BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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RA	USA300TCH1516_ALE	707,879	A→T	L11I (TTA→ATA)	znuC_1 ←	High‑affinity zinc uptake system ATP‑binding protein ZnuC

Read alignment evidence...
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*	USA300TCH1516_ALE	707,879	0	A	T	100.0%	662.4 / NA	181	L11I (TTA→ATA)	znuC_1	High‑affinity zinc uptake system ATP‑binding protein ZnuC
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (94/87); total (94/87)

Only 100 of 181 total aligned reads displayed.

GCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACT  >  USA300TCH1516_ALE/707794‑707966

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   ccATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGAt                                                                                 <  1:410048/91‑1 (MQ=255)

   ccATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGAt                                                                                 >  2:2218212/1‑91 (MQ=255)

   ccATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGAt                                                                                 >  1:2687171/1‑91 (MQ=255)

      ttCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTa                                                                              >  2:1254162/1‑91 (MQ=255)

      ttCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTa                                                                              >  1:3310121/1‑91 (MQ=255)

       tCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTaa                                                                             <  1:1533384/91‑1 (MQ=255)

         gggCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAAt                                                                           >  1:3210503/1‑91 (MQ=255)

         gggCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAAt                                                                           <  2:3315296/91‑1 (MQ=255)

            cccATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCtt                                                                        <  2:850450/91‑1 (MQ=255)

             ccATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCttt                                                                       <  1:1039534/91‑1 (MQ=255)

             ccATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCttt                                                                       >  2:235573/1‑91 (MQ=255)

             ccATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCttt                                                                       <  1:294207/91‑1 (MQ=255)

              cATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCtttt                                                                      >  1:1397938/1‑91 (MQ=255)

               aTGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTg                                                                     <  2:2511336/91‑1 (MQ=255)

               aTGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTg                                                                     >  2:1457089/1‑91 (MQ=255)

                 gATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGtt                                                                   <  2:1196921/91‑1 (MQ=255)

                  aTACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGttt                                                                  <  2:925345/91‑1 (MQ=255)

                    aCCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCt                                                                >  2:148911/1‑91 (MQ=255)

                    aCCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCt                                                                <  2:3347360/91‑1 (MQ=255)

                     ccAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAATGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAATTCTTTTGTTTCTa                                                               <  2:1050877/91‑1 (MQ=255)

                        attattTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACa                                                            >  2:3000112/1‑91 (MQ=255)

                        attattTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACa                                                            >  2:3391579/1‑91 (MQ=255)

                           attTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAAc                                                         >  2:879882/1‑91 (MQ=255)

                           attGCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAAc                                                         <  2:85774/91‑1 (MQ=255)

                            tttCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACg                                                        <  1:1425717/91‑1 (MQ=255)

                             ttCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGt                                                       >  2:2671490/1‑91 (MQ=255)

                             ttCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGt                                                       <  2:3507220/91‑1 (MQ=255)

                             ttCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGt                                                       <  2:916960/91‑1 (MQ=255)

                             ttCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGt                                                       <  1:366931/91‑1 (MQ=255)

                              tCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGtt                                                      <  2:332131/91‑1 (MQ=255)

                               cgccgcGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGttt                                                     >  1:433245/1‑91 (MQ=255)

                               cgccgcGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGttt                                                     >  2:3352785/1‑91 (MQ=255)

                                gccgcGTACTGGTATCGCTAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGCTta                                                    >  2:437579/1‑91 (MQ=255)

                                gccgcGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTta                                                    >  1:3493810/1‑91 (MQ=255)

                                  cgcgTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTtata                                                  <  1:713840/91‑1 (MQ=255)

                                      tACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATAcctc                                              >  1:354640/1‑91 (MQ=255)

                                         tGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAATACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTa                                           >  2:2065595/1‑91 (MQ=255)

                                          gggaTCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATTTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTaa                                          >  2:3260619/4‑91 (MQ=255)

                                          ggTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTaa                                          <  2:2840023/91‑1 (MQ=255)

                                          ggTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTaa                                          >  1:843472/1‑91 (MQ=255)

                                           gTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAAt                                         <  1:12164/91‑1 (MQ=255)

                                              tCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTaa                                      <  2:3162308/91‑1 (MQ=255)

                                              tCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTaa                                      <  1:178664/91‑1 (MQ=255)

                                                  tAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGt                                  <  1:485522/91‑1 (MQ=255)

                                                    aGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGttt                                >  2:1007227/1‑91 (MQ=255)

                                                    aGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGttt                                >  1:2207204/1‑91 (MQ=255)

                                                     ggAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTa                               >  1:1228320/1‑91 (MQ=255)

                                                        aaTGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGc                            >  2:2006655/1‑91 (MQ=255)

                                                        aaTGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGc                            <  2:3578063/91‑1 (MQ=255)

                                                         aTGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCt                           >  1:1722542/1‑91 (MQ=255)

                                                          tGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTa                          >  2:1579717/1‑91 (MQ=255)

                                                          tGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTa                          >  2:110080/1‑91 (MQ=255)

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                                                             ttttAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAAcc                       >  1:1613796/1‑91 (MQ=255)

                                                             ttttAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAAcc                       <  1:1317111/91‑1 (MQ=255)

                                                             ttttAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAAcc                       <  2:2316551/91‑1 (MQ=255)

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                                                              tttAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCt                      >  2:1701371/1‑91 (MQ=255)

                                                               ttAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCta                     >  2:103253/1‑91 (MQ=255)

                                                               ttAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCta                     <  2:2711376/91‑1 (MQ=255)

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                                                               ttAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCta                     >  2:414510/1‑91 (MQ=255)

                                                               ttAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCta                     >  1:3548537/1‑91 (MQ=255)

                                                               ttAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCta                     >  1:2112040/1‑91 (MQ=255)

                                                                tAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCtaa                    >  2:2303872/1‑91 (MQ=255)

                                                                tAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCtaa                    >  1:2547862/1‑91 (MQ=255)

                                                                tAAGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCtaa                    <  1:1334257/91‑1 (MQ=255)

                                                                 aaGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCtaat                   >  1:2617445/1‑91 (MQ=255)

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                                                                  aGTACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCtaatt                  <  1:3120127/91‑1 (MQ=255)

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                                                                    tACATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCtaattaa                <  2:2478329/91‑1 (MQ=255)

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                                                                      cATGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTaattaatt              >  1:3252805/1‑91 (MQ=255)

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                                                                        tGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGt            >  2:1421909/1‑91 (MQ=255)

                                                                        tGCTTATTACCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGt            <  2:2628532/91‑1 (MQ=255)

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                                                                               taCCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTAtaataa     <  2:1868834/91‑1 (MQ=255)

                                                                                aCCTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATaaa    >  1:24506/1‑91 (MQ=255)

                                                                                 ccTATAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAAc   <  2:819592/91‑1 (MQ=255)

GCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACT  >  USA300TCH1516_ALE/707794‑707966

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`