Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 367,644 | G→T | intergenic (‑96/‑62) | nanA ← / → bglK | N‑acetylneuraminate lyase/Beta‑glucoside kinase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 367,644 | 0 | G | T | 96.8% | 877.8 / 12.9 | 247 | intergenic (‑96/‑62) | nanA/bglK | N‑acetylneuraminate lyase/Beta‑glucoside kinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/6); new base T (109/130); total (111/136) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.01e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 |
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
TCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTAGTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTG > USA300TCH1516_ALE/367556‑367730 | ccTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCat < 2:2402363/91‑1 (MQ=255) cTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCata > 1:851749/1‑91 (MQ=255) cTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCata < 1:127451/91‑1 (MQ=255) ccAAGAATCATTGGATAATATAGTTTACAGCTATAAGTATAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATAtt < 2:1526729/91‑1 (MQ=255) ccAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATAtt < 1:555528/91‑1 (MQ=255) aaaTCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATg < 2:1938073/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |