| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 849,263 | C→A | 41.9% | A130E (GCA→GAA) | USA300HOU_RS04145 → | Nucleotide‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 849,263 | 0 | C | A | 41.9% | 18.7 / 37.9 | 36 | A130E (GCA→GAA) | USA300HOU_RS04145 | Nucleotide‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (13/8); new base A (5/10); total (18/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.00e-01 | |||||||||||
AAGTCAAAAGTGAAAGTGACGTCATCATTGATGTTATGTTTTTAGAAGCAAGTACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGCAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAGAACGCATTCGTCGATACTATGAAGATGAAGAGTTTG > USA300TCH1516_ALE/849128‑849391 | aaGTCAAAAGTGAAAGTGACGTCATCATTGATGTTATGTTTTTAGAAGCAAGTACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGCAATTa > 1:258551/1‑141 (MQ=255) agtgaaagtgaCGTCATTATTGATGTTATGTTTTTAGAAGCAAGTACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAg < 1:287821/141‑1 (MQ=255) aagtgaCGTCATCAGTGATGTTATGTTTTTAGAAGCAAGTACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGCAATTAATGATGAGCgaga > 1:225452/1‑141 (MQ=255) agtgaCGTCATCATTGATGTTATGTTTTTAGAAGCAAGTACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGCAATTAATGATGAGCGagag > 2:266755/1‑141 (MQ=255) agtgaCGTCATCATTGATGTTATGTTTTTAGAAGCAAGTACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCATTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTGATAAATGCAAGTCATGATAAGAGaaag > 2:218980/1‑141 (MQ=255) gtgaCGTCATCATTGATGTTATGTTTTTAGAAGCAAGTACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAAAGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAGCAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCgagacc > 2:9766/1‑139 (MQ=255) atcatTGATGTTATGTTTTTAGAAGCAAGTACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGtct < 1:245994/141‑1 (MQ=255) tatgttTTTCGAAGCAAGTACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAg < 1:25549/141‑1 (MQ=255) tttAGAAGCAAGGACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGc < 2:82900/141‑1 (MQ=255) aaGTACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGt < 1:14458/141‑1 (MQ=255) aaGTACTGAAAAATTAATCTCAAGATAACAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATTAATGAAATTAATGATGTGCGAGAGTATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGt < 1:14464/141‑1 (MQ=255) gTACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGCAATTAATGATGAGCGAGAGCATAAGTTTGATTTTAGAAGTATAGCTGATTTTGTta < 1:253602/141‑1 (MQ=255) tGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGCAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGa < 1:341160/141‑1 (MQ=255) ggcaaaaTTAATTTAAAGATTTAGGGAAACGCCTCGTGCACATCCTTTGATGGAACGAGGTAAAAGATCGTTAATCAATTCAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGa < 2:52524/138‑1 (MQ=255) gAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGACGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGCAATTAATGATGAGCGAGAGCACATCTCTCAAATTAGAAGTATAGCGACTTTTGGTATAGaa > 2:195179/1‑140 (MQ=255) gAAAAATTAAGTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGCAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGAt > 1:249844/1‑141 (MQ=255) aaaTTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAAGAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGCAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGAtact > 1:264651/1‑141 (MQ=255) attaattTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGAtactac > 2:142141/1‑141 (MQ=255) ttaattTCAAGATATTAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAGAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACa < 1:107266/141‑1 (MQ=255) aattTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGCAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACaaa < 2:25091/141‑1 (MQ=255) tttCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGt < 2:271078/141‑1 (MQ=255) ttCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGtt > 2:132060/1‑141 (MQ=255) tCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATTGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTAAAAAGTTa > 2:109344/1‑141 (MQ=255) ataAGGAAACGCGGCGGGCACCTCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGCAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTa < 1:309823/141‑1 (MQ=255) taAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTaa > 2:314038/1‑141 (MQ=255) aaagAAACGCGGCGTGCACATCCTTTGATGGAACAACGTAAAAGATCGTTAATCAATGCAATTAATGATGAGCGAGGGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATTCAACAAAGTTATCACCaaaa > 2:105508/4‑141 (MQ=255) aaGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGCAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTaaa < 1:320221/141‑1 (MQ=255) aaGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGAGCGTTAAGCAATGCAATTTAGGATGAGCGATAGCATTTGTTTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATTCTACAAAGTTATGACCTaaa > 2:135335/1‑141 (MQ=255) cgtGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGCAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATAACCGCAAGAATCAAAAGaa > 2:60949/1‑141 (MQ=255) ttGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGCAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAGAACGCATTCGTCGa > 1:3315/1‑141 (MQ=255) aaGGTAAAACATCGTTAATCAATGAAAGTAATGATGAGCGAGAGCCCCTGAATCAAATCAGAAGTATAGCTAATTGTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAGAACGCATTCGTCGATACTatgaag < 1:9766/141‑1 (MQ=255) aaaGATCGTTAATCAATGCAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTCACCACCTAAAGAATTAAAAGAACGCATTCGTCGATACTatgaagatgaag > 1:191439/1‑141 (MQ=255) gATCGTTAATCAATGCAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAGAACGCATTCGTCGATACTATGAAGATGAAGAGt < 2:264651/141‑1 (MQ=255) aTCGTTAATCAATGCAATGAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAGAACGCATTCGTCGATACTATGAAGATGAAGAGtt < 2:158993/141‑1 (MQ=255) cgctAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCGCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAGAACGCATTCGTCGATACTATGAAGATGAAGAGTTTg < 2:290319/138‑1 (MQ=255) cGTTAATCAATGCAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAGAACGCATTCGTCGATACTATGAAGATGAAGAGTTTg > 1:261442/1‑141 (MQ=255) | AAGTCAAAAGTGAAAGTGACGTCATCATTGATGTTATGTTTTTAGAAGCAAGTACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGCAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAGAACGCATTCGTCGATACTATGAAGATGAAGAGTTTG > USA300TCH1516_ALE/849128‑849391 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |