| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 593,433 | T→A | 8.2% | intergenic (+25/‑112) | rpoC → / → rplGB | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta'/Ribosome‑associated protein L7Ae‑like protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 593,433 | 0 | T | A | 8.2% | 803.3 / 42.5 | 251 | intergenic (+25/‑112) | rpoC/rplGB | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta'/Ribosome‑associated protein L7Ae‑like protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (137/93); new base A (10/11); total (147/104) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 | |||||||||||
Only 100 of 263 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |