Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA USA300TCH1516_ALE 880,093 G→T 31.4% intergenic (+271/‑70) emp → / → nuc Extracellular matrix protein‑binding protein emp/Thermonuclease

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*USA300TCH1516_ALE880,0930GT31.4% 38.6 / 15.0 31intergenic (+271/‑70)emp/nucExtracellular matrix protein‑binding protein emp/Thermonuclease
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (11/10);  new base T (2/8);  total (13/18)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.28e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

TCTGCAACGATTCATGTTGTAGGCTTTTTAATTTTACAAATAAGGCTAAATATATAAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTGTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCTGGCATATGTATGGCAATCGTTTCAATATTACTTA  >  USA300TCH1516_ALE/879954‑880220
                                                                                                                                           |                                                                                                                               
tCTGCAACGATTCATGTTGTAGGCTTTTTAATTTTACAAATAAGGCTAAATATATAAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATCAAATTTTTATTAATTAATTGt                                                                                                                                <  1:177420/141‑1 (MQ=255)
 cTGCAACGATTCATGTTGTAGGCTTTTTAATTTTACAAATAAGGCTAAATATATAAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTGTa                                                                                                                               <  2:124041/141‑1 (MQ=255)
    cAACGATTCATGTTGTAGGCTTTTTAATTTTACAAATAAGGCTAGATATATAAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAATAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTGTaaaa                                                                                                                            >  2:189617/1‑141 (MQ=255)
                        tttttAATTTTACAAATAAGGCTAAATATATAAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTGTAAAAATGTAGAATTATaattaatt                                                                                                        <  2:119905/141‑1 (MQ=255)
                         ttttAATTTTACAAATAAGGCTAAATATATAAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTGTAAAAATGTAGAATTATAattaatta                                                                                                       >  2:345382/1‑141 (MQ=255)
                                 ttACAAATAAGGCTAAATATATAAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTaa                                                                                               >  2:59593/1‑141 (MQ=255)
                                    ataaTATGGCCAAATATATAAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAatat                                                                                            <  1:76597/139‑1 (MQ=255)
                                     aaaTAAGGCAAAACATATAAGTTCGTGCACCTAATATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTGTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATAtt                                                                                           <  2:248230/141‑1 (MQ=255)
                                          aGGCTAAATATATAACTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTGTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAAt                                                                                      >  1:255791/1‑141 (MQ=255)
                                            gCTAAATATATAAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTGTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTa                                                                                    <  1:84476/141‑1 (MQ=255)
                                               aaaTATATAAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTCAAATTAAca                                                                                 >  2:45211/1‑140 (MQ=255)
                                               aaaTATATAAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTGTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACt                                                                                 >  2:205037/1‑141 (MQ=255)
                                                         gTTCAGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTGTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATGAACTAAaaagaaag                                                                       >  1:246375/1‑141 (MQ=255)
                                                             tGGCACTGAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTGTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGgt                                                                   <  1:97828/141‑1 (MQ=255)
                                                             tGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTGTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAgga                                                                   >  2:23544/1‑140 (MQ=255)
                                                                 aCCTAAAATATAAAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATGATTAAATTGTTATTAATTAATTTCAAAAATGTAGGATTATAATTAAGTAACGTTTGATATGAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTgtta                                                               <  2:148529/141‑1 (MQ=255)
                                                                  ccTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTGTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTgttag                                                              >  1:56591/1‑141 (MQ=255)
                                                                        atatAGAAAATACATAAAAGTAAGTATATTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGa                                                        <  1:247408/141‑1 (MQ=255)
                                                                        atatAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGa                                                        <  1:182481/141‑1 (MQ=255)
                                                                            aGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTGTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGa                                                    >  1:179664/1‑141 (MQ=255)
                                                                             gAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTGTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGaa                                                   <  1:345382/141‑1 (MQ=255)
                                                                                    cATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTGTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACttat                                            >  1:55797/1‑141 (MQ=255)
                                                                                        aatggaaggaTAGTTATTATATGATAAAGATTAAATGCTAAGTAAAGAATTGTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTATCGTTTAATATTAAAATGAATTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAg                                        <  2:179664/136‑1 (MQ=255)
                                                                                          agtaagttTAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTg                                      <  1:214034/141‑1 (MQ=255)
                                                                                           gtaagtaTAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTTTAACAATGTATCATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGc                                     <  1:79204/141‑1 (MQ=255)
                                                                                            taagtaTAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTGTAAAAATGTAGAATTAAAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAAGAGTTATATATACCAGAATAATTATTAAgaact                                    >  2:264743/1‑137 (MQ=255)
                                                                                              agtaTAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTGTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCTgg                                  >  1:162472/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                          ttattaTAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTGTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCTGGCATATGTATGGc                      <  1:205037/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                  attattAAATTTTTATTAAATAATTGTAAAAATGTAGAATTAAAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCTGGCATATGTATGGCAATCGttt              <  2:253265/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                     attaAATATATATTAATTAATTTGAAAAATGAAGAATTATAATTAATTAACGTTTATTATTAAAATTAACTAAAACGAAAGTGGTGATAGTTATGACAGAATACTTATTTAGTGCTGGCATATGTATGGCATTCGTTTCaa           <  2:135628/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                              ttattaATTAATTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCTGGCATATGTATGGCAATCGTTTCAATATTACTta  <  1:94454/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                           |                                                                                                                               
TCTGCAACGATTCATGTTGTAGGCTTTTTAATTTTACAAATAAGGCTAAATATATAAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTGTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCTGGCATATGTATGGCAATCGTTTCAATATTACTTA  >  USA300TCH1516_ALE/879954‑880220

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑