| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1205323 | 248 (1.180) | 353 (2.930) +AGCGAAGCCATTCAATACGAAGTATTGTATAAATAGAG |
25/104 | 5.1 | 70.7% | intergenic (‑204/‑365) | USA300HOU_RS15290/lspA | hypothetical protein/Lipoprotein signal peptidase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2478252 = | 263 (1.250) | intergenic (+139/‑436) | USA300HOU_RS12760/USA300HOU_RS12765 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
TATCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTATGCCCA > USA300TCH1516_ALE/2478162‑2478342 | ttAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATATACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAAcagc > 2:2945117/1‑91 (MQ=255) ttAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAAcagc < 2:2251502/91‑1 (MQ=255) aaaTATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAAcagcag > 2:3478502/1‑91 (MQ=255) atatTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTa < 1:1225766/91‑1 (MQ=255) atatTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAAT‑AATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTaa > 2:1829257/1‑91 (MQ=255) atTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAg < 1:748986/91‑1 (MQ=255) atTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAg > 2:2898067/1‑91 (MQ=255) atTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAg < 1:1703080/91‑1 (MQ=255) ttCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTCTATTAAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGAACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGa > 1:2901808/1‑91 (MQ=255) ttCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGa > 1:1870672/1‑91 (MQ=255) tCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGAt < 2:202673/91‑1 (MQ=255) tCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGAt > 1:2275327/1‑91 (MQ=255) cGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATa < 1:429991/91‑1 (MQ=255) cGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATa > 1:1658636/1‑91 (MQ=255) ttAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAAt < 2:2828126/91‑1 (MQ=255) tAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCTAAAAAAAAACAGCAGTAAGATAAt > 1:1426055/1‑91 (MQ=255) aaTCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAAttt < 1:2548685/91‑1 (MQ=255) aTCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAAtttt > 1:882931/1‑91 (MQ=255) tCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTc < 2:2180120/91‑1 (MQ=255) ccTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑a > 1:2358959/1‑91 (MQ=255) ccTGGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑a < 2:1898740/91‑1 (MQ=255) cTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑aa > 1:3326198/1‑91 (MQ=255) ttGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AAt > 2:2495450/1‑91 (MQ=255) tGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AAtt < 2:331952/91‑1 (MQ=255) gATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTa < 2:397437/91‑1 (MQ=255) tAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGGCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGaa < 2:2402830/91‑1 (MQ=255) aGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGaaa > 1:2086042/1‑91 (MQ=255) aGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGaaa < 1:3439265/91‑1 (MQ=255) aCAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTCATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAat > 2:3250161/1‑91 (MQ=255) aCAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAatt < 2:574145/91‑2 (MQ=37) aCAATTGATATATTGAGAATAAATAAACTGAAGAGTCAGGGACATTAATGCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTC‑TAATTGAAAatt < 2:141167/91‑2 (MQ=21) cAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAata > 2:274978/1‑91 (MQ=255) cAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAata > 1:2796551/1‑91 (MQ=255) ttGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCt > 1:232543/1‑91 (MQ=255) ttATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTAGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATATTTTCT‑AATTGAAAATTATCTTAc < 2:245431/91‑1 (MQ=21) tataTTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTAct > 1:16976/1‑91 (MQ=255) tataTTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTAct > 2:2411044/1‑91 (MQ=255) atatTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTActg > 1:1331249/1‑91 (MQ=255) atatTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATAGCTTattg > 1:1810379/1‑88 (MQ=255) tatTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTActgc < 1:365190/91‑1 (MQ=255) atTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCTAAAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTActgc < 2:1950931/91‑1 (MQ=255) aaaaTAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTACTGCTGTtc < 2:89211/91‑1 (MQ=255) aaataaatAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTACTGCTGTtct > 1:1988554/1‑91 (MQ=255) aaataaatAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTACTGCTGTtct < 2:111445/91‑1 (MQ=255) aaataaatAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTACTGCTGTtct < 1:825627/91‑1 (MQ=255) aaataaatAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAAACCAA‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTACTGCTGTtct < 2:1570672/91‑1 (MQ=255) aataaataAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTACTGCTGTtctc < 2:739396/91‑1 (MQ=255) aataaataAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAACATCTTACTGCTGttttt > 1:3111494/1‑88 (MQ=255) ataaataaACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCCGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTctct > 1:3620388/1‑91 (MQ=255) taaataaaCTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTa < 1:295871/91‑1 (MQ=255) aaataaaCTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTAt > 1:3557037/1‑91 (MQ=255) aataatCTAAAGAGTCTGGGACATTCATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGCTAATTGTC‑AATTAGAAAATAGCTTACTGCAGCTCACTAtt > 2:3349735/1‑91 (MQ=17) ataaaCTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTAttt > 2:1377140/1‑91 (MQ=255) taaaCTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTta > 1:563401/1‑91 (MQ=255) aaaCTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTtat > 1:2996795/1‑91 (MQ=255) aaaCTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTtat > 1:1086783/1‑91 (MQ=255) aaCTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTtata > 1:1111773/1‑91 (MQ=255) aaCTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTtata < 2:1658636/91‑1 (MQ=255) aaCTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTtata < 1:499285/91‑1 (MQ=255) aaaGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAAt < 2:638067/91‑1 (MQ=255) aaGAGTCTGTGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATa < 1:3474240/91‑1 (MQ=255) aaGAGTCTGTGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATa < 2:481211/91‑1 (MQ=255) aaGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATa > 2:1021525/1‑91 (MQ=255) aaGAGTCTGGGACATTAATACCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATa < 2:2871307/91‑1 (MQ=255) agagTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATAc > 1:2254201/1‑91 (MQ=255) agTCTGGGACATTCATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATAcga < 2:180341/91‑3 (MQ=255) agTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACtt < 2:830355/91‑1 (MQ=255) gTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATAcgaa < 1:499994/91‑4 (MQ=255) gTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTc < 1:77073/91‑1 (MQ=255) gTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTc < 1:113828/91‑1 (MQ=255) tCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATAcgaag < 1:1390405/91‑5 (MQ=255) gggACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTAt > 2:2744395/1‑91 (MQ=255) ggACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTAtt > 2:795241/1‑91 (MQ=40) ggACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTAtt > 2:2974122/1‑91 (MQ=40) ggACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTAtt < 1:3236937/91‑1 (MQ=255) ggACATTAATCACT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTAtt < 2:3384486/91‑1 (MQ=255) gACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTg < 1:1293695/91‑1 (MQ=255) gACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTg > 2:1729014/1‑91 (MQ=255) 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tCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCtt > 2:1715736/1‑91 (MQ=37) cccT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTc > 1:1176021/1‑91 (MQ=35) ccT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCg > 2:85298/1‑91 (MQ=34) t‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCt < 1:316763/91‑1 (MQ=32) aaaaaaaaCAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTa < 2:2670849/91‑1 (MQ=32) aaaaaaaaCAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTa > 2:1199828/1‑91 (MQ=32) aaaaaaaCAGCCGTAAGATAATTGTC‑AATTAGAAAATATCTTACCGCTGTTCTCTATTTATACAATACGTCGTATTGAATGGCTTCGCTAt < 1:1560344/91‑1 (MQ=11) aaaaaaaCAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTAt > 2:2316421/1‑91 (MQ=32) aaaaaaCAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTATg < 2:1498697/91‑1 (MQ=33) aaaaaCAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTATGc > 2:707114/1‑91 (MQ=33) aaaaaCAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTATGc > 2:3547552/1‑91 (MQ=34) aaaaaCAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTATGc < 1:1548974/91‑1 (MQ=34) aaaaaCAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTACTACTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTATGc < 2:2841335/91‑1 (MQ=21) aaCAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTATGCCCa > 1:3078855/1‑91 (MQ=34) | TATCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTATGCCCA > USA300TCH1516_ALE/2478162‑2478342 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |