| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 631,536 | T→C | 9.2% | intergenic (+162/‑340) | gph_1 → / → proP | Phosphoglycolate phosphatase/Proline/betaine transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 631,536 | 0 | T | C | 9.2% | 778.0 / 51.6 | 269 | intergenic (+162/‑340) | gph_1/proP | Phosphoglycolate phosphatase/Proline/betaine transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (108/135); new base C (10/15); total (118/151) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 276 total aligned reads displayed.
TCGCTTTAGATTAGGAATTTAAAATAAATATTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCATATCACT > USA300TCH1516_ALE/631446‑631626 | tCGCTTTAGATTAGGAATTTAAAATAAATATTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGt > 2:2900954/1‑91 (MQ=255) cGCTTTAGATTAGGAATTTAAAATAAATATTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTa > 1:2228634/1‑91 (MQ=255) cGCTTTAGATTAGGAATTTAAAATAAATATTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTa < 2:1238242/91‑1 (MQ=255) gCTTTAGATTAGGAATTTAAAATAAATATTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTaa > 1:1263093/1‑91 (MQ=255) ttAGATTAGGAATTTAAAATAAATATTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTaaaaa < 1:1333192/91‑1 (MQ=255) tAGATTAGGAATTTAAAATAAATATGTATTAGACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTTACTCGTTGATAATTTATTTTTACAAaaat < 2:2467641/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |