| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 659,371 | T→A | 5.8% | intergenic (+177/‑735) | USA300TCH1516_00590 → / → USA300HOU_RS03165 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 659,371 | 0 | T | A | 5.8% | 900.3 / 28.4 | 267 | intergenic (+177/‑735) | USA300TCH1516_00590/USA300HOU_RS03165 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (136/114); new base A (13/4); total (149/118) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.37e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 318 total aligned reads displayed.
GTACGGTAACTTCTTTAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTTTTTATTTTTATCTAAATAAAAAATTAACATTAAAAATTTTTAATACCAACGTGGTTAATAAGAATAGAGTTGTATTAATACCGACTTTCAAACAAGGA > USA300TCH1516_ALE/659281‑659461 | gTACGGTAACTTCTGTAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATtttttatttt < 1:2433561/91‑1 (MQ=255) tACGGTAACTTCTTTAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATtttttattttt > 2:3405928/1‑91 (MQ=255) tACGGTAACTTCTTTAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATtttttattttt > 1:1233403/1‑91 (MQ=255) tACGGTAACTTCTTTAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATtttttattttt > 1:1480390/1‑91 (MQ=255) ggTAACTTCTTTAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTTTTTATTTTTATc > 1:2110038/1‑91 (MQ=255) tAACTTCTTTAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTTTTTATTTTTATCta > 1:2567277/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |