2:152184/91‑1 (MQ=255) attaCTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTACTCGAtt > 1:3632705/1‑91 (MQ=255) ttaCTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTACTCGAttt < 1:1855648/91‑1 (MQ=255) aCTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTACTCGATTTTa > 2:3691147/1‑91 (MQ=255) cTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTACTCGATTTTaa > 1:223614/1‑91 (MQ=255) ttGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTACTCGATTTTaaaa < 1:384562/91‑1 (MQ=255) gTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTACTCGATTTTAAAata < 2:2275218/91‑1 (MQ=255) cTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTACTCGATTTTAAAatacat < 2:1652352/91‑1 (MQ=255) | CTTTGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTACTCGATTTTAAAATACAT > USA300TCH1516_ALE/536837‑537016 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |