New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	USA300TCH1516_ALE	512620 =	39 (1.310)	23 (1.120) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA	20/180	NT	46.1%	intergenic (+688/‑6075)	recR/speA_2	Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase
	?	USA300TCH1516_ALE	1998278 =	NA (NA)					intergenic (‑6/+3329)	USA300TCH1516_01882/USA300TCH1516_01883	tRNA‑Val/tRNA‑Ala

AGGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATT  >  USA300TCH1516_ALE/512480‑512760                                                                                                                                             |                                                                                                                                             gtcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaa                                                                                                                                              <  1:291852‑M1/1‑1 (MQ=255)  gggCCTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAACTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaa                                                                                                                                             <  1:247253/141‑1 (MQ=255)    acacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaaa                                                                                                                                           >  2:136830‑M1/138‑141 (MQ=255)     cacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaaaa                                                                                                                                          <  2:103981‑M1/5‑1 (MQ=255)     cGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaaaaa                                                                                                                                          >  1:346215/1‑141 (MQ=255)      acctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggcagtgacgctgacgttcagacacagtagaacgttgccaggccgtattttaatcaagttttgtttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAg                                                                                                                                         <  1:80799‑M1/6‑1 (MQ=255)       ttCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGt                                                                                                                                        >  1:204098/1‑141 (MQ=255)            tcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctggagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaatgaaatggacaagataaAAAAAGTTCTTg                                                                                                                                   <  2:2495‑M1/12‑1 (MQ=255)             cccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagcagaacgttgccaggaagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagctaaaaaaagtgataga                                                                                                                                  <  2:259399‑M1/13‑7 (MQ=255)              aaGATGACAAATGTGTAATTGTTACTGGTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGAc                                                                                                                                 <  2:238943/140‑1 (MQ=255)               catgccgaacacagaagttaagctccttagcgacgatggtagtcgaacttccgttccgcaagagtagaacgttgccaagcagtgttttaatcacatgttggttaaaaaagaaaatgcacaagataaAAaaagttagtggcc                                                                                                                                <  2:181813‑M1/15‑7 (MQ=255)                atgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttaggttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACtt                                                                                                                               >  2:235678‑M1/126‑141 (MQ=255)                atgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACtt                                                                                                                               >  1:181490‑M1/126‑141 (MQ=255)                 tgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTa                                                                                                                              <  1:119656‑M1/17‑1 (MQ=255)                   gACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTaaa                                                                                                                            <  1:41361/141‑1 (MQ=255)                      agcacagaagttaagctgcttagcgtcgatggtagtcgaacttaggttcggctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggaaaagaaaaAAAAAGTTATTGACTTAAATGt                                                                                                                         >  2:322217‑M1/120‑141 (MQ=255)                       aaGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTGCTAACGAAAAAAAAATATAAAAAGTTATTGACTTAAATGtt                                                                                                                        <  2:33571/141‑1 (MQ=255)                         gctgtAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaa                                                                                                                      <  1:110442/139‑1 (MQ=255)                              agttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttcagctagagtcgaacgttgccaggcagttttttaatcaacttttggttaaaaaataacatggacaagataaAAATGGTTAGTGACTTCAAtgttgatacaa                                                                                                                 <  1:236272‑M1/30‑4 (MQ=255)                                   agctccctagcgtccatggtactaaaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGtat                                                                                                            >  1:92265‑M1/107‑141 (MQ=255)                                       tgttgtTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaatt                                                                                                        >  2:64295/1‑141 (MQ=255)                                       ccccagtgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaatt                                                                                                        >  1:29997‑M1/103‑141 (MQ=255)                                           agcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATaattaatt                                                                                                    >  2:107826‑M1/99‑141 (MQ=255)                                             cgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTataattaatttt                                                                                                  <  1:59974‑M1/45‑3 (MQ=255)                                             cgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCt                                                                                                  >  2:80799‑M1/97‑141 (MQ=255)                                                    tttAAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGt                                                                                           <  2:151513/141‑1 (MQ=255)                                                    gatagtcaaacttacgttccagtagagtagaactttgccaggcagttttttaatcaaattttagttaaaaaataaaatgaacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTtgtcaat                                                                                           >  2:59974‑M1/90‑138 (MQ=255)                                                        aaaGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGa                                                                                       >  1:153764/1‑141 (MQ=255)                                                         aaGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaa                                                                                      >  1:7762/1‑141 (MQ=255)                                                          cgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaa                                                                                     >  1:137058‑M1/84‑141 (MQ=255)                                                              tataaaGTATTTAATTAATGAGCCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATg                                                                                 <  1:109234/136‑1 (MQ=255)                                                              tGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAAAAAAAAAAAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATg                                                                                 <  2:345607/141‑1 (MQ=255)                                                              cttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATg                                                                                 <  2:298893‑M1/62‑1 (MQ=255)                                                               ttacgttccgctagaatagaacgttgccaagcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGa                                                                                >  2:338132‑M1/79‑141 (MQ=255)                                                                  taGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACa                                                                             >  1:190102/1‑141 (MQ=255)                                                                  agttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACa                                                                             >  1:27890‑M1/76‑141 (MQ=255)                                                                    ttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAtt                                                                           <  1:345978‑M1/68‑1 (MQ=255)                                                                          atttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCCACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAGTGTATAATTAATTCTTGTCGGTATGAAAAATGAACATTGAAAAc                                                                     <  1:210071/141‑1 (MQ=255)                                                                          atttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAGAACTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAAc                                                                     <  1:250873/141‑1 (MQ=255)                                                                           tttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACt                                                                    >  2:313941/1‑141 (MQ=255)                                                                            ttgttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTg                                                                   >  1:274146/1‑141 (MQ=255)                                                                             tgttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGa                                                                  >  1:42292/1‑141 (MQ=255)                                                                               ttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAAt                                                                >  2:202004/1‑141 (MQ=255)                                                                                 gaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGa                                                              <  1:141639‑M1/81‑1 (MQ=255)                                                                                 aatgCAAACAAAACAACTCAATGTAATAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGa                                                              <  2:269470/138‑1 (MQ=255)                                                                                    agttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACaa                                                           >  1:33226‑M1/58‑141 (MQ=255)                                                                                      ttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAata                                                         >  1:275948‑M1/56‑141 (MQ=255)                                                                                       aacaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAGATTATTTTACAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAatat                                                        <  1:64801/141‑1 (MQ=255)                                                                                       aacaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAATTTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAatat                                                        <  1:64798/141‑1 (MQ=255)                                                                                        acaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATCTg                                                       >  2:170050/1‑141 (MQ=255)                                                                                         caaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGt                                                      >  1:57093/1‑141 (MQ=255)                                                                                             acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCTGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATTTCAAc                                                  >  2:18439/1‑141 (MQ=255)                                                                                              caactcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACg                                                 >  2:142135/1‑141 (MQ=255)                                                                                                   ttttaatcaaattttggttaaaaaataaaaaagacaaaataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt                                            >  2:269766‑M1/43‑141 (MQ=255)                                                                                                   caactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt                                            <  1:77285/141‑1 (MQ=255)                                                                                                      ctTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTcc                                         <  2:111624/141‑1 (MQ=255)                                                                                                       ttAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCa                                        <  1:101252/141‑1 (MQ=255)                                                                                                        atcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCaacgttaaaaccaa                                       >  2:119656‑M1/38‑135 (MQ=255)                                                                                                        atcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa                                       >  1:75150‑M1/38‑141 (MQ=255)                                                                                                        atcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa                                       >  1:298893‑M1/38‑141 (MQ=255)                                                                                                         tcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaa                                      >  1:288263‑M1/37‑141 (MQ=255)                                                                                                          caaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATCATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAAGATGTCAACGTTAATTCCaaaa                                     <  2:103447‑M1/106‑1 (MQ=255)                                                                                                          caaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaa                                     <  2:308107‑M1/106‑1 (MQ=255)                                                                                                            aaaTAACTTTAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAACAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaaaa                                   <  1:231253/141‑1 (MQ=255)                                                                                                              aTAACTTAAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACGTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCGTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTAAATACCAAAAAACg                                 <  2:200322/141‑1 (MQ=38)                                                                                                                   gttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACt                            >  2:141639‑M1/27‑141 (MQ=255)                                                                                                                     taaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAGTGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAAGATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACtat                          <  1:230771‑M1/117‑1 (MQ=255)                                                                                                                      aaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATACCAAAAAACGTAACtata                         >  1:336515‑M1/24‑141 (MQ=255)                                                                                                                       aTTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTAAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATaa                        <  1:142135/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                          aCTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGtt                     >  2:327304/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                             aaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACa                  >  1:281501‑M1/17‑141 (MQ=255)                                                                                                                               cGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTATTCAATTGTTTAATCAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGACAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaaa                <  2:276131/141‑1 (MQ=25)                                                                                                                               cGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaaa                <  2:276187/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                                gAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAAc               <  1:212772/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                                atggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTGCAAAc               <  1:1209‑M1/128‑1 (MQ=255)                                                                                                                                  aaaTTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACat             <  1:64295/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                                    attaattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACatta           >  1:302421/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                                     ttaattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACattat          >  1:332904/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                                      taattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACattatt         >  2:101705/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                                        gataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCGTTTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTa       <  1:66274‑M1/136‑1 (MQ=255)                                                                                                                                             aaaaaGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTAAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTGGTAtt  >  1:134762/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                                             |                                                                                                                                             AGGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATT  >  USA300TCH1516_ALE/512480‑512760

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.