| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2256396 = | 200 (0.950) | 31 (0.180) | 17/152 | 11.3 | 15.0% | intergenic (+49/+72) | deoD1/dps | Purine nucleoside phosphorylase DeoD‑type 1/General stress protein 20U |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2256443 = | 182 (1.030) | intergenic (+96/+25) | deoD1/dps | Purine nucleoside phosphorylase DeoD‑type 1/General stress protein 20U | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AATTGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2256497‑2256396‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atgtgttggcttttATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTATAAACA > USA300TCH1516_ALE/2256443‑2256532 AATTGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATG > 2:2932272/1‑91 ATTGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGCTAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGT < 2:2855553/91‑1 ATTGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGT > 1:956422/1‑91 ATTGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCGAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGT < 2:2692586/91‑1 TTGGGTGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTG < 2:3359565/91‑1 TTGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTG < 2:976208/91‑1 TTGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTG > 2:3575562/1‑91 TTGGATGTTTAAATCTGACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAACAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTG < 2:976056/91‑1 TGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGT < 2:1998063/91‑1 TGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGT < 2:188482/91‑1 TGGATGTGTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATCTGT < 2:3214639/91‑1 gtTGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTG < 2:1144474/89‑1 GATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAGTAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTG < 1:724269/91‑1 GATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTG < 1:2164156/91‑1 GATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTG < 2:1689203/91‑1 GATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTG < 1:724346/91‑1 ATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGG < 2:1580178/91‑1 ATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCGACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGG < 2:1714896/91‑1 ATGTTTAAATCTCACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGG > 1:2798100/1‑91 GTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCT < 1:1969849/91‑1 TTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGggt < 1:2830049/91‑4 TTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTT < 2:14976/91‑1 TTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTT > 2:1379035/1‑91 TTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTT < 2:3531574/91‑1 TTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTT < 2:36750/91‑1 TAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTT > 2:2878405/1‑91 TAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTT < 1:3603582/91‑1 TCTACAGATAAGCAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTGATC > 1:2803730/1‑91 AGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAG > 2:2592031/1‑91 AGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAG > 1:3525476/1‑91 AATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCATAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTT > 2:584815/1‑91 AATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTT > 2:584828/1‑91 CACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAA > 1:1548637/1‑91 ACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAAT > 2:1426295/1‑91 CATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCTATT > 1:2812522/1‑91 CATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCGATT > 1:2812478/1‑91 CATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATT > 1:436650/1‑91 CATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATT > 1:2353092/1‑91 ATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTA > 1:1938587/1‑91 TAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTCATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTAT > 2:1161070/1‑91 TAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTAGGCTTCTATATATATTATTACTAATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTAT > 2:959001/1‑91 AAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATG > 2:2433620/1‑91 AAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATG > 2:129131/1‑91 AAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATG > 2:129130/1‑91 AAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATG > 1:123243/1‑91 AATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGT > 1:3216288/1‑91 AATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGT > 2:1876196/1‑91 AATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGT > 2:2856284/1‑91 AATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGT > 2:578472/1‑91 AATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGT > 1:853178/1‑91 ATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTT > 1:1369618/1‑91 GGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTA > 2:2826981/1‑91 GGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTAT > 2:620023/1‑91 GATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCT > 1:2224546/1‑91 TACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTAC > 1:497121/1‑91 TACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTAC > 2:3284819/1‑91 TACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTAC > 1:497122/1‑91 CCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTCCTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGAT > 2:3561355/1‑91 ATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTCGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGC > 2:3033813/1‑91 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TGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATA > 1:223772/1‑91 GTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATAC > 1:1359399/1‑91 TTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACC > 2:270425/1‑91 TTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACC < 1:2397108/91‑1 TTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACC > 2:2169947/1‑91 TTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACC < 2:507497/91‑1 TTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACC < 2:506946/91‑1 TTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACC < 2:506879/91‑1 GGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTA < 1:1149917/91‑1 GCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTAT < 1:720502/91‑1 GCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTAT < 1:1133778/91‑1 CTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTATA > 1:2975775/1‑91 CTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTATA > 1:2975842/1‑91 TTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTATAA < 2:566438/91‑1 TTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTATAAA < 2:2377953/91‑1 TTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTATAAA < 2:1888239/91‑1 TTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTATAAA < 2:705090/91‑1 TTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTATAAAC > 1:2253118/1‑91 TATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTATAAACA > 2:448629/1‑91 TATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTATAAACA > 2:448628/1‑91 TATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTATAAACA < 2:175288/91‑1 AATTGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2256497‑2256396‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atgtgttggcttttATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTATAAACA > USA300TCH1516_ALE/2256443‑2256532 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |