New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1205323 | 248 (1.180) | 353 (2.930) +AGCGAAGCCATTCAATACGAAGTATTGTATAAATAGAG |
25/104 | 5.1 | 71.3% | intergenic (‑204/‑365) | USA300HOU_RS15290/lspA | hypothetical protein/Lipoprotein signal peptidase |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1443739 | NA (NA) | intergenic (‑312/+41) | USA300TCH1516_01342/brnQ_3 | hypothetical protein/Branched‑chain amino acid transport system 2 carrier protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. |
Only 100 of 159 total aligned reads displayed.
TACGAAGTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTGGATCTTGTTTTACAAATATGCCGACTA > USA300TCH1516_ALE/1443671‑1443829 | tACGAAGTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCaa < 2:1919559/91‑1 (MQ=31) aCGAAGTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAAc < 1:364314/91‑1 (MQ=32) aCGAAGTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAAc < 1:3388456/91‑1 (MQ=32) cGAAGTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAAcc > 2:1240962/1‑91 (MQ=33) ttcgTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACct > 2:2672732/4‑91 (MQ=18) gAAGTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACct > 1:983448/1‑91 (MQ=33) gAAGTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACct > 1:985095/1‑91 (MQ=33) gAAGTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACCGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACct > 2:1035010/1‑91 (MQ=18) aGTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACctct < 1:2949512/91‑1 (MQ=37) gTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCtt > 1:3306921/1‑91 (MQ=38) tATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTTCTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCttt < 1:3061089/91‑1 (MQ=255) tATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCttt > 2:3483692/1‑91 (MQ=39) tATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCttt > 2:3483573/1‑91 (MQ=39) tATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCttt > 2:2683488/1‑91 (MQ=39) aTTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCtttt < 2:1319716/91‑1 (MQ=39) aTTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAACTGAAACTTATCTTACTGCTGTCTTCTTAGGGATTTATGTCCCCACCTCtttt > 2:2961760/1‑91 (MQ=11) ttGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGCT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTta > 2:3008626/1‑91 (MQ=255) tGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTtat < 1:766949/91‑1 (MQ=39) tataAATAGAGAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTatat < 1:479324/91‑1 (MQ=39) taAATAGAGAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGACTTATGTCCCAACCTCTTTTAtatta > 2:1246926/1‑91 (MQ=255) aagtAGAGAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTAtattat < 2:36937/88‑1 (MQ=255) aaaTAGAGAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATTTTAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTAtattat < 2:3519594/91‑1 (MQ=255) aaaTAGAGAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTAtattat < 2:4833/91‑1 (MQ=255) aaaTAGAGAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTAtattat < 1:1386585/91‑1 (MQ=255) aaTAGAGAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATattatt > 2:1022873/1‑91 (MQ=255) aTAGAGAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTTTTTTATATTATTc > 1:3629818/1‑91 (MQ=255) agagAACAGGAGTAAGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGt < 1:1242464/91‑1 (MQ=255) gagaACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGTGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGtt > 2:3412126/1‑91 (MQ=255) gagaACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGtt > 1:338084/1‑91 (MQ=255) gagaACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGtt > 2:3306880/1‑91 (MQ=255) aaaaaCAGCAGTAAGATAATTTTCAAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGt < 1:3202983/88‑1 (MQ=17) agaACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTATGGTTTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGttt > 2:3040673/1‑90 (MQ=255) agaACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTa > 2:2827042/1‑91 (MQ=255) gaACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTAt < 1:506898/91‑1 (MQ=255) gaACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTAt > 1:2060939/1‑91 (MQ=255) aaCAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAAc > 1:783435/1‑69 (MQ=33) aaCAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAAc < 2:783435/69‑1 (MQ=33) aCAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTc > 1:3543154/1‑91 (MQ=255) aCAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTc > 1:2262464/1‑91 (MQ=255) aCAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTc > 1:1612455/1‑91 (MQ=255) agcagTAAGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCt > 2:1279417/1‑91 (MQ=255) agcagTAAGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCt > 1:1215578/1‑91 (MQ=255) agcagTAAGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCt < 2:1612455/91‑1 (MQ=255) agcagTAAGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCt < 2:2403049/91‑1 (MQ=255) agcagTAAGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCt > 1:2125627/1‑91 (MQ=255) agcagTAAGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGACCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCt > 1:2905746/1‑91 (MQ=255) gcagTAAGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTg < 1:2682252/91‑1 (MQ=255) gcagTAAGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTg < 1:758707/91‑1 (MQ=255) cagTAAGATAATTTTCAATTAGAAAA‑TATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGt > 1:590641/1‑91 (MQ=17) cagTAAGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGt > 1:502953/1‑91 (MQ=255) cagTAAGAT‑AATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTTCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGt > 1:590601/1‑91 (MQ=17) tAAGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTACGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGa < 1:2885617/91‑1 (MQ=255) aaGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTgct > 1:2050169/1‑89 (MQ=255) aaGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGat > 1:335423/1‑91 (MQ=255) aGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTATGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTgctt > 2:1754926/1‑88 (MQ=255) aGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGata < 2:1530390/91‑1 (MQ=255) aGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGata > 2:2485144/1‑91 (MQ=255) gAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGatat > 1:3495619/1‑91 (MQ=255) gAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGatat < 1:1704205/91‑1 (MQ=255) at‑atTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATAtt < 1:3490435/91‑1 (MQ=255) t‑atTTTCTTATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTGTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATAttt < 2:3158732/91‑1 (MQ=255) atTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTa > 1:2362590/1‑91 (MQ=255) ttttCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTaa > 2:715475/1‑91 (MQ=255) tttCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCTAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTact > 2:942871/1‑89 (MQ=255) 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ttttttAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTTTTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTGGATCTTGTTTTACAAATATGCCGACTa < 2:641287/91‑1 (MQ=255) ttttttAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTGGATCTTGTTTTACAAATATGCCGACTa < 2:1245986/91‑1 (MQ=255) ttttttAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTGGATCTTGTTTTACAAATATGCCGACTa > 2:143995/1‑91 (MQ=255) | TACGAAGTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTGGATCTTGTTTTACAAATATGCCGACTA > USA300TCH1516_ALE/1443671‑1443829 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |