| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2473265 = | 198 (0.940) | 37 (0.220) | 16/146 | 11.3 | 18.5% | intergenic (+99/+131) | USA300HOU_RS12730/bcr_1 | hypothetical protein/Bicyclomycin resistance protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2473309 = | 165 (0.970) | intergenic (+143/+87) | USA300HOU_RS12730/bcr_1 | hypothetical protein/Bicyclomycin resistance protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 205 total aligned reads displayed.
TTCATTCTAATAAAGAAATGCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCAAGTTTTGTTTT > USA300TCH1516_ALE/2473176‑2473355 | tCATTCTAATAAAGAAATGCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAAtata < 2:2523150/91‑1 (MQ=255) tCATTCTAATAAAGAAATGCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAAtata < 2:2186096/91‑1 (MQ=255) cATTCTAATAAAGAAATGCTATAAAACAACTAGCTAACGTTAAACCTAATGGATAGATACTAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATaa > 1:2901055/1‑91 (MQ=255) cATTCTAATAAAGAAATGCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATaa < 2:1453044/91‑1 (MQ=255) cATTCTAATAAAGAAATGCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATaa > 2:3321671/1‑91 (MQ=255) aTTCTAATAAAGAAATGCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATaaa > 2:77423/1‑91 (MQ=255) aTTCTAATAAAGAAATGCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATaaa > 1:2669752/1‑91 (MQ=255) tCTAATAAAGAAATGCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATaaaaa < 2:1978515/91‑1 (MQ=255) cTAATAAAGAAATGCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAAt > 2:44914/1‑91 (MQ=255) taataaAGAAATGCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATg < 1:3401549/91‑1 (MQ=255) caataaAGAAATGCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATg < 2:3612914/90‑1 (MQ=255) aataaAGAAATGCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGc > 2:1806255/1‑91 (MQ=255) aataaAGAAATGCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGc > 1:2746626/1‑91 (MQ=255) ataaAGAAATGCTATAAGACAACTAGATAAAGTTAAACCAGATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGcc < 1:1138881/91‑1 (MQ=255) aaGAAATGCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCgag > 1:1685381/1‑91 (MQ=255) aaGAAATGCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCgag > 1:602582/1‑91 (MQ=255) aGAAATGCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCgaga > 1:944435/1‑91 (MQ=255) aaaTGCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGCTAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGAtt < 1:3628537/91‑1 (MQ=255) aaTGCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGAttt > 2:3408828/1‑91 (MQ=255) aTGCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTc > 1:1974451/1‑91 (MQ=255) tGCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTcc > 1:319961/1‑91 (MQ=255) gCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCca > 1:1664189/1‑91 (MQ=255) cTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCcac > 1:2263951/1‑91 (MQ=255) cTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCcac > 1:413412/1‑91 (MQ=255) ataAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACat < 2:2735098/91‑1 (MQ=255) ataAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACat > 2:2277544/1‑91 (MQ=255) ataAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGAACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACat > 2:2807582/1‑91 (MQ=255) taAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACata < 1:1982405/91‑1 (MQ=255) taAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACata < 2:3512359/91‑1 (MQ=255) taAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACata < 2:3512418/91‑1 (MQ=255) taAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATAGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACata > 2:3166254/1‑91 (MQ=255) acaacTAGATAGAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACTGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACAtaataa < 2:3365487/91‑1 (MQ=255) acaacTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACAtactaa > 1:3268100/1‑91 (MQ=255) caacTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATaataat > 2:1905133/1‑91 (MQ=255) aacTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAAtc > 2:2042925/1‑91 (MQ=255) acTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAAtct < 2:277551/91‑1 (MQ=255) cTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAAtctc > 2:1106391/1‑91 (MQ=255) aGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCgg > 2:79785/1‑91 (MQ=255) gATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGc > 2:107681/1‑91 (MQ=255) gATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTAAATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCTGAGATTTCCACATAATAATCTCGGc > 1:1738142/1‑91 (MQ=255) aTAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCa < 1:344293/91‑1 (MQ=255) aTAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCa > 2:2586183/1‑91 (MQ=255) tAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCat < 1:3337599/91‑1 (MQ=255) tAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCat < 1:471718/91‑1 (MQ=255) aaaGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCatt < 1:2618507/91‑1 (MQ=255) aaaGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCatt < 2:461130/91‑1 (MQ=255) aaaGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCatt < 1:1300817/91‑1 (MQ=255) aaaGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCatt < 1:2208929/91‑1 (MQ=255) aGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCatttt < 2:843915/91‑1 (MQ=255) aGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCatttt < 2:2309331/91‑1 (MQ=255) aGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCatttt > 1:3503067/1‑91 (MQ=255) gTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCattttt > 1:145350/1‑91 (MQ=255) gTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCattttt > 1:2127797/1‑91 (MQ=255) gTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCattttt > 2:1823689/1‑91 (MQ=255) tAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCatttttat < 1:2774880/91‑1 (MQ=255) aaaCCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCatttttatt < 1:3206887/91‑1 (MQ=255) aCCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCatttttatatt > 1:993500/1‑88 (MQ=255) cAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTg < 1:2851793/91‑1 (MQ=255) cAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTg > 2:2102381/1‑91 (MQ=255) aTGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATg > 1:227260/1‑91 (MQ=255) aTGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATg < 2:2220314/91‑1 (MQ=255) atagataATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTaa > 2:1707956/1‑91 (MQ=255) 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ataAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCAAgttttgtttt > 2:2399709/1‑91 (MQ=255) ataAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCAAgttttgtttt < 1:1261666/91‑1 (MQ=255) ataAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCAAgttttgtttt < 1:2644143/91‑1 (MQ=255) ataAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCAAgttttgtttt < 1:1509924/91‑1 (MQ=255) ataAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCAAgttttgtttt < 1:3335871/91‑1 (MQ=255) ataAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATACATAGGTCTATGAATAGCTCAAgttttgtttt < 2:3562612/91‑1 (MQ=255) | TTCATTCTAATAAAGAAATGCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCAAGTTTTGTTTT > USA300TCH1516_ALE/2473176‑2473355 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |