| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1507967 = | 257 (1.220) | 28 (0.160) | 16/148 | 11.5 | 11.7% | intergenic (‑392/+83) | ald1/ypcP | Alanine dehydrogenase 1/5'‑3' exonuclease |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1508010 = | 212 (1.230) | intergenic (‑435/+40) | ald1/ypcP | Alanine dehydrogenase 1/5'‑3' exonuclease | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 263 total aligned reads displayed.
GAAATATAATTCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTAAAAAT > USA300TCH1516_ALE/1507877‑1508057 | aaaTATAATTCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACCCaa > 1:2922697/1‑91 (MQ=255) atatAATTCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCaaaa > 1:289033/1‑91 (MQ=255) taATTCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGa > 2:1382384/1‑91 (MQ=255) taATTCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGa > 2:1537731/1‑91 (MQ=255) taATTCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGa > 2:922219/1‑91 (MQ=255) taATTCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGa > 1:2024509/1‑91 (MQ=255) aaTTCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGAc < 2:2574752/91‑1 (MQ=255) aaTTCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTACCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGAc < 1:3367096/91‑1 (MQ=255) aTTCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACt < 1:1477401/91‑1 (MQ=255) aTTCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACt > 2:178105/1‑91 (MQ=255) aTTCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACt > 2:3103230/1‑91 (MQ=255) ttCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTa > 2:2886682/1‑91 (MQ=255) ttCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTa < 1:2106019/91‑1 (MQ=255) tCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTAt > 1:1831854/1‑91 (MQ=255) cTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTAtt > 2:2902930/1‑91 (MQ=255) tataCTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCt < 2:3402741/91‑1 (MQ=255) taCTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTAc > 2:2563917/1‑91 (MQ=255) aCTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTAcc < 2:1205074/91‑1 (MQ=255) ctctATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCt > 1:1030553/1‑91 (MQ=255) ctATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTg < 2:3630890/91‑1 (MQ=255) ctATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTg > 2:610401/1‑91 (MQ=255) ttGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTAt < 2:2653003/91‑1 (MQ=255) ttGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTAt > 1:1199727/1‑91 (MQ=255) ttGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTAt > 2:2901012/1‑91 (MQ=255) aTTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGa > 1:2441177/1‑91 (MQ=255) aTTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGa > 1:2360683/1‑91 (MQ=255) ttAATCATATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGAt < 2:3229312/91‑1 (MQ=255) ttAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGAt < 1:90825/91‑1 (MQ=255) ttAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGAt > 1:3448005/1‑91 (MQ=255) ttAATCAAATATGGATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACGCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGAt < 1:3628190/91‑1 (MQ=255) tCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGaa < 2:1458265/91‑1 (MQ=255) tCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGaa < 1:3076744/91‑1 (MQ=255) aaaTATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAAt < 1:1551487/91‑1 (MQ=255) atatGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGCTAGAAATAg > 1:3477356/1‑91 (MQ=255) atatGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAg > 1:1369201/1‑91 (MQ=255) atatGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAg > 2:2041501/1‑91 (MQ=255) atatGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGAAACAAATaa > 2:2348236/1‑90 (MQ=255) tatGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGt < 1:2337006/91‑1 (MQ=255) tGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCt < 1:2287173/91‑1 (MQ=255) gTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCtt < 1:2933717/91‑1 (MQ=255) gTATCTATCAAAATTCGGATTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGtttt > 1:1102885/1‑91 (MQ=255) gTATCGATCAAAATTCGGCTTATTTGTTCACTCTGACATGTCCAAATACGCAAGAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCtt < 1:3378515/91‑1 (MQ=255) gTATCGATCAAAATTCGGCTTATTTCTTCACTCTGACATGTCCAAATACGCAAGAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCtt < 1:3379484/91‑1 (MQ=255) gTATCGATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCtt < 2:2937584/91‑1 (MQ=255) tatctatcAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCttt > 1:2172962/1‑91 (MQ=255) tatctatcAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCttt > 2:1352009/1‑91 (MQ=255) atctatcAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCtttt > 2:1900712/1‑91 (MQ=255) tctatcAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCttttt > 2:2477024/1‑91 (MQ=255) ctatcAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTta < 1:508780/91‑1 (MQ=255) tatcAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTtat < 1:1066015/91‑1 (MQ=255) cAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACt < 1:3275879/91‑1 (MQ=255) aTTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAAt > 2:1945848/1‑91 (MQ=255) tCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTg > 2:869829/1‑91 (MQ=255) cGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTgg < 2:477488/91‑1 (MQ=255) ggCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTTCCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGt < 2:3387344/91‑1 (MQ=255) ggCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGt < 1:678554/91‑1 (MQ=255) ggCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGt > 2:1588168/1‑91 (MQ=255) ggCTTATATAATCATACTGAAATATCCAAATACGAAAAAAAACGATTTTTACCTTGTATCGATAGAAATAGGCTTTTTATACTTAATTGGt < 2:411162/91‑1 (MQ=255) gCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGtt < 1:569838/91‑1 (MQ=255) gCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGtt > 1:2191015/1‑91 (MQ=255) cTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGttt > 2:725860/1‑91 (MQ=255) cTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGttt > 2:3121752/1‑91 (MQ=255) cTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGttt > 1:3528966/1‑91 (MQ=255) cTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGttt > 1:40775/1‑91 (MQ=255) cTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGttt < 1:832769/91‑1 (MQ=255) cTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGttt < 2:1621470/91‑1 (MQ=255) tatttattCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTaa > 1:2211935/1‑91 (MQ=255) atttattCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAAt > 2:837476/1‑91 (MQ=255) tttattCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAAtt < 1:2743244/91‑1 (MQ=255) tattCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAAtttt < 1:1843688/91‑1 (MQ=255) 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tCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTCTCGATAGAAATAGTCTCTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATAc > 2:3595902/1‑91 (MQ=255) tCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATAc > 2:3442668/1‑91 (MQ=255) ccAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACt < 1:95448/91‑1 (MQ=255) cAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACtt > 2:1836729/1‑91 (MQ=255) cAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACtt > 2:797755/1‑91 (MQ=255) aTACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACttttt < 2:1919280/91‑1 (MQ=255) tACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTa > 1:287841/1‑91 (MQ=255) tACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTa > 1:255678/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |