| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 739,247 | T→A | 5.0% | V161D (GTT→GAT) | pitA_1 → | Low‑affinity inorganic phosphate transporter 1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 739,247 | 0 | T | A | 5.0% | 856.1 / 20.3 | 254 | V161D (GTT→GAT) | pitA_1 | Low‑affinity inorganic phosphate transporter 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (136/104); new base A (5/9); total (141/113) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 261 total aligned reads displayed.
ACCAAGGTTTCACAAAAATTATTATTGTATTAATCGTTTCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTAGATTTTTCCAAATTTTCACAGCAGCGTTACAATCATTCTCTCACGG > USA300TCH1516_ALE/739157‑739337 | aCCAAGATTTCACAAAAATTATTATTGTATTAATCGTTTCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGt < 2:2983990/91‑1 (MQ=255) cAAGGTTTCACAAAAATTATTATTGTATTAATCGTTTCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTa < 1:1763473/91‑1 (MQ=255) aaGGTTTCACAAAAATTATTATTGTATTAATCGTTTCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTAt > 2:2470590/1‑91 (MQ=255) aaGGTTTCACAAAAATTATTATTGTATTAATCGTTTCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGATaa < 2:697114/91‑2 (MQ=255) aaGGTTTCACAAAAATTATTATTGTATTAATCGATTCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTAt < 2:3055949/91‑1 (MQ=255) aGGTTTCACAAAAATTATTATTGTATTAATCGTTTCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATc < 1:1422620/91‑1 (MQ=255) aGGTTTCACAAAAATTATTATTGTATTAATCGTTTCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATc > 2:796411/1‑91 (MQ=255) aGGTTTCACAAAAATTATTATTGTATTAATCGTTTCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATc < 1:2824201/91‑1 (MQ=255) gTTTCACAAAAATTATTATTGTATTAATCGTTTCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCtt > 2:2816907/1‑91 (MQ=255) gTTTCACAAAAATTATTATTGTATTAATCGTTTCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCtt < 2:2376754/91‑1 (MQ=255) gTTTCACAAAAATTATTATTGTATTAATCGTTTCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGATAACtt < 1:1071897/91‑1 (MQ=255) tttCACAAAAATTATTATTGTATTAATCGTTTCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCttt > 2:2432863/1‑91 (MQ=255) ttCACAAAAATTATTATTGTATTAATCGTTTCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCGTTa < 2:1424236/91‑1 (MQ=255) tCACAAAAATTATTATTGTATTAATCGTTTCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTaa > 2:1906116/1‑91 (MQ=255) tCACAAAAATTATTATTGTATTAATCGTTTCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTaa < 2:329581/91‑1 (MQ=255) tCACAAAAATTATTATTGTATTAATCGTTTCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTaa > 1:2398381/1‑91 (MQ=255) tCACAAAAATTATTATTGTATTAATCGTTTCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTaa > 1:453537/1‑91 (MQ=255) acaAAAATTATTATTGTATTAATCGTTTCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTaaaa > 2:490214/1‑91 (MQ=255) acaAAAATTATTATTGTATTAATCGTTTCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTaaaa < 1:2167147/91‑1 (MQ=255) acaAAAATTATTATTGTATTAATCGTTTCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTaaaa > 2:613297/1‑91 (MQ=255) acaAAAATTATTATTGTATTAATCGTTTCACCGATTATCGCATTTTGCGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTaaaa > 1:3890925/1‑91 (MQ=255) caAAAATTATTATTGTATTAATCGTTTCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTaaaaa > 2:2462754/1‑91 (MQ=255) aaaaaTTATTATTGTATTAATCGTTTCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAAt < 1:2621987/91‑1 (MQ=255) aaaaTTATTATTGTAGTAATCGTTTCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAGGTTATCTTTAAAAATg < 2:1937538/91‑1 (MQ=255) attattattGTATTAATCGTTTCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCaa < 2:397352/91‑1 (MQ=255) ttattattGTATTAATCGTTTCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCaaa < 2:1865425/91‑1 (MQ=255) ttattattGTATTAATCGTTTCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTCTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCaaa > 1:3667341/1‑91 (MQ=255) attattGTATTAATCGTTTCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAAtt > 1:2276092/1‑91 (MQ=255) ttattGTATTAATCGTTTCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAAttt < 1:2028078/91‑1 (MQ=255) ttattGTATTAATCGTTTCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAAttt > 2:2636210/1‑91 (MQ=255) tGTATTAATCGTTTCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACa > 1:609348/1‑91 (MQ=255) aTTAATCGTTTCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAaga < 1:1333403/91‑1 (MQ=255) aaTCGTTTCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCg > 1:1682080/1‑91 (MQ=255) tCGTTTCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGaa > 1:3872502/1‑91 (MQ=255) tCGTTTCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTCATGTATTCAATTTCTAAAGTTATCTTTGAAAATGCAAATTTAACAAGCGCGaa > 1:3681059/1‑91 (MQ=255) tCGTTTCACCGATTATCGCATTGTGTGTTGTTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGaa < 2:1514869/91‑1 (MQ=255) gTTTCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCGTGATGTATTCAATTTTTAACGTTATCTTTAAAAATGCGAATTTAACAAGAGCGAATc < 2:1020732/91‑1 (MQ=255) tCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTa < 1:2882914/91‑1 (MQ=255) tCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTa < 1:348259/91‑1 (MQ=255) cACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTaa > 1:426131/1‑91 (MQ=255) cACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTaa > 2:1908616/1‑91 (MQ=255) aaacGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTaa > 1:93840/4‑91 (MQ=255) aCCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAATTTTTCTTTTAATATGCAAATGTAACTAGAGCGATTCGTagc > 2:3606131/1‑89 (MQ=255) aCCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAAc > 1:731975/1‑91 (MQ=255) aCCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAAc < 2:1175309/91‑1 (MQ=255) aCCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAAc < 1:2209462/91‑1 (MQ=255) ccGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGCTGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTATCAAGAGCGAATCGTAACt > 2:1595542/1‑91 (MQ=255) ccGATTATCGCATTTTGTGTTGGCTTCTTGATGTATTCAATTTCTACAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTACCt > 2:1288184/1‑91 (MQ=255) cGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACtt < 2:2861054/91‑1 (MQ=255) gATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACttt < 1:2184863/91‑1 (MQ=255) aTTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAACATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTa > 1:3508460/1‑91 (MQ=255) tATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTAGa < 2:538965/91‑1 (MQ=255) aTCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTAGAt < 1:79883/91‑1 (MQ=255) tCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTAGAtt > 1:2080740/1‑91 (MQ=255) tCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTAGAtt < 1:1330361/91‑1 (MQ=255) gCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTAGAtttt > 1:913612/1‑91 (MQ=255) gCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTAGAtttt < 2:2247447/91‑1 (MQ=255) gCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTAGAtttt < 1:1208705/91‑1 (MQ=255) cATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTAGAttttt > 2:1660194/1‑91 (MQ=255) ttttGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTAGATTTTTcc > 1:2431520/1‑91 (MQ=255) ttttGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTAGATCTTTcc > 2:3198139/1‑91 (MQ=255) tttGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTAGATTTTTCCa > 2:426448/1‑91 (MQ=255) tgtgTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTAGATTTTTCCaaa < 1:827105/91‑1 (MQ=255) ttGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTAGATTTTTCCAAAtttt > 2:139856/1‑91 (MQ=255) tGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTAGATTTTTCCAAATTTTc > 1:2513868/1‑91 (MQ=255) ggTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCATAACTTTAGATTTTTCCAAATTTTca < 2:3224610/91‑1 (MQ=255) gTTTCGTGATAAAATCAACTTTTATAATTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGATCACATCGTAACTGTAGATTTTTCTAAATTTTcac < 2:1011064/91‑1 (MQ=255) tttCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTAGATTTTTCCAAATTTTcaca < 2:1725883/91‑1 (MQ=255) tttCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTAGATTTTTCCAAATTTTcaca < 2:3109775/91‑1 (MQ=255) tttCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTAGATTTTTCCAAATTTTcaca < 1:3589764/91‑1 (MQ=255) ttGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTAGATTTTTCCAAATTTTCAcagcag < 2:1693825/91‑1 (MQ=255) ttGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTAGATTTTTCCAAATTTTCAcagcag > 2:2539678/1‑91 (MQ=255) tGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTAGATTTTTCCAAATTTTCACagcagc > 1:40344/1‑91 (MQ=255) tGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTAGATTTTTCCAAATTTTCACagcagc > 1:3253170/1‑91 (MQ=255) aTGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTAGATTTTTCCAAATTTTCACAGCAGCgc > 2:3926642/1‑90 (MQ=255) tGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGTAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTAGATTTTTCCAAATTTTCACAGCAGCGtt > 1:1475530/1‑91 (MQ=255) tGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGTAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTAGATTTTTCCAAATTTTCACAGCAGCGtt > 1:1475605/1‑91 (MQ=255) tGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTAGATTTTTCCAAATTTTCACAGCAGCGtt < 2:1478789/91‑1 (MQ=255) tGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTAGATTTTTCCAAATTTTCACAGCAGCGtt > 2:3789932/1‑91 (MQ=255) tGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTAGATTTTTCCAAATTTTCACAGCAGCGtt > 1:3060461/1‑91 (MQ=255) gTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTAGATTTTTCCAAATTTTCACAGCAGCGTTa > 2:1111921/1‑91 (MQ=255) gTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTAGATTTTTCCAAATTTTCACAGCAGCGTTa < 2:2725322/91‑1 (MQ=255) gTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTAGATTTTTCCAAATTTTCACAGCAGCGTTa > 1:2100585/1‑91 (MQ=255) aTTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTAGATTTTTCCAAATTTTCACAGCAGCGTTACa > 2:940777/1‑91 (MQ=255) aTTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTAGATTTTTCCAAATTTTCACAGCAGCGTTACa > 1:1945105/1‑91 (MQ=255) cAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTAGATTTTTCCAAATTTTCACAGCAGCGTTACAATc < 2:2264143/91‑1 (MQ=255) aTTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTAGATTTTTCCAAATTTTCACAGCAGCGTTACAATCAt < 1:3141158/91‑1 (MQ=255) tttttAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTAGATTTTTCCAAATTTTCACAGCAGCGTTACAATCAtt < 2:270090/91‑1 (MQ=255) tttAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTAGATTTTTCCAAATTTTCACAGCAGCGTTACAATCATtct < 1:2320967/91‑1 (MQ=255) ttAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTAGATTTTTCCAAATTTTCACAGCAGCGTTACAATCATtctc > 1:3424008/1‑91 (MQ=255) tAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTAGATTTTTCCAAATTTTCACAGCAGCGTTACAATCATtctct > 2:3488262/1‑91 (MQ=255) tAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTAGATTTTTCCAAATTTTCACAGCAGCGTTACAATCATtctct > 1:2954473/1‑91 (MQ=255) tAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTAGATTTTTCCAAATTTTCACAGCAGCGTTACAACCATtctct > 2:309518/1‑91 (MQ=255) aaaGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTAGATTTTTCCAAATTTTCACAGCAGCGTTACAATCATtctctc < 1:3734013/91‑1 (MQ=255) aaGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTAGATTTTTCCAAATTTTCACAGCAGCGTTACAATCATTCTCTCa > 1:3349001/1‑91 (MQ=255) aaGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTAGATTTTTCCAAATTTTCACAGCAGCGTTACAATCATTCTCTCa > 2:1302903/1‑91 (MQ=255) aaGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTAGATTTTTCCAAATTTTCACAGCAGCGTTACAATCATTCTCTCa > 1:550165/1‑91 (MQ=255) aGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTAGATTTTTCCAAATTTTCACAGCAGCGTTACAATCATTCTCTCAc > 1:162293/1‑91 (MQ=255) gTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTAGATTTTTCCAAATTTTCACAGCAGCGTTACAATCATTCTCTCACg > 1:265150/1‑91 (MQ=255) ttATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTAGATTTTTCCAAATTTTCACAGCAGCGTTACAATCATTCTCTCACgg < 2:3755316/91‑1 (MQ=255) | ACCAAGGTTTCACAAAAATTATTATTGTATTAATCGTTTCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTAGATTTTTCCAAATTTTCACAGCAGCGTTACAATCATTCTCTCACGG > USA300TCH1516_ALE/739157‑739337 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |