| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 707,879 | A→T | 6.4% | L11I (TTA→ATA) | znuC_1 ← | High‑affinity zinc uptake system ATP‑binding protein ZnuC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 707,879 | 0 | A | T | 6.4% | 812.9 / 26.6 | 239 | L11I (TTA→ATA) | znuC_1 | High‑affinity zinc uptake system ATP‑binding protein ZnuC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (107/116); new base T (8/8); total (115/124) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 248 total aligned reads displayed.
ACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACT > USA300TCH1516_ALE/707790‑707966 | aCCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTaaa > 1:1025828/1‑91 (MQ=255)aCCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTaaa < 2:717753/91‑1 (MQ=255) ccAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTaaaa > 2:3815110/1‑91 (MQ=255) ccAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTaaaa > 2:1813179/1‑91 (MQ=255) ccAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTaaaa > 1:791451/1‑91 (MQ=255) aGCACCATTCGGGCCCATGATACCGATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGTTAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAAc < 2:3667696/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |