| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 593,430 | T→A | 8.4% | intergenic (+22/‑115) | rpoC → / → rplGB | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta'/Ribosome‑associated protein L7Ae‑like protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 593,430 | 0 | T | A | 8.4% | 867.9 / 39.6 | 261 | intergenic (+22/‑115) | rpoC/rplGB | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta'/Ribosome‑associated protein L7Ae‑like protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (134/104); new base A (10/13); total (144/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
ACGTAAAATACGAAAAAACAGCTAAACCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATTCTCTTGTTCAATGTTAATATATTAAAGGTTGATGCA > USA300TCH1516_ALE/593341‑593520 | cGTAAAATACGAAAAAACAGCTAAACCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGc > 1:1114805/1‑91 (MQ=255) gTAAAATACGAAAAAACAGCTAAACCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCt < 2:397407/91‑1 (MQ=255) tAAAATACGAAAAAACAGCTAAACCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCtt < 2:2092471/91‑1 (MQ=255) aaaaTACGAAAAAACAGCTAAACCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCttt < 2:685976/91‑1 (MQ=255) acaTACGAAAAAACAGCTAAACCAGTTGCAGAAGTTGAAGCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAACAAGCGGCTAAAGCatt < 2:2023733/89‑1 (MQ=255) aaaaCGAAAAAACAGCTACACCGGTTGCAGAAGGTGAATCCCAAACTGACGTAACGGAATGACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAg < 2:2991850/88‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |