| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 707,911 | C→T | 55.4% | intergenic (‑2/‑120) | znuC_1 ← / → ideR | High‑affinity zinc uptake system ATP‑binding protein ZnuC/Iron‑dependent repressor IdeR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 707,911 | 0 | C | T | 55.4% | 79.4 / inf | 250 | intergenic (‑2/‑120) | znuC_1/ideR | High‑affinity zinc uptake system ATP‑binding protein ZnuC/Iron‑dependent repressor IdeR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (54/56); new base T (70/67); total (126/124) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.22e-01 | |||||||||||
Only 100 of 252 total aligned reads displayed.
TCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATAT > USA300TCH1516_ALE/707824‑708001 | tCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGtt > 1:1273021/1‑91 (MQ=255) gccgcGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAATGTTta > 2:10165/1‑91 (MQ=255) gcgTAGTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAATGTTTATAc < 2:3712774/91‑1 (MQ=255) gcgTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATAc < 1:3824173/91‑1 (MQ=255) gTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATAcct < 2:3390152/91‑1 (MQ=255) aCTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAATGTTTATAcctcc < 1:2278651/91‑1 (MQ=255) aCTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATAcctcc < 1:2988945/91‑1 (MQ=255) ggTATCGATGAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAATGTTTATACCTCCTaa > 1:1982094/1‑91 (MQ=255) ggTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAATGTTTATACCTCCTaa > 1:523600/1‑91 (MQ=255) tATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAAtt < 1:68445/91‑1 (MQ=255) tATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAATGTTTATACCTCCTAAtt < 1:2985384/91‑1 (MQ=255) aTCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAATGTTTATACCTCCTAATTa < 1:1733627/91‑1 (MQ=255) tCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTaa < 2:3621404/91‑1 (MQ=255) tCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAATGTTTATACCTCCTAATTaa < 2:1241097/91‑1 (MQ=255) tCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTaa < 2:1087474/91‑1 (MQ=255) tCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTaa < 2:1818234/91‑1 (MQ=255) cGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTaaa > 2:163756/1‑91 (MQ=255) aTAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAATAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAATGTTTATACCTCCTAATTAAAAg < 2:636256/91‑1 (MQ=255) tAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACACATGTTTATAGCTCCTAATTAAAAGt > 2:3421168/1‑91 (MQ=255) tAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGt > 2:1097483/1‑91 (MQ=255) aGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGttt > 2:3872571/1‑91 (MQ=255) aGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGttt < 1:3470840/91‑1 (MQ=255) aaaTGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAATGTTTATACCTCCTACTTAAAAGTTTAgg > 1:3203401/1‑91 (MQ=255) aaaTGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAgg > 2:188761/1‑91 (MQ=255) ggTGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAATGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGc > 2:1439018‑M1/3‑91 (MQ=255) aaTGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGc < 1:2254076/91‑1 (MQ=255) aTGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAATGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCt > 1:699665/1‑91 (MQ=255) aTGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAATGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCt < 1:1034769/91‑1 (MQ=255) tgtttttaggtaataagcatgtacttaaaaacaGATTTAAATCTTTTGTTTCTATCAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTa > 1:1448720‑M2/34‑91 (MQ=255) TGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTa < 2:2181657‑M1/91‑1 (MQ=255) gtttttaggtaataagcatgtacttaaaaacaGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTaa > 1:839127‑M2/33‑91 (MQ=255) TTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAAc < 2:2327605‑M1/91‑1 (MQ=255) TTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAAc < 2:785302‑M1/91‑1 (MQ=255) TTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAAcc > 1:3744423‑M1/1‑91 (MQ=255) TTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAATGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAAcc > 1:3295391‑M1/1‑91 (MQ=255) TTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAATGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAAcc > 1:2664073‑M1/1‑91 (MQ=255) TTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCt < 1:2913959‑M1/91‑1 (MQ=255) TTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAATGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTa < 2:2339576‑M1/91‑1 (MQ=255) TTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAATGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTa < 2:1852938‑M1/91‑1 (MQ=255) TTAAGTACATGCGTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAATGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTa < 1:3041545‑M1/91‑1 (MQ=255) TAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAATGTTTATACCTCCTAGTTAAAAGTTTAGGCTAACCTaa < 2:3193583‑M1/91‑1 (MQ=255) TAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAATGTTTATACCTCCTAATTAAATGTTTAGGCTAACCTaa < 2:3771201‑M1/91‑1 (MQ=255) TAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAATGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTaa > 1:579202‑M1/1‑91 (MQ=255) aGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAATGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCtaatt > 1:2180876/1‑91 (MQ=255) aGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCtaatt > 1:3957857/1‑91 (MQ=255) aGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCtaatt > 2:2687582/1‑91 (MQ=255) aGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCtaatt < 1:322865/91‑1 (MQ=255) tACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCtaattaa > 1:1816886/1‑91 (MQ=255) aCATGGTTATTACCTAAAGACAGATTTAAAGCTTTTGTTTCTAACAAATGTTTATGCCTCCTAAGTAAAAGTTTAGGCTAACCtaattaat < 2:3237803/91‑1 (MQ=255) cATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTaattaatt > 1:3898623/1‑91 (MQ=255) cATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTaattaatt > 2:2426648/1‑91 (MQ=255) aTGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAATGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTg < 1:2688645/91‑1 (MQ=255) aTGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTg < 1:1903069/91‑1 (MQ=255) aTGCTTACTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAATGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCGAATTAATTg < 1:1977774/91‑1 (MQ=255) tGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAATGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGt > 1:457359/1‑91 (MQ=255) tGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAATGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGt < 2:3052546/91‑1 (MQ=255) tGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAATGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATCGt > 2:1364904/1‑91 (MQ=255) gCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGta < 2:3160449/91‑1 (MQ=255) ttattaCCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTCCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGtata < 2:1499947/91‑1 (MQ=255) ttattaCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTATCAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGtata < 1:774262/91‑1 (MQ=255) ttattaCCTAAAAACAGATTTAAATCGTTTGTTTCTAACAAATGTTTATACCTCCTAATGAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGtata < 2:1939950/91‑1 (MQ=255) tattaCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTataa > 2:1843039/1‑91 (MQ=255) attaCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAATGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTataat < 2:3107425/91‑1 (MQ=255) ccTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAATGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAAc > 2:457185/1‑91 (MQ=255) cTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAATGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACt < 1:1112240/91‑1 (MQ=255) taaaaacaGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAATGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTg > 1:911038‑M2/9‑91 (MQ=255) aaaaacaGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAATGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTga > 1:2794264‑M2/8‑91 (MQ=255) aaacaGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTgaga > 2:2171384‑M2/6‑91 (MQ=255) acaGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAat > 1:2585179‑M2/4‑91 (MQ=255) caGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAATGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGGGAata < 1:1233222‑M2/89‑1 (MQ=255) caGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAata > 1:1712469‑M2/3‑91 (MQ=255) aGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAATGTTTATACCCCCTAATTAAAAGTCTAGGCTAACCTAAGTAATTGTATAATAAACTGAAAatat > 1:3679899‑M2/2‑91 (MQ=255) aGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAatat < 2:2015771‑M2/90‑1 (MQ=255) gATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATAtt < 2:809255/91‑1 (MQ=255) aaTTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATAtt < 2:2654842/90‑1 (MQ=255) aTTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAATGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATAttt > 1:2020316/1‑91 (MQ=255) tttAAATCTTTTGTTTCTAACAAATGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTa > 2:1235314/1‑91 (MQ=255) tttAAATCTTTTGTTTCTAACAAATGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTa > 2:1075691/1‑91 (MQ=255) tttAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTa < 1:3725199/91‑1 (MQ=255) tAAATCTTTTGTTTCTAACAAATGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATc > 1:3640599/1‑91 (MQ=255) tAAATCTTTTGTTTCTAACAAATGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATc < 2:398168/91‑1 (MQ=255) aaaTCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGTATATTTATcc > 2:2982186/1‑90 (MQ=255) aaTCTTTTGTTTCTAACAAATGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCAt > 2:3590561/1‑91 (MQ=255) aTCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATg < 1:1173134/91‑1 (MQ=255) tCTTTTGTTTCTAACAAATGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTCTCATGt < 1:3075910/91‑1 (MQ=255) tttGTTTCTAACAAATGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCaa < 2:858933/91‑1 (MQ=255) tttGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCaa < 2:3468715/91‑1 (MQ=255) tttGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCaa > 1:236548/1‑91 (MQ=255) ttGTTTCTAACAAATGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAg > 2:954754/1‑91 (MQ=255) ttGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAg < 2:1318846/91‑1 (MQ=255) tGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGt > 1:291745/1‑91 (MQ=255) gTTTCTAACAAATGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTa > 1:2496589/1‑91 (MQ=255) ttCTAACAAATGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTaaa < 1:79168/91‑1 (MQ=255) tCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAAt < 1:1947617/91‑1 (MQ=255) tCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAAt < 2:486420/91‑1 (MQ=255) cTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAAtt < 1:954956/91‑1 (MQ=255) tAACAAATGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTc > 1:1569550/1‑91 (MQ=255) aaaCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGa > 2:3323926/1‑91 (MQ=255) aaaCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGa < 1:1010543/91‑1 (MQ=255) aaCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGat > 2:2128896/1‑91 (MQ=255) | TCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATAT > USA300TCH1516_ALE/707824‑708001 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |