| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 3,344 | A→T | 9.3% | intergenic (+28/‑362) | dnaN → / → USA300HOU_RS00015 | DNA polymerase III subunit beta/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 3,344 | 0 | A | T | 9.3% | 830.6 / 56.0 | 256 | intergenic (+28/‑362) | dnaN/USA300HOU_RS00015 | DNA polymerase III subunit beta/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (137/94); new base T (7/17); total (145/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.20e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
Only 100 of 278 total aligned reads displayed.
ATTCTAAAACCAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCAAATAA > USA300TCH1516_ALE/3254‑3434 | tAAAACCAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGattaa > 2:3606707/1‑91 (MQ=255) aaaaCCAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGattaat > 1:1136518/1‑91 (MQ=255) aaaCCAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGattaatt > 1:153937/1‑91 (MQ=255) aaCCAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGattaatta < 1:553383/91‑1 (MQ=255) aaCCAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGattaatta < 1:378016/91‑1 (MQ=255) aaCCAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGattaatta < 1:2659035/91‑1 (MQ=255) aaCCAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGT‑Tttaattaa < 1:149435/91‑1 (MQ=255) aaCCAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGT‑Tttaattaa < 1:3549503/91‑1 (MQ=255) aCCAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGAttaattaa < 2:2416139/91‑1 (MQ=255) aCCAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGAttaattaa > 2:1126955/1‑91 (MQ=255) aCCAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGAttaattaa < 1:1740965/91‑1 (MQ=255) aCCAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGT‑Tttaattaat < 2:984691/91‑2 (MQ=39) aCCAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGT‑Tttaattaat < 2:454369/91‑2 (MQ=39) aCCAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGT‑Tttaattaat < 2:1674786/91‑2 (MQ=39) aCCAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGT‑Tttaattaat < 1:1826799/91‑2 (MQ=39) ccAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTaa‑a > 1:3699940/1‑91 (MQ=255) cAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTaa‑aa > 1:1220612/1‑91 (MQ=255) cAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTaa‑aa < 2:3439357/91‑1 (MQ=255) cAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGT‑Tttaattaatca < 1:3523534/91‑4 (MQ=38) aaGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGt > 1:1309222/1‑91 (MQ=255) aaGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGt > 1:3116877/1‑91 (MQ=255) aaGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGt > 2:3718448/1‑91 (MQ=255) aGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAGAAATAAATATAAATAAAGGATGTCGTGATTAATTAA‑AACGTc > 2:1153501/1‑91 (MQ=255) aGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTc > 1:3289891/1‑91 (MQ=255) gTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCAt > 1:3883236/1‑91 (MQ=255) gTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCAt > 2:3151762/1‑91 (MQ=255) tGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGT‑TTTAATTAATCACGTCATc < 2:2036366/91‑1 (MQ=25) gacgacTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATcc < 2:679720/91‑1 (MQ=255) gacgacTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATcc > 2:2191873/1‑91 (MQ=255) gacgacTCGGTAACGCAATGACTTTTGCCAATCAGAACGTACTAACAACAACTATAAACAAAGCACTACGGGCTTCATTAA‑ACCGTCATcc > 2:1591754/1‑91 (MQ=255) acgacTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCt < 1:781704/91‑1 (MQ=255) acgacTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCt < 2:3076888/91‑1 (MQ=255) acgacTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCt > 1:2167107/1‑91 (MQ=255) acgacTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCt < 2:1076923/91‑1 (MQ=255) cgacTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGGACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCtt < 2:1235466/91‑1 (MQ=255) cgacTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AGCGTCATCCtt < 1:2356937/91‑1 (MQ=255) cgacTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCtt > 2:3098097/1‑91 (MQ=255) cgacTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCtt < 2:2820539/91‑1 (MQ=255) gacTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCttt > 2:3585152/1‑91 (MQ=255) acTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTa > 1:2271461/1‑91 (MQ=255) acTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTa < 1:2853645/91‑1 (MQ=255) cTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTAt < 1:3533133/91‑1 (MQ=255) ggTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTAtttt > 1:297188/1‑91 (MQ=255) gTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTAttttt < 2:1365824/91‑1 (MQ=255) aCGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTgg > 2:2766551/1‑91 (MQ=255) gCAATTGAGTTTACCAGTCAGGACTTACTAAAGATAAATATAGATAGGGGATGACGTGATTAATTAA‑ACCGTCATCCTGTATTTTTTGGCa < 2:2903754/91‑1 (MQ=255) gCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCa < 1:2874410/91‑1 (MQ=255) attaattTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCaaaa > 1:1859561/1‑91 (MQ=255) ttaattTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCaaaaa > 2:2934146/1‑91 (MQ=255) ttttACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAaataat < 1:2507904/91‑1 (MQ=255) ttACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTc > 2:3386287/1‑91 (MQ=255) ttACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTc < 1:202653/91‑1 (MQ=255) aCCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTa < 2:1930326/91‑1 (MQ=255) aCCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTa < 1:2691296/91‑1 (MQ=255) ccAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAg > 1:3425058/1‑91 (MQ=255) aTCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCGTCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTg > 1:3240146/1‑91 (MQ=255) aTCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGGGATTAATTAA‑AACATCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTg < 2:2468227/91‑1 (MQ=255) cAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCg < 1:1194244/91‑1 (MQ=255) gAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTa > 1:2156520/1‑91 (MQ=255) gAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTa > 1:136820/1‑91 (MQ=255) aCTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATg > 2:1522282/1‑91 (MQ=255) cTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTTTTTTTTATTATTCTAGGTGCGTATGt > 2:1832417/1‑91 (MQ=37) cTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGt < 2:1402029/91‑1 (MQ=255) ttACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTa > 2:3348459/1‑91 (MQ=255) aCTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTaaa > 1:2611301/1‑91 (MQ=255) cTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTaaaa > 2:60770/1‑91 (MQ=255) aaaaaTAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAaaata > 2:3817260/1‑91 (MQ=255) aaaaTAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAaaataa > 1:1636034/1‑91 (MQ=255) aataaataTAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAaaataaat > 1:3066986/1‑91 (MQ=255) ataaatataaatAAAGGATGACGCGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTGGGTGCGTATGTAAAATAAAtt > 2:3490084/1‑91 (MQ=255) taaatataaataAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAAttt < 1:3612946/91‑1 (MQ=255) aaatataaataAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTg > 2:1901747/1‑91 (MQ=255) atataaataAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGgc > 1:888890/1‑91 (MQ=255) atataaataAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGgc > 1:2759843/1‑91 (MQ=255) ataaataaAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGtcag > 2:3944818/1‑91 (MQ=255) ataaataaAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGgcag < 1:2627847/91‑1 (MQ=255) ataaataaAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGgcag > 2:255131/1‑91 (MQ=255) ataaataaAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGgcag < 1:994465/91‑1 (MQ=255) ataaataaAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGgcag > 1:522178/1‑91 (MQ=255) ataaataaAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGgcag < 2:10433/91‑1 (MQ=255) ataaataaAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGgcag > 1:3461357/1‑91 (MQ=255) taaaGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCAttt > 2:601438/1‑91 (MQ=255) taaaGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCAttt < 1:3638686/91‑1 (MQ=255) aaGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTa > 2:1119263/1‑91 (MQ=255) aaGGATGACGT‑TTTAATTAATCACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTa > 2:3149735/1‑91 (MQ=25) ggATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCATAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTaaa > 2:2495541/1‑91 (MQ=255) ggATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTaaa > 2:391591/1‑91 (MQ=255) ggATGACGT‑TTTAATTAATCACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTata > 2:1552451/1‑89 (MQ=25) gATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATATTAAAc > 2:2098170/1‑91 (MQ=255) tGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAg > 1:1936277/1‑91 (MQ=255) tGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAg > 1:3913575/1‑91 (MQ=255) tGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAg > 1:2474474/1‑91 (MQ=255) ggtcGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTAATTTTTAGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTTGCAGCATTTTAAACAg < 2:903189/88‑1 (MQ=255) gACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGc > 1:1052704/1‑91 (MQ=255) cGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCaa > 1:491627/1‑91 (MQ=255) gTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCaaa > 1:826062/1‑91 (MQ=255) gTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCaaa > 2:3243781/1‑91 (MQ=255) gTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCaaa > 1:3837244/1‑91 (MQ=255) gTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTGTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCaaa < 2:1289207/91‑1 (MQ=255) attaattaA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCAAATaa > 1:161210/1‑91 (MQ=255) | ATTCTAAAACCAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCAAATAA > USA300TCH1516_ALE/3254‑3434 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |