Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 576,915 | C→G | 9.7% | intergenic (+338/‑52) | gltX → / → cysE | Glutamate‑‑tRNA ligase/Serine acetyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 576,915 | 0 | C | G | 9.7% | 707.5 / 49.2 | 206 | intergenic (+338/‑52) | gltX/cysE | Glutamate‑‑tRNA ligase/Serine acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (66/120); new base G (4/16); total (70/136) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.17e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.48e-01 |
Only 100 of 207 total aligned reads displayed.
CCTTGATAATTTGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGTTCAATCATTGAGGAGGAAATGATC > USA300TCH1516_ALE/576826‑577005 | ccTTGATAATTTGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACt < 1:1532971/91‑1 (MQ=255) cTTGATAATTTGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACtt < 2:2071840/91‑1 (MQ=255) cTTGATAATTTGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACtt < 1:433465/91‑1 (MQ=255) ttGATAATTTGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTg < 1:1853070/91‑1 (MQ=255) gATAATTTGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTa < 2:940041/91‑1 (MQ=255) gATAATTTGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAAC‑ATACAAGTTGTA‑t < 2:3243142/91‑1 (MQ=255) 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gcgcCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGc < 1:3251899/91‑1 (MQ=255) gcCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCtt < 1:3565018/91‑1 (MQ=255) ccAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCACCACTAAC‑ATACAAGTTGTATTGTTAGAGGCGCttc < 1:3742098/91‑2 (MQ=17) cAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCtttt < 1:360736/91‑1 (MQ=255) aGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCttttt > 2:1200458/1‑91 (MQ=255) aGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCttttt > 1:3273264/1‑91 (MQ=255) gCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCtttttt > 2:1039102/1‑91 (MQ=255) gCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCtttttt < 1:2839272/91‑1 (MQ=255) cAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTg < 1:2311950/91‑1 (MQ=255) attattAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGatat < 1:992831/91‑1 (MQ=255) ttattaATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTC‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTTATAtt > 2:3671883/1‑91 (MQ=255) ttaATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTaa < 2:816269/91‑1 (MQ=255) taATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAAt < 1:699566/91‑1 (MQ=255) aaTGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTCGTGGTGCTTTTTTGATATTTAAtt > 2:2837751/1‑91 (MQ=255) aaTGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAAtt > 2:836717/1‑91 (MQ=255) aTGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAAttt < 2:2212094/91‑1 (MQ=255) aTGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAAttt < 1:3521128/91‑1 (MQ=255) aTGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAAttt < 1:1155878/91‑1 (MQ=255) ttATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGc < 2:2893596/91‑1 (MQ=255) ttATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGc < 2:1323175/91‑1 (MQ=255) aTTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAg < 2:389352/91‑1 (MQ=255) aTTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAg > 2:3162847/1‑91 (MQ=255) ttCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAgg > 1:336849/1‑91 (MQ=255) tCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGt < 1:998068/91‑1 (MQ=255) 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aTTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCaa < 1:395886/91‑1 (MQ=255) agagTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTAt < 2:3444844/91‑1 (MQ=255) gagTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATg > 1:2987796/1‑91 (MQ=255) agTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGt > 1:2660418/1‑91 (MQ=255) ggAACCGTGCGGAAGCGCGTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGATTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTAtt < 2:1268119/91‑1 (MQ=255) ggAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTAtt < 1:2478123/91‑1 (MQ=255) ggAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTAtt < 2:1106598/91‑1 (MQ=255) ggAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTAtt < 2:525134/91‑1 (MQ=255) ggAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTAtt < 1:3353857/91‑1 (MQ=255) cGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGt < 1:955628/91‑1 (MQ=255) gCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGt < 2:3120795/91‑1 (MQ=255) ggAAGCTCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGTTc > 1:3074820/1‑91 (MQ=255) ggAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGTTc > 2:855723/1‑91 (MQ=255) gcgcCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGTTCAATc < 2:2056091/91‑1 (MQ=255) cgcCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGTTCAATCa > 1:276141/1‑91 (MQ=255) gcCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGTTCAATCAt < 2:383674/91‑1 (MQ=255) 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aTACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGTTCAATCATTGAGGAGGaa < 1:1893737/91‑1 (MQ=255) aTACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGTTCAATCATTGAGGAGGaa < 1:3066306/91‑1 (MQ=255) tACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGTTCAATCATTGAGGAGGaaa < 2:485626/91‑1 (MQ=255) tACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGTTCAATCATTGAGGAGGaaa > 1:287918/1‑91 (MQ=255) tACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGTTCAATCATTGAGGAGGaaa < 1:1431258/91‑1 (MQ=255) aCAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGTTCAATCATTGAGGAGGAAAt < 2:461464/91‑1 (MQ=255) aCAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGTTCAATCATTGAGGAGGAAAt > 2:2460014/1‑91 (MQ=255) cAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGTTCAATCATTGAGGAGGAAATg < 2:3000976/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |