Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 598,495 | C→T | 11.3% | intergenic (+44/+238) | tuf → / ← yxeP_2 | Elongation factor Tu/putative hydrolase YxeP |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 598,495 | 0 | C | T | 11.3% | 706.7 / 55.1 | 244 | intergenic (+44/+238) | tuf/yxeP_2 | Elongation factor Tu/putative hydrolase YxeP |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (117/97); new base T (9/19); total (128/116) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.79e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 245 total aligned reads displayed.
GTGGACGTACTGTAGGATCAGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTC‑TT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTATTCGATTTAGAAGAACAATAATTGATGAAAGACTGACTAATAAAACTTAT > USA300TCH1516_ALE/598405‑598584 | gACGTACTGTAGGATCAGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTAAATCGAg > 1:1962540/1‑91 (MQ=255) gTACTGTAGGATCAGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAgggg < 1:1118163/91‑1 (MQ=255) gTACTGTAGGATCAGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAgggg < 1:1280133/91‑1 (MQ=255) gTACTGTAGGATCAGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAgggg > 2:2728964/1‑91 (MQ=255) gTACTGTAGGATCAGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGACCCCTCGATTGAggga < 1:2312314/91‑2 (MQ=255) cTGTAGGATCAGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTC‑t < 2:2377422/91‑1 (MQ=255) 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agaTCCCTCAATCGAGGGGTC‑TT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTATTCGATTTAGAAGAACAATAATTGATGAAAGACTGACta > 1:139557/1‑91 (MQ=255) gaTCCCTCAATCGAGGGGTC‑TT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTATTCGATTTAGAAGAACAATAATTGATGAAAGACTGACtaa > 2:3314474/1‑91 (MQ=255) aTCCCTCAATCGAGGGGTC‑TT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTATTCGATTTAGAAGAACAATAATTGATGAAAGACTGACtaat > 1:3734842/1‑91 (MQ=255) aTCCCTCAATCGAGGGGTC‑TT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTATTCGATTTAGAAGAACAATAATTGATGAAAGACTGACtaat > 1:3524402/1‑91 (MQ=255) tCCCTCAATCGAGGGGTC‑TT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTATTCGATTTAGAAGAACAATAATTGATGAAAGACTGACtaata > 2:3273171/1‑91 (MQ=255) tCCCTCAATCGAGGGGTC‑TT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTATTCGATTTAGAAGAACAATAATTGATGAAAGACTGACtaata > 1:1704519/1‑91 (MQ=255) tCCCTCAATCGAGGGGTC‑TT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTATCCGATTTAGAAGAACAATAATTGATGAAAGACTGACtaata > 2:2895903/1‑91 (MQ=255) cccTCGATTGAGGGATC‑TT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTATTCGATTTAGAAGAACAATAATTGATGAAAGACTGACtaataa > 1:3439256/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |