| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 690,093 | A→G | 8.8% | intergenic (‑22/+13) | USA300HOU_RS03320 ← / ← USA300HOU_RS03325 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 690,093 | 0 | A | G | 8.8% | 738.7 / 47.7 | 268 | intergenic (‑22/+13) | USA300HOU_RS03320/USA300HOU_RS03325 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (119/124); new base G (5/19); total (125/143) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.48e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.18e-01 | |||||||||||
Only 100 of 278 total aligned reads displayed.
CAAACTTCGCCAGTTTTCGTTAATAACAAATTATCTCTTAAACCTGCATACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTCTACTTCTTCATCATAACTTAATTTAACTTTTCTTAACTGCACATT > USA300TCH1516_ALE/690004‑690183 | cAAACTTCGCCAGTTTTCGTTAATAACAAATTATCTCTTAAACCTGCATACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAAc > 1:1885978/1‑91 (MQ=255) aaaCTTCGCCAGTTTTCGTTAATAAGAAATTATCTCTTAAACCTGCATACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAAcc < 1:3671176/91‑1 (MQ=255) aaaCTTCGCCAGTTTTCGTTAATAACAAATTATCTCTTAAACCTGCATACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAAcc < 1:119732/91‑1 (MQ=255) aaCTTCGCCAGTTTTCGTTAATAACAAATTATCTCTTAAACCTGCATACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAAccc > 2:212867/1‑91 (MQ=255) aaCTTCGCCAGTTTTCGTTAATAACAAATTATCTCTTAAACCTGCATACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAAccc < 1:1120444/91‑1 (MQ=255) aCTTCGCCAGTTTTCGTTAATAACAAATTATCTCTTAAACCTGCATGCGGAGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAAcccc < 2:1327480/91‑1 (MQ=255) tCGACAGTTTTCGTTAATAACAAATTATCTCTTAAACCTGCATACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCTCAAt < 1:3122353/91‑1 (MQ=255) cGCCAGTTTTCGTTAATAACAAATTATCTCTTAAACCTGCATACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATa > 2:3524183/1‑91 (MQ=255) gCCAGTTTTCGTTAATAACAAATTATCTCTTAAACCTGCATACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAg < 2:2329274/91‑1 (MQ=255) gCCAGTTTTCGTTAATAACAAATTATCTCTTAAACCTGCATACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAg < 1:3471609/91‑1 (MQ=255) gCCAGTTTTCGTTAATAACAAATTATCTCTTAAACCTGCATACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAg > 1:3931846/1‑91 (MQ=255) ccAGTTTTCGTTAATAACAAATTATCTCTTAAACCTGCATACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAgg > 1:3428995/1‑91 (MQ=255) cAGTTTTCGTTAATAACAAATTATCTCTTAAACCTGCATACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAggg < 2:563460/91‑1 (MQ=255) cAGTTTTCGTTAACAACAAATTATCTCTTAAACCTGCATACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAggg > 1:469067/1‑91 (MQ=255) aGTTTTCGTTAATAACAAATGATCTCTTAAACCTGCATACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAgggg < 2:3246617/91‑1 (MQ=255) gTTTTCGTTAATAACAAATTATCTCTTAAACCTGCATACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGc < 2:2345236/91‑1 (MQ=255) gTTTTCGTTAATAACAAATTATCTCTTAAACCTGCATACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGc < 1:3199897/91‑1 (MQ=255) gTTTTCGTTAATAACAAATTATCTCTTAAACCTGCATACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCGCCAATAAAAATAGCCCCTATTggggt < 2:2247722/91‑2 (MQ=255) ttttCGTTAATAACAAATTATCTCTTAAACCTGCATACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAGCCCCTATTggggtt < 1:3500096/91‑3 (MQ=255) ttttCGTTAATAACAAATTATCTCTTAAACCTGCATACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAGCCCCTATTggggtt < 2:3316108/91‑3 (MQ=255) ttttCGTTAATAACAAATTATCTCTTAAACCTGCATACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCt > 1:72198/1‑91 (MQ=255) tttCGTTAATAACAAATTATCTCTTAAACCTGCATACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAGCCCCTATTggggtta < 1:2772842/91‑4 (MQ=255) tttCGTTAAGAACAAATTATCTCTTAAACCTGCATACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAGCCCCTATTggggtta < 1:3795205/91‑4 (MQ=255) ttCGTTAATAACAAATTATCTCTTAAACCTGCATACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTAt < 2:2754581/91‑1 (MQ=255) gTTAATAACAAATTATCTCTTAAACCTGCATACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTa > 2:647314/1‑91 (MQ=255) ttAATAACAAATTATCTCTTAAACCTGCATACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTaa > 2:1916993/1‑91 (MQ=255) ttAATAACAAATTATCTCTTAAACCTGCATACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTaa > 2:1570419/1‑91 (MQ=255) aataaCAAATTATCTCTTAAACCTGCATACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAAt < 2:1618550/91‑1 (MQ=255) ataaCAAATTATCTCTTAAACCTGCATACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATg < 2:3709418/91‑1 (MQ=255) taaCAAATTATCTCTTAAACCTGCTTACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGt < 2:3687097/91‑1 (MQ=255) taaCAAATTATCTCTTAAACCTGCATACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGt < 1:2048465/91‑1 (MQ=255) aCAAATTATCTCTTAAACCTGCATACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTa < 2:3855705/91‑1 (MQ=255) aaTTATCTCTTAGACCTGCATACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTAttt > 1:3036462/1‑91 (MQ=255) aaTTATCTCTTAAACCTGCATACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTAttt < 2:1258834/91‑1 (MQ=255) tctcTTAAACCTGCATACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTa > 1:1016683/1‑91 (MQ=255) ctctTAAACCTGCATACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTAt < 1:950700/91‑1 (MQ=255) ctctTAAACCTGCATACGGTGCTTTTAAAGTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTAt < 2:1386274/91‑1 (MQ=255) tctTAAACCTGCATACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATc < 2:1814534/91‑1 (MQ=255) ctTAAACCTGCATACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCa < 1:434371/91‑1 (MQ=255) ttAAACCTGCATACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCAt > 2:1831387/1‑91 (MQ=255) ttAAACCTGCATACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCAt > 2:2468588/1‑91 (MQ=255) tAAACCTGCATACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATg < 2:710926/91‑1 (MQ=255) tAAACCTGCATACGGTGATTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATg < 1:3389271/91‑1 (MQ=255) ccTGCATACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGatat < 1:1479729/91‑1 (MQ=255) ccTGCATACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGatat < 1:810225/91‑1 (MQ=255) tGCATACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTc > 2:2799798/1‑91 (MQ=255) tGCATACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTc > 1:565041/1‑91 (MQ=255) tGCATACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTc > 1:2171662/1‑91 (MQ=255) gCATACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTCt > 1:3279612/1‑91 (MQ=255) gCATACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTCt > 1:1900173/1‑91 (MQ=255) gCATACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTCt > 2:1077707/1‑91 (MQ=255) gCATACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTCt > 1:268227/1‑91 (MQ=255) gCATACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTCt > 1:2638324/1‑91 (MQ=255) cATACGGTGCTATTAAATTCATGACATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTAGTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTCTa < 2:3022825/91‑1 (MQ=255) aTACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTCTAc > 1:3012633/1‑91 (MQ=255) tACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTCTAct > 1:3339405/1‑91 (MQ=255) tACGGTGCTCTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATCTTCTAct > 1:1971425/1‑91 (MQ=255) cGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTCTActtc < 2:2535915/91‑1 (MQ=255) cGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTCTActtc > 1:289138/1‑91 (MQ=255) ggTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTCTActtct < 1:3549177/91‑1 (MQ=255) ggTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTCTActtct < 1:1417184/91‑1 (MQ=255) gCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTCTACTTCTtca > 2:3879841/1‑91 (MQ=255) gCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTCTACTTCTtca > 1:2090558/1‑91 (MQ=255) cTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAGTAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTCTACTTCTtcat < 1:1313640/91‑1 (MQ=255) ttttAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTCTACTTCTtcatc < 1:993816/91‑1 (MQ=255) ttAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTCTACTTCTTcatcat > 1:1632885/1‑91 (MQ=255) tAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCGATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTCTACTTCTTCATCATa < 1:3138944/91‑1 (MQ=255) aaaTTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATACCCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATAATGATATTCTACTTCTGCATCATaa > 2:3433627/1‑91 (MQ=255) aaaTTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTCTACTTCTTCATCATaa < 2:403610/91‑1 (MQ=255) aaTTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTCTACTTCTTCATCATAAc > 2:3068015/1‑91 (MQ=255) aaTTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTCTACTTCTTCATCATAAc < 1:921566/91‑1 (MQ=255) aTTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTCTACTTCTTCATCATAACt > 1:1738054/1‑91 (MQ=255) aTTCATGTCATCCCTACAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTCTACTTCTTCATCATAACt < 2:2036552/91‑1 (MQ=255) cATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTCTACTTCTTCATCATAACTTaa > 2:3222993/1‑91 (MQ=255) aTGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTCTACTTCTTCATCATAACTTAAt < 1:764027/91‑1 (MQ=255) aTGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTCTACTTCTTCATCATAACTTAAt > 1:3866215/1‑91 (MQ=255) tGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTCTACTTCTTCATCATAACTTAAtt > 2:62282/1‑91 (MQ=255) tCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTCTACTTCTTCATCATAACTTAATTTa < 1:2939536/91‑1 (MQ=255) aTCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTCTACTTCTTCATCATAACTTAATTTAAc > 1:1030914/1‑91 (MQ=255) cccTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTCTACTTCTTCATCATAACTTAATTTAACtt < 2:2195245/91‑1 (MQ=255) ccTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTCTACTTCTTCATCATAACTTAATTTAACttt < 2:2708704/91‑1 (MQ=255) cTCAAATTAAAATAACCCCTATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTAACATGATATTCTACTTCTTCATCAAAACTTAATTTAACtttt < 2:2313807/91‑1 (MQ=255) tCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTCTACTTCTTCATCATAACTTAATTTAACTTTTc > 1:2548057/1‑91 (MQ=255) ccAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTCTACTTCTTCATCATAACTTAATTTAACTTTTCt > 2:2605908/1‑91 (MQ=255) ccAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTCTACTTCTTCATCATAACTTAATTTAACTTTTCt > 2:2944884/1‑91 (MQ=255) cAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTCTACTTCTTCATCATAACTTAATTTAACTTTTCtt > 2:174847/1‑91 (MQ=255) aTAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTCTACTTCTTCATCATAACTTAATTTAACTTTTCTTaa < 1:1376515/91‑1 (MQ=255) aaaaTAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTCTACTTCTTCATCATAACTTAATTTAACTTTTCTTAACTg > 1:520011/1‑91 (MQ=255) aaaaTAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTCTACTTCTTCATCATAACTTAATTTAACTTTTCTTAACTg < 1:2881279/91‑1 (MQ=255) aaaaTAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTCTACTTCTTCATCATAACTTAATTTAACTTTTCTTAACTg > 1:2475489/1‑91 (MQ=255) aaaTAGCCCCTATTGGGGTTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTCTACTTCTTCATCATAACTTAATTTAACTTTTCTTAACTGc > 2:3160829/1‑91 (MQ=39) aaTAGCCCCTATTGGGGTTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTCTACTTCTTCATCATAACTTAATTTAACTTTTCTTAACTGca > 1:134061/1‑91 (MQ=255) aaTAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATTATATTCTACTTCTTCATCATAACTTAATTTAACTTTTCTTAACTGca > 2:3273643/1‑91 (MQ=255) aaTAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTCTACTTCTTCATCATAACTTAATTTAACTTTTCTTAACTGca > 1:159301/1‑91 (MQ=255) aTAGCCCCTATTGGGGTTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTCTACTTCTTCATCATAACTTCATCTAACTTTTCTCAACCGcac > 2:636136/1‑91 (MQ=255) aTAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTCTACTTCTTCATCATAACTTAATTTAACTTTTCTTAACTGcac > 2:1482052/1‑91 (MQ=255) aaCCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTCTACTTCTTCATCATAACTTAATTTAACTTTTCTTAACTGCACAt < 1:2714124/91‑1 (MQ=255) aaCCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTCTACTTCTTCATCATAACTTAATTTAACTTTTCTTAACTGCACAt < 1:2214185/91‑1 (MQ=255) aCCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTCTACTTCTTCATCATAACTTAATTTAACTTTTCTTAACTGCACAtt > 1:3716641/1‑91 (MQ=255) aCCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTCTACTTCTTCATCATAACTTAATTTAACTTTTCTTAACTGAACAtt > 2:2603058/1‑91 (MQ=255) | CAAACTTCGCCAGTTTTCGTTAATAACAAATTATCTCTTAAACCTGCATACGGTGCTTTTAAATTCATGTCATCCCTCCAATAAAAATAACCCCAATAGGGGCTATTTAAATGTTATTTTTTTATCATGATATTCTACTTCTTCATCATAACTTAATTTAACTTTTCTTAACTGCACATT > USA300TCH1516_ALE/690004‑690183 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |