New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1181465 = | 266 (1.270) | 33 (0.170) | 20/162 | 10.9 | 12.5% | intergenic (+32/+442) | USA300HOU_RS05885/USA300TCH1516_01103 | hypothetical protein/tRNA‑Arg |
? | USA300TCH1516_ALE | 1181489 = | 224 (1.190) | intergenic (+56/+418) | USA300HOU_RS05885/USA300TCH1516_01103 | hypothetical protein/tRNA‑Arg | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
AATTTGCCAATAGTATATTTAGCAATGAAAATTAAGAAGAATAATTAGTGAGTTAAATAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTATTTTTTTTAGATGTATATAATTATAATTATAGGATTTCGGGCCCCTGAAAAGTCCCTAAAATTTTGAATAGTATCAAAATCTATAGGAAT > USA300TCH1516_ALE/1181399‑1181579 | aaTTTGCCAATAGTATATTTAGCAATGAAAATTAAGAAGAATAATTAGTGAGTTAAATAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTa < 1:974377/91‑1 (MQ=255) tttGCCAATAGTATATTTAGCAATGAAAATTAAGAAGAATAATTAGTGAGTTAAATAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTAtt > 2:1021234/1‑91 (MQ=255) tttGCCAATAGTATATTTAGCAATGAAAATTAAGAAGAATAATTAGTGAGTTAAATAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTAtt > 1:2253867/1‑91 (MQ=255) ttGCCAATAGTATATTTAGCAATGAAAATTAAGAAGAATAATTAGTGAGTTAAATAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTAttt < 2:737287/91‑1 (MQ=255) ttGCCAATAGTATATTTAGCAATGAAAATTAAGAAGAATAATTAGTGAGTTAAATAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTAttt < 2:219286/91‑1 (MQ=255) ttGCCAATAGTATATTTAGCAATGAAAATTAAGAAGAATAATTAGTGAGTTAAATAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTAttt < 2:1951500/91‑1 (MQ=255) tGCCAATAGTATATTTAGCAATGAAAATTAAGAAGAATAATTAGTGAGTTAAATAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTAtttt > 1:2302103/1‑91 (MQ=255) gCCAATAGTATATTTAGCAATGAAAATTAAGAAGAATAATTAGTGAGTTAAATAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTAttttt < 1:3575005/91‑1 (MQ=255) ccAATAGTATATTTAGCAATGAAAATTAAGAAGAATAATTAGTGAGTTAAATAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTAtttttt > 2:901543/1‑91 (MQ=255) ccAATAGTATATTTAGCAATGAAAATTAAGAAGAATAATTAGTGAGTTAAATAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACATGGTTAtttttt > 2:3024561/1‑91 (MQ=255) cAATAGTATATTTAGCAATGAAAATTAAGAAGAATAATTAGTGAGTTAAATAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTAttttttt < 2:2715316/91‑1 (MQ=255) aaTAGTATATTTAGCAATGAAAATTAAGAAGAATAATTAGTGAGTTAAATAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTAtttttttt > 1:329660/1‑91 (MQ=255) aaTAGTATATTTAGCAATGAAAATTAAGAAGAATAATTAGTGAGTTAAATAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTAtttttttt > 1:1530183/1‑91 (MQ=255) aTAGTATATTTAGCAATGAAAATTAAGAAGAATAATTAGTGAGTTAAATAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTAttttttttt > 2:2571758/1‑90 (MQ=255) aTAGTATATTTAGCAATGAAAATTAAGAAGAATAATTAGTGAGTTAAATAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTATTTTTTTTa > 2:3296761/1‑91 (MQ=255) aTAGTATATTTAGCAATGAAAATTAAGAAGAATAATTAGTGAGTTAAATAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTATTTTTTTTa < 1:305665/91‑1 (MQ=255) aTAGTATATTTAGCAATGAAAATTAAGAAGAATAATTAGTGAGTTAAATAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTATTTTTTTTa > 2:1597058/1‑91 (MQ=255) tAGTATATTTAGCAATGAAAATTAAGAAGAATAATTAGTGAGTTAAATAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTATTTTTTTTAg < 2:233511/91‑1 (MQ=255) gTATATTTAGCAATGAAAATTAAGAAGAATAATTAGTGAGTTAAATAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTATTTTTTTTAGAt > 1:747006/1‑91 (MQ=255) gTATATTTAGCAATGAAAATTAAGAAGAATAATTAGTGAGTTAAATAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTATTTTTTTTAGAt < 1:508314/91‑1 (MQ=255) tatTTAGCAATGAAAATTAAGAAGAATAATTAGTGAGTTAAATAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTATTTTTTTTAGATGta > 1:117918/1‑91 (MQ=255) tttAGCAATGAAAATTAAGAAGAATAATTAGTGAGTTAAATAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTATTTTTTTTAGATGtata > 2:600050/1‑91 (MQ=255) tttAGCAATGAAAATTAAGAAGAATAATTAGTGAGTTAAATAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTATTTTTTTTAGATGtata < 2:519318/91‑1 (MQ=255) cAATGAAAATTAAGAAGAATAATTAGTGAGTTAAATAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTATTTTTTTTAGATGTAtataatt < 2:1101172/91‑1 (MQ=255) cAATGAAAATTAAGAAGAATAATTAGTGAGTTAAATAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTATTTTTTTTAGATGTAtataatt < 1:2799750/91‑1 (MQ=255) cAATGAAAATTAAGAAGAATAATTAGTGAGTTAAATAATTAAAAAACAACGTCTCGATGGACGTGGTTATTTTTTTTAGATGTAtataatt > 1:1634564/1‑91 (MQ=255) aaTGAAAATTAAGAAGAATAATTAGTGAGTTAAATAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTATTTTTTTTAGATGTAtataatta < 1:2206546/91‑1 (MQ=255) aaTGAAAATTAAGAAGAATAATTAGTGAGTTAAATAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTATTTTTTTTAGATGTAtataatta < 2:3416985/91‑1 (MQ=255) aaTGAAAATTAAGAAGAATAATTAGTGAGTTAAATAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTATTTTTTTTAGATGTAtataatta > 1:1712267/1‑91 (MQ=255) aTGAAAATTAAGAAGAATAATTAGTGAGTTAAATAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTATTTTTTTTAGATGTAtataattat > 1:131636/1‑91 (MQ=255) aaaTTAAGAAGAATAATTAGTGAGTTAAATAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTATTTTTTTTAGATGTATataattataatt > 2:3307058/1‑91 (MQ=255) aaTTAAGAAGAATAATTAGTGAGTTAAATAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTATTTTTTTTAGATGTATAtaattataatta > 2:1721322/1‑91 (MQ=255) aaTTAAGAAGAATAATTAGTGAGTTAAATAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTATTTTTTTTAGATGTATAtaattataatta < 2:2930396/91‑1 (MQ=255) aaTTAAGAAGAATAATTAGTGAGTTAAATAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTATTTTTTTTAGATGTATAtaattataatta < 1:1108069/91‑1 (MQ=255) aaTTAAGAAGAATAATTAGTGAGTTAAATAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTATTTTTTTTAGATGTATAtaattataatta > 1:1626925/1‑91 (MQ=255) aTTAAGAAGAATAATTAGTGAGTTAAATAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTATTTTTTTTAGATGTATATaattataattat < 1:1358853/91‑1 (MQ=255) ttAAGAAGAATAATTAGTGAGTTAAATAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTATTTTTTTTAGATGTATATAattataattata > 1:776049/1‑91 (MQ=255) ttAAGAAGAATAATTAGTGAGTTAAATAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTATTTTTTTTAGATGTATATAattataattata > 2:2825763/1‑91 (MQ=255) tAAGAAGAATAATTAGTGAGTTAAATAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTATTTTTTTTAGATGTATATAATTATAATTATAg > 1:1879307/1‑91 (MQ=255) tAAGAAGAATAATTAGTGAGTTAAATAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGCGGTTATTTTTTTTACATGTATATCATTATATTTATAg > 2:1518020/1‑91 (MQ=255) aagaagAATAATTAGTGAGTTAAATAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTATTTTTTTTAGATGTATATAATTATAATTATAgg > 2:4535/1‑91 (MQ=255) agaaTAATTAGTGAGTTAAATAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTATTTTTTTTAGATGTATATAATTATAATTATAGGAttt < 2:318360/91‑1 (MQ=255) agaaTAATTAGTGAGTTAAATAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTATTTTTTTTAGATGTATATAATTATAATTATAGGAttt > 2:1523610/1‑91 (MQ=255) ataatTAGTGAGTTAAATAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTATTTTTTTTAGATGTATATAATTATAATTATAGGATTTCgg < 1:2508953/91‑1 (MQ=255) aatTAGTGAGTTAAATAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTATTTTTTTTAGATGTATATAATTATAATTATAGGATTTCGGGc < 2:2436705/91‑1 (MQ=255) aatTAGTGAGTTAAATAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTATTTTTTTTAGATGTATATAATTATAATTATAGGATTTCGGGc > 1:2042192/1‑91 (MQ=255) ttAGTGAGTTAAATAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTATTTTTTTTAGATGTATATGATTATAATTATAGGATTTCGGGccc > 1:3362677/1‑91 (MQ=255) agttagttATATAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTATTTTTTTTAGATGTATATAATTATAATTATAGGATTTCGGGCCCCt < 1:3259467/91‑1 (MQ=255) aGTGAGTTAAATAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTATTTTTTTTAGATGTATATAATTATAATTATAGGATTTCGGGCCCCt < 2:2635226/91‑1 (MQ=255) aGTGAGTTAAATAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTATTTTTTTTAGATGTATATAATTATAATTATAGGATTTCGGGCCCCt < 2:3114032/91‑1 (MQ=255) gTGAGTTAAATAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTATTTTTTTTAGATGTATATAATTATAATTATAGGATTTCGGGCCCCTg > 1:2760699/1‑91 (MQ=255) aaaTAATTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTATTTTTTTTAGATGTATATAATTATAATTATAGGATTTCGGGCCCCTGAAAAGTc > 1:2632486/1‑91 (MQ=255) aataatTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTATTTTTTTTAGATGTATATAATTATAATTATAGGATTTCGGGCCCCTGAAAAGTcc < 1:1158099/91‑1 (MQ=255) ataatTAAAAGACCGCGTCTGGATGGACTTGGTTATTTTTTTTAGATGTATATAATTATAATTATAGGATTGCTGGCCCCTGAAAAGTccc < 2:3050627/91‑1 (MQ=255) ataatTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTTGTTATTTTTTTTAGATGTATATAATTATAATTATAGGATTTCGGGCCCCTGAAAAGTccc < 2:3224045/91‑1 (MQ=255) ataatTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTATTTTTTTTAGATGTATATAATTATAATTATAGGATTTCGGGCCCCTGAAAAGTccc < 1:2376585/91‑1 (MQ=255) ataatTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTATTTTTTTTAGATGTATATAATTATAATTATAGGATTTCGGGCCCCTGAAAAGTccc < 2:1027884/91‑1 (MQ=255) ataatTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTATTTTTTTTAGATGTATATAATTATAATTATAGGATTTCGGGCCCCTGAAAAGTccc > 2:77190/1‑91 (MQ=255) ataatTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTATTTTTTTTAGATGTATATAATTATAATTATAGGATTTCGGGCCCCTGAAAAGTccc < 1:2208530/91‑1 (MQ=255) ataatTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTATTTTTTTTAGATGTATATAATTATAATTATAGGATTTCGGGCCCCTGAAAAGTccc < 1:615472/91‑1 (MQ=255) ataatTAAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTATTTTTTTTAGATGTATATAATTATAATTATAGGATTTCGGGCCCCTGAAAAGTccc < 2:2070973/91‑1 (MQ=255) taatTCAAAAACCACGTCTCGATGGACGTGGTTATTTTTTTTAGATGTATATAATTATAATTATAGGATTTCGGGCCCCTGAAAAGTCCCt < 2:3347197/91‑1 (MQ=255) 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cGATGGACGTGGTTATTTTTTTTAGATGTATATAATTATAATTATAGGATTTCGGGCCCCTGAAAAGTCCCTAAAATTTTGAATAGTGTCa > 1:2927879/1‑91 (MQ=255) tcgagACGTGGTTATTTTTTTTAGATGTATATAATTATAATTATAGGATTTCGGGCCCCTGAAAAGTCCCTAAAATTTTGAATAGTATCaa > 1:2350227/5‑91 (MQ=255) tcgagACGTGGTTATTTTTTTTAGATGTATATAATTATAATTATAGGATTTCGGGCCCCTGAAAAGTCCCTAAAATTTTGAATAGTATCaa > 2:2617609/5‑91 (MQ=255) gATGGACGTGGTTATTTTTTTTAGATGTATATAATTATAATTATAGGATTTCGGGCCCCTGAAAAGTCCCTAAAATTTTGAATAGTATCaa > 1:2570211/1‑91 (MQ=255) tGGACGTGGTTATTTTTTTTAGATGTATATAATTATAATTATAGGATTTCGGGCCCCTGAAAAGTCCCTAAAATTTTGAATAGTATCaaaa > 2:1192609/1‑91 (MQ=255) cGTGGTTATTTTTTTTAGATGTATATAATTATAATTATAGGATTTCGGGCCCCTGAAAAGTCCCTAAAATTTTGAATAGTATCAAAATCta > 1:975619/1‑91 (MQ=255) cGTGGTTATTTTTTTTAGATGTATATAATTATAATTATAGGATTTCGGGCCCCTGAAAAGTCCCTAAAATTTTGAATAGTATCAAAATCta > 1:65888/1‑91 (MQ=255) ggTTATTTTTTTTAGATGTATATAATTATAATTATAGGATTTCGGGCCCCTGAAAAGTCCCTAAAATTTTGAATAGTATCAAAATCTATAg > 2:2262102/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |