| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 598,501 | G→A | 8.9% | intergenic (+50/+232) | tuf → / ← yxeP_2 | Elongation factor Tu/putative hydrolase YxeP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 598,501 | 0 | G | A | 8.9% | 728.6 / 41.3 | 236 | intergenic (+50/+232) | tuf/yxeP_2 | Elongation factor Tu/putative hydrolase YxeP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (117/97); new base A (8/13); total (126/110) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.68e-01 | |||||||||||
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
GTACTGTAGGATCAGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTATTCGATTTAGAAGAACAATAATTGATGAAAGACTGACTAATAAAACTTATAACTGAT > USA300TCH1516_ALE/598411‑598591 | gTACTGTAGGATCAGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAgggg < 1:1118163/91‑1 (MQ=255)gTACTGTAGGATCAGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAgggg < 1:1280133/91‑1 (MQ=255)gTACTGTAGGATCAGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAgggg < 2:221409/91‑1 (MQ=255) cTGTAGGATCAGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCt < 2:1509605/91‑1 (MQ=255) tGTAGGATCAGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCtt < 2:665289/91‑1 (MQ=255) gTAGGCTCAGGCGTTGTTACTGAACTCAATAAATAATTTCTAATTTCATAGATTTTATATAAAAAGAAGATACCTCAATCGAGGGTTCtt‑t > 2:3451199/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |